dimanche 11 novembre 2018

Advices for a PhD




Une jeune docteure, manifestement très fière de l'être, donne des conseils pour ceux qui veulent se lancer ou qui commencent une thèse. C'est sur https://www.nature.com/articles/d41586-018-07332-x?utm_source=twt_na&utm_medium=social&utm_campaign=NGMTnature&sf201915709=1.   
J'ai l'impression qu'il vaut mieux les discuter que de les appliquer.  

1. Maintain a healthy work–life balance by finding a routine that works for you. It’s better to develop a good balance and work steadily throughout your programme than to work intensively and burn out. Looking after yourself is key to success. 

[Ayez une vie équilibrée, entre le travail et la vie, en cherchant un rythme qui vous convienne. Il vaut mieux établir un équilibre, et travailler régulièrement pendant toute votre thèse que de travailler intensément et s'épuiser. Prendre soin de soi est une clé du succès] 
Cette affaire d'équilibre justifie toutes les échappatoires, mot qui signifie en réalité "toutes les occasions de travailler moins que l'on pourrait".  
Et puis, la distinction entre ce qui serait le "travail" et la "vie" a l'inconvénient, surtout quand c'est formulé comme ici, que le travail est quelque chose de fatigant, dont on se repose par ailleurs. C'est une idée très pernicieuse.  
Je ne fais pas beaucoup d'exégèse, mais je repère ce mot  de "burn out", au détour d'une phrase. Les pauves petits ; ménageons-les, sans quoi ils vont être fatigués, ce qui est très grave (on comprend que c'est de l'ironie). Oui, qu'ils prennent bien soin d'eux (encore de  l'ironie).  

Luttons avec enthousiasme contre le confort intellectuel ! Il faut d'abord dire que la préparation de la thèse est, au contraire, un moment merveilleux où ceux qui aiment les sciences peuvent se consacrer à cela quasi exclusivement, et sans doute pour la dernière fois de leur vie. Ils sont protégés du reste du monde par l'institution, ont très peu d'administration et de reponsabilités, en dehors de leur travail, et c'est le moment où ils ont trois ans devant eux pour creuser un sujet. A chérir !  
Pour ceux que les sciences n'intéressent pas, pourquoi se lancent-ils  dans la préparation d'une thèse ?  
2. Discuss expectations with your supervisor. Everyone works differently. Make sure you know your needs and communicate them to your supervisor early on, so you can work productively together. 

[Discutez de vos attentes avec votre directeur de thèse. Chacun travaille à sa manière. Connaissez vos besoins et communiquez-les d'emblée à votre directeur de thèse, de sorte que vous puissiez travailler productivement ensemble.] 
D'abord, je n'aime guère le terme de "supervisor". Il y a le directeur de thèse, qui est (ou doit être) un discutant, pas un supérieur. Et l'ensemble de ce paragraphe me déplait, parce qu'il oublie de reconnaître que  le doctorant n'est plus un étudiant, mais un jeune scientifique. Or, en science, il n'y a pas de hiérarchie : tout le monde est égal devant l'inconnu.  
D'autre part, je n'aime pas cette espèce de séparation entre les supervisors et les doctorants, car seules comptent l'implication, la volonté, le travail.  
Les "attentes", les besoins, les revendications, les craintes, les doutes, les interrogations, etc., c'est pour les faibles. Je préfère des doctorants qui ont envie, qui font, qui travaillent, qui proposent, qui décident, qui se lancent... 
Chacun travaille différemment ? Oui, et alors ? En préparation de thèse, on peut faire ce que l'on veut, travailler aux heures que l'on veut, mais surtout, travailler. Au lieu, à nouveau, de chercher des moyens de ne rien faire, cherchons des moyens de bien faire.  
Quant à travailler "productivement ensemble", j'aurais tendance à penser que les doctorants doivent d'abord travailler avec passion et tout seul, sans compter sur les autres ! D'ailleurs, pourquoi travailleraient-ils "avec" leur directeur de thèse ? Pour de nombreuses thèses de mathématiques, par exemple, le directeur de thèse se limite à indiquer  un sujet, et le doctorant revient trois ans après avec le résultat de ses études.  
Et on trouvera ailleurs les raisons pour lesquelles je pense mauvais que le directeur de thèse travaille "avec" le doctorant. Chacun son sujet.  
Parfois, pour des travaux d'équipe, il y a lieu de se coordonner, certes, mais, finalement, nous sommes chacun devant la partie de travail qui nous est impartie, non ?  
3. Invest time in literature reviews. These reviews, both before and after data collection, help you to develop your research aims and conclusions. 

[Passez du temps à chercher les revues de la littérature. Ces reviews, avant et après le recueil de données, vous aideront à développer votre rechreche, vos buts et vos conclusions] 
Bon, oui, mais on n'a guère besoin de ce conseil élémentaire : les doctorants n'ont-ils pas appris cela en mastère ?  
Et puis, le conseil est insuffisant, parce que les reviews doivent faire l'objet d'une veille constante, et pas seulement avant et après le recueil des données.   
4. Decide on your goals early. Look at your departmental guidelines and then establish clear PhD aims or questions on the basis of your thesis requirements. Goals can change later, but a clear plan will help you to maintain focus. 

[Fixez vos objectifs très tôt. Regardez votre sujet, et déterminez clairement vos objectifs ou vos questions sur cette base. Les objectifs pourront changer ultérieurement, mais un plan clair vous aidera à conserver un centrage.] 
Là, c'est très discutable... car le véritable but, c'est la découverte. Or comment planifier une découverte ? Je préfère ma discussion sur la stratégie scientifique, publiée dans le Journal de la société irlandaise de chimie !  
Bien sûr, on peut se donner un cadre, et il est d'ailleurs donné d'emblée, mais j'ai peur que cette affaire d'objectifs ne soit une conséquence de ce fait que l'on a regroupé les thèses de sciences et les thèses de docteur ingénieur.  
Pour celle ou celui qui fait une thèse, il y a d'abord à se situer, par rapport à la science et à la technologie... en commençant à bien savoir la nature de ces deux activités, et leurs différences !   
Et ensuite, il faut s'interroger... mais chaque jour !  
5. “I don’t need to write that down, I’ll remember it” is the biggest lie you can tell yourself! Write down everything you do — even if it doesn’t work. This includes meeting notes, method details, code annotations, among other things. 

["Je n'ai pas besoin de le noter, je m'en souviendrai" est le pire mensonge que l'on puisse se faire. Ecrivez tout ce que vous faites, même ce qui ne marche pas. Prenez des notes en réunion, notez les idées, etc.] 
Ici, en revanche, c'est un excellent conseil : je ne cesse de le donner, parce que nombre de nos amis sont insuffisants de ce point de vue ! Se reposer sur une mémoire très fragile, c'est très mauvais, et je n'ai pas rencontré d'étudiants ou de doctorants qui m'aient réfuté, de ce point de vue.  
On note tout, tout le temps, et quel que soit le moyen de faire : papier, cahier, téléphone, ordinateur... Seul compte le résultat.  
Mieux encore, on doit réfléchir à l'usage des "cahiers de laboratoire", et j'ai proposé d'utiliser des DSR (voir :https://www.academie-agriculture.fr/publications/notes-academiques/n3af-2017-8a-teaching-document-dsr-frameworks-guiding-experimental).  
Au fait, j'y pense, avez-vous déjà vu les "diary" de Michael Faraday ? Je crois que cela ne fait de mal à aucun étudiant ou doctorant d'y jeter un oeil.  
6. Organize your work and workspace. In particular, make sure to use meaningful labels, so you know what and where things are. Organizing early will save you time later on. 

[Organisez votre travail et votre environnement de travail. Notamment utilisez des abréviations ou des étiquettes ayant du sens, de sorte que vous retrouviez rapidement les documents ou matériels. Vous organiser très tôt vous fera gagner du temps ultérieurement.] 
Mieux encore, à propos des "labels", il faut mieux être systématique, parce que ce qui est clair pour les autres est clair pour soi.  
C'est d'ailleurs particulièrement vrai pour les calculs, le choix des variables, des indexations.  
Pour ce qui concerne un laboratoire, c'est une évidence qu'un laboratoire rangé s'impose... mais pas seulement pour des raisons d'efficacité : il y aussi la question de la qualité, de la sécurité, et des relations avec les autres.  
7. It’s never too early to start writing your thesis. Write and show your work to your supervisor as you go — even if you don’t end up using your early work, it’s good practice and a way to get ideas organized in your head. 

[Il n'est jamais trop tôt pour commencer à rédiger le manuscrit de la thèse. Ecrivez, et montrez votre travail à votre directeur de thèse, même si vous n'utilisez pas, finalement, ce que vous aviez écrit au début ; c'est une bonne pratique, et un moyen d'organiser les idées.] 
Oui, la rédaction du document de thèse doit commencer dès le premier jour.  
Et oui, on gagne à recueillir des conseils dès le début, afin de ne pas passer du temps à rédiger dans une mauvaise direction.  
Plus exactement, tout travail effectué doit immédiatement aller dans le document de thèse, sans attendre une minute. Il sera toujours temps, plus tard, de regrouper, synthétiser éventuellement.  
Dans notre groupe, nous nous imposons de faire cela chaque soir, de façon systématique.  
8. Break your thesis down into SMART (specific, measurable, attainable, relevant and timely) goals. You will be more productive if your to-do list reads “draft first paragraph of the results” rather than “write chapter 1”. Many small actions lead to one complete thesis. 

[Divisez votre thèse en petites étapes : spécifiques, évaluables, accessibles, importantes et circonscrites. Vous serez plus productifs si votre liste de travaux à faire comporte "écrire le premier paragraphe des résultats" plutôt que "écrire le chapitre 1". Beaucoup de petits pas font un grand chemin.] 
Oui, les petites bouchées sont plus faciles à avaler que les grosses, mais on aura intérêt à fonctionner en 1/3/9/27 (voir cela).  
Mais, surtout, il y a lieu de fixer d'abord l'objectif, ensuite le chemin (stratégie, méthode), et ensuite seulement les étapes sucessives pour parcourir le chemin particulier qui a  été retenu... en se donnant à chaque moment la possibilité de faire tout autre chose que ce qui a été prévu : pour que la "sérendipité" puisse jouer, il faut de la souplesse.  
9. The best thesis is a finished thesis. No matter how much time you spend perfecting your first draft, your work will come back covered in corrections, and you will go through more drafts before you submit your final version. Send your drafts to your supervisor sooner rather than later. 

[La meilleure thèse est une thèse finie. Quel que soit le temps que vous passez à perfectionner votre premier jet, il vous reviendra couvert de corrections, et il vous faudra plusieurs aller-retours avant d'arriver à la version finale. Donnez vos versions à votre directeur de thèse le plus tôt possible.  
Pas d'accord du tout : la meilleure thèse est celle que l'on s'amuse à faire, et c'est bien triste quand c'est fini. Je retrouve le même esprit un peu faible que précédemment.  
Et ce n'est pas vrai que le premier jet reviendra plein de corrections : il ne revient ainsi que si l'on n'a pas voulu bien faire, si l'on n'a pas appliqué des règles simples que les doctorants doivent apprendre.  
En outre, je n'aime guère l'idée de devoir se reposer sur le directeur de thèse pour écrire quelque chose de bien. Je rappelle qu'un doctorant est un jeune scientifique ; en tant que tel, il ou elle doit être autonome, responsable, et pas un/e assisté/e qui  fait endosser son incurie par le directeur de thèse !  
10. Be honest with your supervisor. Let them know if you don’t understand something, if you’ve messed up an experiment or if they forgot to give you feedback. The more honest you are, the better your relationship will be. Helping your supervisor to help you is key. 

[Soyez honnête avec votre directeur de thèse. Dites si vous ne comprenez pas quelque chose, si vous avez raté une expérience ou s'il a oublié de  vous  faire un retour. Le plus honnête vous serez, le meilleur seront vos relations. Aidez votre directeur de thèse à vous aider.  
Etre honnête avec le directeur de thèse : ben oui, c'est un petit minimum... Et même, le mieux, c'est d'être honnête tout court, non ? Je n'aime pas ce conseil, car il fait l'hypothèse que l'on puisse ne pas être honnête !  
Oui, on a toujours intérêt à dire quand on ne comprend pas, et, mieux encore, c'est depuis le début des études que l'on doit avoir pris le réflexe de ne jamais supporter de ne pas comprendre.   
Et puis, "rater une expérience", qu'est ce que cela veut dire ? On pourrait dire, même, qu'une occasion d'apprendre est particulièrement précieuse, parce que c'est l'occasion d'analyser, afin de ne plus jamais reproduire cette erreur. Il nous faut des symptômes, et des analyses qui les suivent immédiatement.  
Enfin, se faire aider par le directeur de thèse ? Pourquoi pas, mais pourquoi ne pas se faire aider par soi-même, de façon autonome ? Après tout, les doctorants ne sont pas des étudiants, mais de jeunes scientifiques !  
11. Back up your work! You can avoid many tears by doing this at least weekly. 

[Faites des sauvegardes. Vous éviterez des larmes] 
Ca, oui : j'ai vu une thèse perdue à trois mois de la soutenance, et le doctorant pleurait toutes les larmes de son corps.  
Mais c'est parce que ses pratiques étaient entièrement mauvaises. Soit le directeur de thèse n'a pas fait son travail, soit le doctorant n'a pas fait son travail... méthodologique.
Dans notre équipe, nous avons l'obligation de faire deux sauvegardes de nos travaux chaque jour... parce qu'il est déjà arrivé qu'un ordinateur tombe en panne le même jour que deux disques durs où étaient stockées les données !   
12. Socialize with your lab group and other students. It’s a great way to discuss PhD experiences, get advice and help, improve your research and make friends. 
[Mêlez vous aux autres dans votre laboratoire. C'est un bon moyen de discuter les expériences de thèse, de recevoir des conseils de vous aider à améliorer votre travail, et de faire des amis.] 
Je m'étonne à nouveau d'un conseil aussi élémentaire.  
D'ailleurs, il ne s'agit pas de se forcer à être ouvert : il faut l'être !  
Et oui, le bonheur de parler de science à ceux qui l'aiment est immense. Pourquoi s'en priver ? Pourquoi se priver d'amis ?  
Cela dit, les "troupeaux" de laboratoire qui vont manger ensemble chaque jour, comme des poissons tournant en rond dans le bocal, je trouve cela limité. Je veux, au contraire, voir le plus de monde possible non seulement dans le laboratoire, mais aussi en dehors de celui-ci ! Michael Faraday avait un "club d'amélioration de l'esprit", et tous mes amis qui sont de belles personnes se reconnaissent au premier coup d'oeil, parce que, précisément, il sont à l'affût d'étincelles intellectuelles.  
13. Attend departmental seminars and lab-group meetings, even (or especially) when the topic is not your area of expertise. What you learn could change the direction of your research and career. Regular attendance will also be noticed. 
[Assistez aux séminaires, réunions, même (ou surtout) quand le sujet n'est pas le vôtre. Ce que vous apprendrez pourrait changer le cours de votre recherche et de votre carrière. Une participation régulière sera également remarquée.] 
Il y a là la question de la "culture scientifique", et je propose d'élargir ce conseils qui est encore un peu élémentaire : nous devons tout apprendre, et, comme le disait Michel Eugène Chevreul, tendre avec effort vers l'infaillibilité sans y prétendre.  
Cela dit, je récuse la dernière phrase... et j'ajouterais volontiers que les doctorants (et tous les autres) y gagnent à proposer de présenter leurs résultats !  
14. Present your research. This can be at lab-group meetings, conferences and so on. Presenting can be scary, but it gets easier as you practise, and it’s a fantastic way to network and get feedback at the same time. 

[Présentez votre recherche. Dans des réunions de laboratoire, des conférences, etc. Faire de telles présentations peut être effrayant, mais cela devient de plus en plus facile, et c'est un merveilleux moyen de se faire un réseau et d'avoir des retours.] 
Oui, c'est un bonheur de partager avec les autres un travail que l'on prévoit, un travail que l'on fait, un travail que l'on a fait. Et, plutôt que compter sur les autres, c'est un moyen de compter sur soi : en exposant ce que l'on sait, on a la liberté de se surveiller, et de dépister des zones d'ombres, prometteuses, car porteuses de futurs développements.  
15. Aim to publish your research. It might not work out, but drafting articles and submitting them to journals is a great way to learn new skills and enhance your CV. 

[Publiez votre recherche. Vos articles ne seront peut-être pas acceptés, mais la préparation de manuscrit et la soumission à des journaux est un bon moyen d'avoir de nouvelles compétences et de grossir votre CV] 
Je confirme que je n'aime guère l'esprit dans lesquels ces conseils sont donnés : améliorer son CV... La question n'est pas là : elle est de  faire de la bonne science et de  publier des résultat !  
16. Have a life outside work. Although your lab group is like your work family, it’s great for your mental health to be able to escape work. This could be through sport, clubs, hobbies, holidays or spending time with friends. 

[Ayez une vie en dehors du travail. Bien que votre groupe de travail est comme votre famille, c'est bon pour votre mental d'être capable de vous échapper de votre travail. Par des sports, des clubs, des hobbies, des vacances ou du temps avec les amis.] 
Mouais... On retrouve le premier des conseils, et mes réticences initiales.  
Je le dis différemment : si ce que je fais m'amuse, pourquoi me forcerais-je à faire autre chose, d'éventuellement moins intéressant ?  
Et puis, j'ai trop entendu dire "je vais me vider la tête" en priorité par ceux qui auraient eu besoin de se la remplir !  
17. Don’t compare yourself with others. Your PhD is an opportunity to conduct original research that reveals new information. As such, all PhD programmes are different. You just need to do what works for you and your project. 

[Ne vous comparez pas aux autres. Votre thèse est une possibilité de faire une recherche originale, qui conduir à de l'information nouvelle. De sorte que toutes les thèses sont différentes. Vous avez seulement besoin de savoir ce qui vous va bien.] 
Se comparer aux autres ? Il faudrait d'abord qu'existe une relation d'ordre !  
Je trouve ce paragraphe un peu  "enfantin".  
18. The nature of research means that things will not always go according to plan. This does not mean you are a bad student. Keep calm, take a break and then carry on. Experiments that fail can still be written up as part of a successful PhD. 
[La nature de la recherche est telle qu'elle ne suit pas toujours un plan préétabli. Cela ne signifiera pas que vous êtes un mauvais étudiant. Restez calme, arrêtez vous, puis repartez. Une expérience qui rate peut s'incorporer dans une bonne thèse.] 
Ici, notre amie confond recherche et science. Pour une recherche technologique, il est essentiel que le problème soit résolu. Mais, pour la science, les choses sont bien plus compliquées.  
Et puis, qu'est-ce qu'une "expérience qui rate" ? Il y a mille possibilités, à commencer par une mauvaise exécution, du temps de perdu si l'on n'en fait pas son miel par une analyse soigneuse, jusqu'à une réfutation d'une idée préconçue, et c'est donc quelque chose à repérer immédiatement.  
Bref, le conseil donné est sommaire, parce qu'il manque toute le discussion qui s'impose ici !  
Et j'y pense aussi : un doctorant n'est pas un étudiant !  
19. Never struggle on your own. Talk to other students and have frank discussions with your supervisor. There’s no shame in asking for help. You are not alone. 
[Ne cherchez jamais à résoudre les problèmes tout seul. Parlez aux autres étudiants et ayant des discussions franches avec votre directeur de thèse. Il n'y a pas de honte à demander de l'aide. Vous n'êtes pas seul.] 
Pas d'accord ! Je veux tenir sur mes deux jambes, je ne veux pas être un assisté.  
Certes, il n'y a pas de honte à demander de l'aide, mais je préfère quelqu'un qui a analysé ses difficultés par lui-même, d'abord. Et s'il fait ainsi, il y a fort à parier que la solution sera apparue sans avoir besoin de demander. Cela étant, on trouve souvent une solution en parlant à des amis, non pas parce qu'ils pourraient nous la donner, mais parce que se voir dire quelque chose conduit à une analyse salutaire.  
Il y a d'autres conseils plus intéressants que l'on pourrait donner : marcher en pensant aux questions que l'on veut résoudre, se fixer analytiquement sur les "symptômes", faire des soliloques, etc.  
20. Enjoy your PhD! It can be tough, and there will be days when you wish you had a ‘normal’ job, but PhDs are full of wonderful experiences and give you the opportunity to work on something that fascinates you. Celebrate your successes and enjoy yourself. 

[Profitez de votre thèse. Elle peut être dure, et il y aura des jours où vous auriez envie d'un travail normal, mais les thèses sont pleines d'expériences merveilleuses, et elles vous donnent la possibilité de travailler sur quelque chose qui vous fascinera. Fêtez vos succès et profitez.] 
Oui, je l'ai d'ailleurs déjà dit : la thèse est un merveilleux moment... mais qu'est-ce qu'un travail "normal" ? Et pourquoi la thèse serait-elle différente ? Après tout, un projet dans l'industrie a les mêmes caractéristiques.  
Et puis, la beauté est dans l'oeil qui regarde, d'une part, et l'herbe n'est pas plus verte dans le pré du  voisin.   

Je conclus que tout cela n'est intéressant que par réaction. Ce qui semblait intéressant, au point d'avoir été publié dans Nature, me semble bien médiocre. Il y a tant de beautés dans la science, que ramener la discussion à du bien être personnel montre que le nombrilisme enfantin de nos amis n'est pas dépassé.  

Non, ayons des projets grandioses : pensons surtout que la thèse, comme la recherche scientifique, c'est le moment de s'élever l'esprit, de repousser les limites du connu !  


J'ai oublié : naguère, j'ai inventé les "bonbons ultimes"

Y a-t-il des goûts en quelque sorte innés ? Partons du fait que nous sommes humains, c'est-à-dire des animaux, des primates, et que nous avons co-évolué avec les plantes, lesquelles nous manipulent : si nous aimons les fruits, colorés et sucrés, c'est que les plantes ont appris à faire leurs fruits colorés, afin qu'ils soient bien repérables, et sucrés, afin que nous ayons envie de les manger : les sucres sont de l'énergie dont notre corps a besoin. Pourquoi les plantes se donnent-elle le mal de faire ces fruits ? Parce qu'elles assurent ainsi leur propagation. Si les graines des plantes tombaient à leur pied, naitraient des rejetons qui viendraient en concurrence, et finiraient par s'étouffer mutuellement.
Bien sûr, ma description précédente est un peu « téléologique », mais je veux aller un peu à l'essentiel : le bon a des bases biologiques, innées, et des bases culturelles. D'où une idée toute simple : j'ai voulu une préparation culinaire qui satisfasse le corps, et qui, de ce fait, serait reconnue comme « bonne » par tous. Une sorte de préparation universelle, en quelque sorte…

Notre organisme a besoin de matière grasse et de sucres ? Partons d'un peu de beurre, ou de beurre de cacao, ou même de saindoux bien clarifié, et ajoutons-y, au mortier ou au mixer, autant de sucre que possible, afin de faire une « suspension ».
 Avec cette préparation faisons une couche d'environ un centimètre d'épaisseur, comme pour une pâte de fruit, et mettons-la au frais pour que le beurre fige un peu, donne de la tenue. Puis découpons de petits dés et goûtons : ce sont des « bonbons ultimes », en ce sens qu'ils sont encore mieux appréciés que les bonbons classiques, lesquelles ne contiennent que du sucre.

Evidemment, on peut décider de donner du goût au beurre, ou au sucre. Un peu d'alcool de menthe, du beurre noisette, de la poudre de cacao, du poivre, que sais-je… Et l'on peut remplacer le sucre, très sucré, par du glucose, bien plus doux.

samedi 10 novembre 2018

Que faire d'un mauvais article scientifique ?

Il y a des questions lancinantes, surtout depuis que les scientifiques sont évalués au nombre d'articles qu'ils publient et que certains  (peu, heureusement) publient à toute vitesse, presque n'importe quoi, ce qui s'ajoute aux mauvais articles du passé, dus à des scientifiques médiocres (il y en a de bons, heureusement) : comment reconnaître un bon article, et que faire d'un mauvais article ?

Il faut dire que la communauté scientifique est consciente du problème, et la question est explicitement posée dans des réunions scientifiques ou pédagogiques. Oui,  le système d'évaluation par les pairs commence à être débordé, notamment depuis que des pays comme la Chine ont ouvert leurs frontières, submergeant les revues, les comités de lecture, les rapporteurs potentiels ;  et  c'est sans doute la brèche dans laquelle se sont engouffrées les revues "open", qui publient contre finances des textes que les auteurs ne parviennent pas à publier dans de bonnes revues. En corollaire, ce fléau pèse sur aussi les scientifiques qui font leurs recherches bibliographiques et doivent être particulièrement vigilant, quant à l'origine des données qu'ils conservent et utilisent.

Comment reconnaître un mauvais article ? Il y a des signes qui ne trompent pas. Par exemple :
- dès le début de l'article, des affirmations sans référence,
-  ou encore des informations vagues (depuis longtemps, un certain nombre...),
- des adjectifs ou des adverbes au lieu d'utiles quantifications
 - "essentiel" ou "important"   : fuyons ces arguments d'autorité...
- des informations accessoires, qui ne seront pas utilisées dans la discussion scientifique, ou qui sont de la simple culture générale : ce n'est pas le lieu !
- des nombres avec des chiffres qui ne sont manifestement pas significatifs : cela, c'est plus grave, parce que si nos auteurs font des comparaisons, elles seront vraisemblablement nulles et non avenues, alors même qu'elles sembleront "établies". Et le plus grave, c 'est que l'article, s'il a été publié, a donc été mal édité, par des éditeurs et des rapporteurs également médiocres, pour ne pas dire plus
- puis, dans les "Matériels et Méthodes", il y a tout une série de fautes possibles, qui vont de l'imprécision dans les descriptions
 - à la non justification des méthodes mises en oeuvre
- ou de méthodes qui n'ont pas été validées
- et, dans les résultats, la confusion entre les résultats et leur interprétation
- la publication de données sans évaluation d'une incertitude
- et des conclusions qui vont au delà de ce qui a été établi
Je m'arrête ici, parce que la liste est longue, et mériterait une collaboration de la communauté, afin d'aider les jeunes scientifiques à éviter ces erreurs.

Passons donc à la seconde question, qui est de savoir quoi faire des informations publiées dans un article qui a été reconnu mauvais ?
Par exemple, si les chiffres significatifs ne sont pas bien gérés, alors  les comparaisons qui auront été faites d'après ces chiffres n'ont pas lieu d'être. Dans un tel cas, la marche à suivre est donc simple :  on peut rien retenir des interprétations. Mais on pourrait aussi imaginer  de refaire les calculs, à partir des valeurs ramenées à leur affichage correct, et, d'ailleurs, rendre service à la communauté en publiant un erratum... qui nous vaudra de nous brouiller avec l'équipe qui a publié les résultats initiaux.
Cela suppose évidemment que les données soient justes, à défaut d'être correctement affichées ! Et là se pose la question des "Matériels et méthodes" : je milite pour que cette partie soit toujours avant les résultats, car pourquoi perdre son temps à considérer des résultats qui pourraient être nuls, en raison d'une mauvaise méthode ?

Finalement, je ne vois pas de règle générale à appliquer, pour répondre à cette seconde question, et je compte sur mes amis pour m'aider à en élaborer une.


Une plaque opaque ?



Ce matin, on m'invite à réfléchir à la production d'une "mince plaque de sucre opaque à la manière d’une fine meringue italienne séchée".
Et mon interlocuteur pense cuire  un mélange de sucre, de glucose et d'eau jusqu’à 155 degrés. Ce mélange peut-il  devenir opaque si on foisonne jusqu’à refroidissement complet ? Il serait réduit en poudre, puis passé au tamis avant d'être mis pendant quelques secondes au four pour le faire fondre.

Ce que je peux assurer, c'est qu'un mélange de sucre et de glucose chauffé jusqu'à 155 °C va peu brunir, tandis qu'il sera transformé en "péligot" (l'analogue d'un caramel, mais avec un autre sucre que le sucre de table, ou saccharose).
Puis, quand on aura refroidi, on aura une masse cassante, que l'on peut effectivement mettre en poudre. Si l'on étale cette poudre (dans le trou circulaire d'une feuille) sur un silpat ou une feuille de cuisson et qu'on la passe au four, on obtient un disque mince et cassant, que certains nomment "opaline".
Mais il sera peu coloré... et donc translucide, plutôt qu'opaque ! Pour faire de l'opacité, il faut sans doute disperser des particules solides. Par exemple du dioxyde de titane, puisque c'est un colorant blanc autorisé pour les colorations de surface... mais avez vous essayé la coquille d'oeuf lavée, puis broyée au mortier et pilon très finement ?



samedi 3 novembre 2018

Une conférence sur la cuisine note à note lors du concours cuisine des grandes écoles, le 24 novembre 2018

Heureux de vous annoncer ques élèves d'AgroParisTech organisent le 24 novembre le Concours cuisine des grandes écoles.

En marge des épreuves, quelques conférences :


Tout cela se passe au Centre Ferrandi, 28 bis rue de l'abbé Grégoire, 75006 Paris.

More questions, more answers about molecular gastronomy and note by note cooking

This morning, I should not answer, because indeed the answers are already given, but I found new ways of answering.
The questions are in italics. 


What does molecular gastronomy mean to you as a scientist, or as a chef if you cook?

Molecular gastronomy should mean someone to me in particular. It means the same for everybody: the scientific discipline looking for the mechanisms of phenomena occurring during culinary processes. Nothing else.
The question is as strange as if I was asked: what does a cat mean for you, as a scientist, or as a chef if you cook.
And by the way, even when I cook (daily, at home, for all evening dinners plus meals of the week ends), I am not a chef, but I remain a scientist, and a scientist that cooks. The same when I am walking: I remain a scientist, and a scientist that walks.



How was your relationship with Nicholas Kurti( Kürti Miklós)?
 
It was a "love affair", immediate friendship that began as soon as we spoke on the phone, in 1986. After some seconds, he decided to come to Paris and see me, and we had this wonderful meal together, when we shared a "poule au vin jaune et aux morilles", at Maitre Paul, rue Racine, in the Quartier Latin of Paris. Immediately, we decided that we could share our results, thoughts, experiments... He was 50 years older than me, but we behaved as friends, and he was certainly not my tutor. Only a friend.
We shared everything: when I was invited as honoris causa in a university, I asked him to be along, and when he was proposed to write a text, we did it both (generally, I was writing the first draft, and he was improving it).
We did everything in a wonderful harmony, experiments on soufflés, on vinegar, organizing the Erice workshops... We spoke on the phone daily, and when I was making an experiment in Paris, he repeated it in London. He was a very good physicist, and I learned a lot from him in this regard, whereas he got much from me in chemistry, of which he did not know much.



I am not sure I understood this that’s why I am asking it.

Yes, but you make a load on me. Please read more carefully and use Google translate (or another one), because the explanations are clearly given. 


So is Note by Note for example when you deconstruct two material to their chemical structure and then construct it with another material with the same structure? 
 
Note by note does not mean deconstructing two materials to their chemical structure ! Indeed the sentence has no meaning: what is the "chemical structure, for example? And note by note cooking does not deconstruct. It means building a dish from pure compounds (let's say "chemical species" if you prefer). And what you build does not have the same chemical composition or chemical structure as... As what, by the way?


Or how is this going? I have read that for example the garlic and the coffee has the same structure so they can be combined to invent a new dish? 
 
By structure, you perhaps mean "composition". And no, garlic does not have the same chemical composition as coffee... otherwise they would be the same ! Please, also avoid the "I have read", and give precise references. By the way, only have good readings (can you recognize them?).
Finally, what you probably read is that coffee and garlic have one or more compounds in common, so that they would "pair". But this is a bad theory, that has nothing scientific as cooking is art, not a question of science.


I am sorry If I misunderstood this whole thing, it is a little hard for me to learn and write about such a hard theme in not my mother language.
 
Sorry for you, but I cannot help in this regard.


Can I do fruit caviars from agar-agar? Or is it just like gelatine but the vegetable matter of it?
 
You probably means "alginate pearls" with a liquid core, and for this, you need... sodium alginate. But it's true that I showed decades ago how to make it with gelatin: my solution is displayed on the internet site of Pierre Gagnaire. And I guess that I could also find a solution with agar-agar.





How can we invent totally new dishes with Note by Note?

Look at any recipe of the International Contest, or read my book Note by Note Cooking, at Columbia University Press.




Do you think that molecular gastronomy will be the future or not because it needs some hardly available items for it, or like liquid nitrogen. So will it be available in a normal kitchen or just for the best Restaurants?

You confuse molecular gastronomy (science) and note by note cooking. Molecular gastronomy is spreading in universities all over the world. And note by note is spreading in restaurants of all the world. But there are many answers about this elsewhere.
And note by note cooking will be able to used more and more common ingredients (remember this word: just as carrot and meat are ingredients of traditional cooking, pure compounds are the ingredients of note by note cooking).

Do you teach molecular gastronomy?
Yes,  in a lot of contexts.
- in the Erasmus Mundus Plus Master Programme "Food Innovation and Product Design"
- in the IPP Master Programme of AgroParisTech
- at the Ecoles des Mines de Paris
- at AgroParisTech, in the context of the Courses of Molecular Gastronomy
- and others

vendredi 2 novembre 2018

A propos d'oeuf, à nouveau

Des questions, des réponses.  En l'occurrence, il s'agit d'une étudiante qui fait un travail personnel encadré. Je l'avais renvoyé sur mon site... où figurent mille informations. D'ailleurs, elle écrit : 

Que d’informations ! Mille mercis.

Les liens sont super et votre espace sur les TPE m’a effectivement bien éclairée. J’ai pu aussi trouver énormément de livres à la bibliothèque. Dommage, la tome 1 de gastronomie moléculaire n’est pas empruntable, seulement à consulter sur place !


 Mon commentaire : on peut sans doute acheter le livre chez Quae ou chez Belin.


Finalement, après réflexion et tous les conseils que vous donnez pour le TPE, je pense donc me focaliser sur la gélification de l’œuf , et l’explication de la modification de la structure protéique ainsi que la réalisation de l’œuf parfait. C’est mieux, non ?

 Oui, c'est bien mieux... à cela près que je n'utilise plus la terminologie d'oeuf parfait, mais d'oeuf à XX°C, parce que la perfection n'est pas de ce monde.


Aujourd’hui, j’ai voulu tester « à l’aveugle » votre cuisson de l’œuf parfait avec la boite d’œufs mise directement dans le four (sans mes 2 camarades car c’est les vacances !). Cependant, le four de ma mère n’étant pas précis, la température a oscillé entre 61 et 72°C, et disons que le blanc était encore gluant et translucide, et le jaune liquide !

 Apparemment, l'oeuf obtenu est un oeuf à 65°C, car si le blanc est opaque et qu'il se tient bien, avec un jaune liquide, c'est le critère, comme on le voit sur l'image suivante :



Aussi, je vais tenter la réalisation au lave-vaisselle, j’ai regardé la notice de mon lave-vaisselle, qui a bien un programme à 65°C mais de 58mn seulement !

Il faudra faire attention à ne certainement pas croire ce qui est indiqué dans la notice : pour connaître la température, il faut un thermocouple dans la machine... ou un oeuf ;-)



Comment avez-vous déterminé la durée de 60mn ? est-ce par un calcul ou en expérimentant par tâtonnement ?

Les deux. D'une part, l'application de la seconde loi de Fourier, et, d'autre part, la mesure avec un thermocouple planté dans le jaune.



Du coup, je vais peut-être lancer 2 fois de suite le prg et arrêter le deuxième lavage au bout de 20mn… Sachant que je compte mettre 2 œufs, un qui aura subi un cycle, et l’autre 1cycle et ½. Pensez-vous que c’est ainsi que je dois expérimenter ?

 Tout dépend de l'objectif. Mais surtout, dans mon groupe de recherche, je ne réponds pas aux étudiants, sans quoi je leur vole le plaisir d'avoir fait eux-mêmes, et je leur demande de construire leur propre chemin à partir d'un objectif clair. Pour les aider, toutefois, à trouver la réponse à leurs questions, je leur enseigne la méthode du "soliloque (que l'on trouvera dans certains de mes "cours en ligne", notamment sur https://tice.agroparistech.fr/coursenligne/main/document/document.php?cidReq=PHYSICOCHIMIEPOURLAF&curdirpath=/Des%20elements%20de%20cours/Methodes%20-en%20francais-)

Sinon, j’ai trouvé un article sur internet, qui explique comment faire facilement un œuf à 65°C, disant la chose suivante :
« Nous savons que la température au centre d'un œuf mis dans de l'eau à 100°C a besoin d'une dizaine de minutes pour dépasser 60°C, qui est la température à laquelle le jaune devient solide. Par un petit calcul que les lecteurs intéressés trouveront en annexe, nous en concluons qu'il faut environ ¾ d'heure pour atteindre au centre de l'œuf le 95% de la température de l'eau dans laquelle il est plongé. D'autre part si la température de 65°C doit être tenue de manière assez précise pour obtenir le jaune malléable typique, le blanc d'œuf supporte sans dommage quelques degrés supplémentaires. Nous voyons donc que nous pouvons obtenir un œuf presque parfait en le plongeant environ 1 heure dans une eau dont la température est légèrement plus élevée que 65C. Comme nous ne disposons pas d'eau à température parfaitement constante, nous pouvons démarrer un peu plus chaud et laisser refroidir, pourvu que la température ne diminue pas trop vite… »…
Ensuite, cet article donne le protocole pas à pas afin de réaliser facilement l’œuf parfait.

Cependant, je ne sais pas comment a été calculé le temps de «  ¾ d'heure pour atteindre au centre de l'œuf le 95% de la température de l'eau dans laquelle il est plongé ». (il n’y a pas d’annexe).

Oui, c'est un article bizarre. Que signifie que "le blanc d'oeuf supporte quelques degrés supplémentaires", par exemple ? Et puis, il y a des tas d'erreurs dans ce texte. Et puis, pourquoi n'ont-ils pas une température constante ? Après tout, ce n'est pas difficile d'avoir une grande quantité d'eau (pour avoir plus d'inertie) que l'on chauffe par moments pour la garder à 65, à un ou deux degrés près ? Evidemment, si l'on a un thermoplongeur, c'est quand même plus simple !

jeudi 1 novembre 2018

Un peu technique, celui-ci

I am asked about the definition of the  "allomerization", and here is it :


The term “allomerization” was transferred into chlorophyll chemistry by Willstätter, who used it to describe then unknown reactions of chlorophylls occurring when they were standing in alcoholic solutions in contact with air . Indeed allomerization is identical to auto-oxidation , including several reactions  that yield a complex mixture of allomers and other alterations products such as solvolysis of the isocycle ring, demetallation, dephytylation and photooxidation .
Concerning the mechanism, it was assumed that allomerization involves as a primary step the auto-oxidation of the Chl enolate anion, formed in small amounts in methanol containing traces of bases and/or metal impurities.

Il faut le dire à tous les étudiants !

Il faut absolument dire à tous les étudiants que

(1) l'objectif des sciences de la nature est de chercher les mécanismes des phénomènes,

et que

(2) la méthode de ces sciences est donnée sur l'image, à savoir





(1) l'identification d'un phénomène ;
(2) la caractérisation quantitative de ce phénomène (on en mesure des caractéristiques judicieusement choisies)
(3) le regroupement des résultats de mesure en "lois" synthétiques, c'est-à-dire essentiellement en équations ;
(4) la recherche -par induction, c'est là un point central- de concepts, notions, théories, mécanismes quantitativement compatibles avec les équations dégagées ;
(5) la recherche de conséquences des théories ainsi "induites" ;
(6) les tests expérimentaux de ces conséquences, en vue de réfutations qui permettent de boucler, afin d'améliorer des théories toujours insuffisantes.

mercredi 31 octobre 2018

Pourquoi les pâtes alimentaires refroidiraient-elles si vite ?

Ce matin, un ami m'interroge : "Pourquoi les pâtes alimentaires refroidissent-elles si vite ?"

Et mon réflexe est de ne pas répondre, tout d'abord, mais de me demander si c'est vrai. Car quelle honte ce serait que d'expliquer un phénomène inexistant, n'est ce pas ?
Mais je n'ai pas tellement besoin de faire l'expérience, en réalité, car je sais le phénomène inexistant, en toute généralité, comme on va le voir avec l'analyse suivante.


Soit une de pâte qui serait cubique, avec un côté de 10 centimètres. Il perdrait de la surface par ses six faces, soit 600 centimètres carrés.
Dans ce cube, coupons des feuilles carrées de 1 millimètre d'épaisseur, comme pour des lasagnes.
Alors chaque feuille aurait une surface de 200 centimètres carrés, mais il y aurait 100 feuilles, soit une surface de 20000 centimètres carrés, sans compter les bords, et donc au total la pâte perdrait de la chaleur par un total de 20400 centimètres carrés : 34 fois plus que précédemment.
Coupons maintenant des spaghettis, qui auront donc 1 millimètre carré de section. A partir de notre cube initial, nous pouvons en faire 10 000,  soit une aire 67 supérieure à la surface du cube. Autrement dit, les spaghettis refroidiraient environ 67 fois plus vite que le cube initial !

Sortons la tête de ces calculs, pour nos amis qui ne les aiment pas, et reprenons les conclusions : des spaghettis refroidissent plus vite que des feuilles de lasagne, et plus vite qu'un lourdaud cube de pâte. Mais le mot "lasagne" est un peu fautif, parce que, avec des lasagnes, seule la partie supérieure est exposée... et les lasagnes ne refroidissent pas plus vite qu'un bloc, puisqu'elles ne perdent de la chaleur que comme un bloc.
Plus généralement, on voit que c'est le degré de division des pâtes qui détermine leur vitesse de refroidissement, ainsi que la surface exposée à l'air.
Sans compter que la sauce, aussi, peut jouer : si elle est froide, elle refroidira les pâtes en s'adsorbant à leur surface... mais si elle est chaude, alors elle réchauffera d'autant mieux les pâtes que celles-ci seront divisées.
Bref, pas besoin d'expérience... mais il fallait interpréter la question de notre ami, pour arriver à des conclusions que je vous invite à tester expérimentalement, sans que j'ai beaucoup de doute.

Et c'est ainsi que l'Art culinaire peut être encore plus beau : fondé sur une saine technique, mais avec un travail artistique soigneux, sans compter l'amour que l'on donne à ses convives.

Bio et cancer

Ce jour, j'ai diffusé les commentaires de deux confrères de l'Académie d'agriculture de France à propos d'un article scientifique dont on a dit fautivement qu'il établissait que les aliments bio auraient réduit les risque de cancer.
On verra ici https://www.academie-agriculture.fr/publications/publications-academie/points-de-vue/non-il-nest-pas-etabli-que-les-aliments-bio que l'article scientifique initial n'établit pas cela, et l'on s'interrogera même sur les compétences des auteurs, tant les biais méthodologiques sont importants.
Il faut le redire : il y a beaucoup d'idéologie et de mauvaise science derrière tout cela, et je suis très reconnaissant à mes deux confrères d'avoir pris le soin de relever les erreurs (fautes ?) dans l'article et dans ses interprétations.

dimanche 28 octobre 2018

Bio et cancer ? Certains journalistes sont irresponsables, et certains politiques aussi

On lit dans  The Guardian, sous la plus de Gideon Meyerowitz-Katz  :

Don't believe the hype, organic food doesn't prevent cancer  : ce qui signifie "ne gobez pas n'importe quoi, les aliments bio ne préviennent pas le cancer.

Puis : Alarmist fearmongering over the scary chemicals in your food is all the rage, the reality is far more humdrum, ce qui signifie que les alertes sont les affreux produits chimiques de son aliments font rage, mais la réalité est bien autre.
Pour le reste, l'article que je vous laisse ici en anglais (utiliser la fonction traduction de Google par exemple) dit en substance que l'article publié par quelques nutritionnistes français n'établit certainement pas ce qui a été dit par une certaine presse française :

Pesticide-free, with no genetic modifications, organic food must be better for our health. Photograph: alexialex/Getty Images/iStockphoto
One of the most enduring health fads of the last decades has been the organic movement. Maybe it’s because we are all terrified of chemicals, or perhaps the marketing has just done its job; either way, virtually every wellness pitch these days comes with the same advice:
“Eat organic. It’s better for your health.”
In our modern world, the idea rings so true. Pesticide-free, with no genetic modifications, organic food must be better for our health.
And a new story has popped up across the world that seems to support this idea. Media everywhere is reporting that eating organic is not just good for the planet, it can prevent cancer as well.
But while alarmist fearmongering over the scary chemicals in your food is all the rage, the reality is far more humdrum. It turns out that organics probably don’t prevent cancer after all.
The current noise in the media is over a large epidemiological study that looked at French adults and their eating habits. The researchers asked a group of 70,000 people what they ate, and then followed them up a number of years later. They then grouped people together according to how much organic food they ate, and compared the risk of getting cancer across groups.
They found that people who scored highest on their organic food eating scale, after controlling for potential confounding variables, were also less likely to get cancer. There were also protective effects on some specific cancers — postmenopausal breast and lymphoma — although this was not true for prostate, colorectal, skin, or premenopausal breast cancer.
But overall — organics stopped people getting cancer! Good news for organic eaters, surely?
Sadly, that’s not the end of the story.
At the outset, I should say that this was one of the best epidemiological trials I’ve seen in a while. The analysis was brilliant, the subject very interesting, and while I don’t think it means very much at all, it’s still a well done piece of science.
There were lots of major limitations of this study. For anyone who actually read the paper, they were mostly acknowledged by the authors.
1. The measure of organic food intake wasn’t great, as it was based on a very simplistic questionnaire. This makes it very hard to know if this study accurately represents the intakes of organic foods, particularly as it directly contradicts other research.
2. Residual confounding is a huge issue in studies like this – the authors controlled for the variables they know about, but there’s a good chance that there are additional things that may have influenced the results.
3. People who ate organic foods were much healthier than those who didn’t. The group with the highest organic food intake scored better on every other measure of health (smoking, weight, heart disease etc) than those who ate the least, making residual confounding much more likely.
4. The study is hard to generalize, as the participants were mostly affluent French women, who aren’t really representative of the world in general.
5. The absolute risk difference was very small. While those who ate the most organics were 25% less likely to get cancer, this actually equated to an absolute risk reduction of about 0.5% (cancer is relatively rare, read more about absolute vs relative risk here).
6. The results did not hold true for men, younger adults, less educated people, people who never smoked or smoke currently, or (and this one is important), those with a high overall dietary quality.
Advertisement which brings us to the really interesting question.
What does this study mean (to you)?
It’s always hard to tell what scientific studies actually mean to you, because they aren’t really written with the average person in mind. That being said, there’s a good general rule when it comes to large epidemiological studies that I always advocate:
Don’t worry about epidemiology, it means very little to your life.
This study is a good example. Even if we ignore the many limitations, switching most of your diet to organic, at huge cost, for the rest of your life, to potentially reduce your risk of cancer by less than 1% is a bit of a big ask. You would get much more out of exercising for 30 minutes more a week, or cutting back on the booze, or quitting smoking, than by doubling the cost of your weekly shop.
But taking the limitations into account, it’s hard to take anything out from this study at all. If you are male, well-educated, or don’t smoke, there’s no reason to eat organic based on this study at all. In fact, the main group that eating organics seemed to help was postmenopausal French women, and while that is still an interesting finding it limits the applicability of this study to many people’s lives.
There are also previous studies in this area that have found entirely different results. One study of more than 600,000 people found that eating organic foods conferred no reduction in risk whatsoever, making this new study seem a bit less rosy.
There’s also not much evidence behind the theory that organics are healthier, particularly given that some of the concerns about conventional farming — GMOs are a great example — have been conclusively proven to be safe.
One final thing that is really important: if you looked just at those who had a high score for their dietary quality, organic food did nothing. No difference. It appears that, if you eat a balanced diet with lots of fresh fruit and veg, it doesn’t matter whether you opt for organics or conventionally-farmed foods.
Don’t believe the hype. Organic food doesn’t prevent cancer.
Gideon Meyerowitz-Katz is an epidemiologist working in chronic disease in Sydney’s west, with a particular focus on the social determinants that control our health.
Since you’re here…
… we have a small favour to ask. More people are reading The Guardian’s independent, investigative journalism than ever but advertising revenues across the media are falling fast. And unlike many news organisations, we haven’t put up a paywall – we want to keep our reporting as open as we can. So you can see why we need to ask for your help.
The Guardian is editorially independent, meaning we set our own agenda. Our journalism is free from commercial bias and not influenced by billionaire owners, politicians or shareholders. No one edits our editor. No one steers our opinion. This is important because it enables us to give a voice to the voiceless, challenge the powerful and hold them to account. It’s what makes us different to so many others in the media, at a time when factual, honest reporting is critical.


Tout y est juste, y compris les quelques lignes de préambule sur le fait que c’est une excellente étude sur le plan méthodologique…et y compris le ton qui est factuel, non polémique et très clair, ce qui n’empêche pas une descente en flèche, cruelle dans son efficacité, du message du journal Le Monde, qui, lui a été sans aucune nuance, et donc parfaitement faux !
Comment s’assurer que les  journalistes français qui ont trompé leurs lecteurs  liront cet article du Guardian et prendront enfin les leçons de journalismes dont ils ont besoin ?

vendredi 26 octobre 2018

Oui, c'est bien moi qui ai le premier "décuit" des oeufs

Des élèves qui font un "travail personnel encadré" (TPE)  m'interrogent à nouveau à propos de la décuisson des oeufs. Qui l'a faite le premier ?

A ma connaissance, c'est bien moi, avec un article dont la référence est Hervé This. Can a cooked egg white be  uncooked ? The Chemical Intelligencer (Springer Verlag), 1996 (10), 51.

La question est de savoir pourquoi on me pose cette question... et la réponse est qu'un communiqué de presse malhonnête avait été émis par une université américaine il y a quelques années, quand des chercheurs de cette université ont surtout renaturé des protéines dénaturées... sans citer mon travail.
Mais, en réalité, il n'y a pas d'ambiguité, et la malhonnêteté  a été punie :  l'équipe qui est venue (bien) après moi a reçu le prix IgNobel... que ma discipline et, peut-être aussi, mon tour d'esprit me font risquer de recevoir.

Mais enfin, bref, c'est bien moi qui ait le premier décuit un oeuf. Pourquoi ? Comment ?

A l'époque, je m'étonnais de la cuisson des oeufs. Pensons au blanc, qui, de liquide, transparent et jaune-vert, devient opaque et blanc. Le fait que le blanc d'oeuf soit fait de 90 pour cent d'eau et qu'il ne perde pas de masse lors de sa cuisson montrait qu'il y avait une gélification. Et l'on savait que cette gélification était due aux protéines du blanc (les 10 pour cent restant).
Mais on avait deux gels possibles : physiques, ou chimiques. Les gels physiques sont ceux de gélatine, ou de pectine (dans les confitures). Ils sont "thermoréversibles", ce qui signifie qu'ils se défont si l'on chauffe, et se refont si l'on refroidit. En revanche, les gels chimiques sont thermostables : le blanc d'oeuf durcit, puis se dégrade quand on le chauffe, mais  il ne se reliquéfie pas.
Pourquoi ? J'avais alors analysé que les forces entre les protéines ne pouvaient être que de quelques types : van der Waals (des forces très faibles), hydrophobes (très faibles aussi), des liaisons hydrogènes (faibles), des "ponts disulfure" (plus fortes), des liaisons chimiques "covalentes", comme on en trouve entre les atomes des molécules, et des liaisons électrostatiques comme entre les ions des cristaux de sel.
L'analyse m'avait montré que les forces les plus fortes étaient vraisemblablement les ponts disulfures, et c'est cette hypothèse que j'ai testée expérimentalement.
L'idée est la suivante : quand des protéines qui portent des groupes sulhydrile, avec un atome de soufre S lié à un atome d'hydrogène H, se lient, la réaction est une "oxydation". L'inverse est une "réduction", et j'ai donc utilisé un (en réalité plusieurs) composé réducteur que j'ai simplement ajouté à du blanc d'oeuf. En quelques instants, après la formation d'une mousse que j'avais anticipée, le solide est devenu liquide : l'oeuf était décuit... mais surtout cette expérience montrait que les forces les plus fortes responsables de la coagulation étaient bien les ponts disulfure. Le gel qu'est le blanc d'oeuf était donc un gel chimique, même si les ponts disulfure sont des forces covalentes un peu particulières, plus faibles que des forces entre deux atomes de carbone.


jeudi 25 octobre 2018

Des TPE sur les oeufs

Je le disais hier : les TPE battent leur plein !
Reçu ce message, qui me permet de donner des réponses utiles à beaucoup, semble-t-il :





# Dans le cadre du TPE de 1ère (épreuve anticipée du baccalauréat), mon groupe (3 élèves au total), a choisi de traiter le thème forme et matière. L’œuf avec les différentes formes qu’il peut revêtir en cuisine nous a de suite intéressés.
# Nous avons fait de nombreuses recherches internet (parfois infructueuses, ou peu précises), et le plus souvent celles-ci nous conduisent finalement à l’article de presse de l’INRA de mars 2013 (document sur lequel j’ai pu trouver vos coordonnées).
# J’ai également fait acheter par ma maman le livre « les œufs, 60 clefs pour comprendre » et celui-ci me ramène aussi à l’INRA.
# Votre expérience et vos connaissances en terme de gastronomie moléculaire nous aideraient précieusement.
# En effet, j’ai bien compris que cuisiner l’œuf, c’était faire de la chimie.
# Que différents paramètres température, air, pH… influençaient la structure des composants de l’œuf, notamment les protéines.
# Aussi, notre TPE devrait s’orienter sur les propriétés physico-chimiques de l’œuf qui font qu’il se transforme, avec une partie théorique et une partie expérimentale.
# Alors je viens vous solliciter afin de pouvoir obtenir des documents pertinents qui nous permettraient :
# 1/D’expliquer la formation de l’œuf, sa composition.
# 2/D’expérimenter la chimie des œufs, le but étant de reproduire au laboratoire (ou chez nous) des expériences et de réaliser une vidéo qui sera visionnée et notée par le jury final.
# (Par exemple, je vais réaliser votre recette de l’œuf parfait au lave-vaisselle !).
# 3/D’expliquer de manière claire et pédagogique la chimie des œufs, quels constituants se modifient.
# D’ailleurs, peut-être serait-il bien de tester au laboratoire comment « décuire un œuf » : à ce propose, j’ai pu lire que des scientifiques avaient tenter l’expérience.
# Bref, je suis preneuse de toute information !
# Je vous remercie par avance de l’attention que vous me porterez, et s’il faut que je sois plus précise dans ma demande, n’hésitez pas à me le faire savoir.



Je reprends en commentant point à point
 


Dans le cadre du TPE de 1ère (épreuve anticipée du baccalauréat), mon groupe (3 élèves au total), a choisi de traiter le thème forme et matière. L’œuf avec les différentes formes qu’il peut revêtir en cuisine nous a de suite intéressés.

C'est un excellent choix : fascinant de voir un oeuf liquide, jaune-vert, transparent, devenir solide, blanc et opaque ! D'autant que la composition d'un blanc d'oeuf est (assez) simple : de l'eau et des protéines.


Nous avons fait de nombreuses recherches internet (parfois infructueuses, ou peu précises), et le plus souvent celles-ci nous conduisent finalement à l’article de presse de l’INRA de mars 2013 (document sur lequel j’ai pu trouver vos coordonnées).

Pourquoi pas... mais cela m'étonne que vous n'ayez trouvé que cela. Je rappelle que l''on cherche en anglais sur Google Scholar, quand on  n'a pas de bases de données.


J’ai également fait acheter par ma maman le livre « les œufs, 60 clefs pour comprendre » et celui-ci me ramène aussi à l’INRA.

Oui, en France, l'Inra est essentiel. Savez vous qu'il y a une unité très spécialisée dans les oeufs à Nouzilly ? Les meilleurs spécialistes mondiaux.


Votre expérience et vos connaissances en terme de gastronomie moléculaire nous aideraient précieusement.

 Je fais de mon mieux.


En effet, j’ai bien compris que cuisiner l’œuf, c’était faire de la chimie.

Certainement pas : cuisiner, c'est cuisiner. Faire de la chimie, c'est faire de la science. Certes, cuisinier de l'oeuf déclenche des réactions entre des composés, mais la cuisine n'est certainement pas de la chimie : ce n'est pas une science de la nature !
Inversement, la recherche scientifique, notamment la gastronomie moléculaire, ce n'est pas de la cuisine : on ne prépare pas des aliments, mais on produit de la connaissance.


Que différents paramètres température, air, pH… influençaient la structure des composants de l’œuf, notamment les protéines.

Ca, c'est une phrase compliquée. Heureux de dire que je ne la comprends pas (je peux l'interpréter de mille façons différentes, mais ce n'est pas  à moi de deviner laquelle est la bonne).


 Aussi, notre TPE devrait s’orienter sur les propriétés physico-chimiques de l’œuf qui font qu’il se transforme, avec une partie théorique et une partie expérimentale.

Plus exactement, je vous renvoie vers mon site, où j'explique mieux que cela comment faire un TPE, en faisant l'exégèse des textes officiels.


Alors je viens vous solliciter afin de pouvoir obtenir des documents pertinents qui nous permettraient :
1/d’expliquer la formation de l’œuf, sa composition.

Voir le livre sur l'oeuf de M. Thapon et ses collègues chez Lavoisier Tec et Doc.


2/D’expérimenter la chimie des œufs, le but étant de reproduire au laboratoire (ou chez nous) des expériences et de réaliser une vidéo qui sera visionnée et notée par le jury final. (Par exemple, je vais réaliser votre recette de l’œuf parfait au lave-vaisselle !).

Mais sur le site d'AgroParisTech, il y a bien d'autres documents, notamment mon "Let's have an egg".




3/D’expliquer de manière claire et pédagogique la chimie des œufs, quels constituants se modifient.
 D’ailleurs, peut-être serait-il bien de tester au laboratoire comment « décuire un œuf » : à ce propose, j’ai pu lire que des scientifiques avaient tenter l’expérience.

C'est moi qui ai fait le premier la chose, en 1997. Et mon texte est mis sur mon site.
D'ailleurs, j'y ai mis aussi d'autres choses sur l'oeuf, parce que ce TPE n'est ni le premier, ni sans doute le dernier.
Bon courage

mercredi 24 octobre 2018

Les TPE fleurissent... et confondent cuisine moléculaire et cuisine note à note

Paradoxalement, la floraison se fait au printemps... mais pour les travaux personnels encadrés, c'est en octobre que cela commence. Des lycéens se lancent sur des sujets afin de passer une épreuve anticipée du baccalauréat, en classe de Première.
Beaucoup s'intéressent à la "cuisine moléculaire", la confondant avec la gastronomie moléculaire et avec la cuisine note à note. Je leur explique la différence, et je réponds aux questions qui n'ont pas déjà leurs réponses sur mon site : https://sites.google.com/site/travauxdehervethis/Home/et-plus-encore/pour-en-savoir-plus/questions-et-reponses

Cela dit, je profite de ce blog pour répondre parfois de façon rénovée, et voici pour aujourd'hui :



- La cuisine moléculaire a-t-elle déjà envahi notre quotidien ?

Drôle de formulation : le mot "envahir" n'est-il pas connoté péjorativement ? C'est en tout cas ce que dit bien le dictionnaire (je recommande le seul bon : celui de la langue française informatisé du CNRS, en ligne gratuitement sur http://atilf.atilf.fr/) : "Pénétrer par force dans (un lieu) et (l')occuper pour s'en rendre ou en rester maître.".
La cuisine moléculaire n'a pas pour vocation de brusquer quiconque, mais, au contraire, d'aider les cuisiniers.
Rappelons sa définition :

La cuisine moléculaire, c'est la cuisine qui se fait à l'aide d'ustensiles modernes. 

Et, en effet, qui va travailler à dos d'âne, aujourd'hui ? Qui écrit encore en trempant une plume d'oie dans de l'encre ? Nous avons des outils modernes pour toutes nos activités ; alors pourquoi pas pour la cuisine ? C'est cela que j'avais voulu avec la cuisine : moderniser la composante technique, non pas pour changer la cuisine, mais pour en faciliter la réalisation.
Pas d'invasion, dans cette question : seulement une volonté de ne pas se comporter comme au Moyen-Âge, avec des pots en terre qui cassent, des aliments d'une sûreté douteuse (on ne doit pas oublier les danses de Saint Guy dues à l'intoxication par l'ergot de seigle, et autres causes qui faisaient mourir à l'âge de 30 ans), etc.

Répondons maintenant à la question plus juste : la cuisine moléculaire est-elle maintenant partout dans notre quotidien ?
Oui, la cuisson à basse température, qui se faisait initialement avec des thermocirculateurs de laboratoire, se fait maintenant dans n'importe quel four acheté en grande surface ; oui, on trouve des siphons partout et pour pas cher ; oui, des marchands de glace utilisent de l'azote liquide ; oui, on fume de façon moderne... Mais il reste du travail pour que s'introduisent nombre d'autres matériels utiles, telles des sondes à ultrasons pour faire des émulsions, des filtres pour clarifier, etc.



- Si non, pouvons nous l'envisager ?

Peut-on envisager un développement ultérieur ? Je l'espère bien. Ces temps-ci, on voit les imprimantes 3D apparaître... mais elles permettront de faire mieux que la cuisine moléculaire... à savoir la "cuisine note à note". Et cette dernière a bien commencé, avec alginates, agar-agar et autres gélifiants végétaux qui sont déjà dans les supermarchés... au point que certains cuisiniers utilisent la terminologie fautive de "gélatine végétale"  (impossible : la gélatine est animale, comme je l'explique ici : https://hervethis.blogspot.com/2018/09/gelatine-et-agents-gelifiants-pas-de.html).

Je répète la définition : la cuisine note à note est une "cuisine de synthèse", à savoir que les plats sont construits à partir de composés, et non pas de ces ingrédients traditionnels que sont les viandes, poissons, oeufs, légumes, fruits...

Mais, pour revenir à la question : je cherche à faire oublier la cuisine moléculaire pour faire advenir la "cuisine note à note"... tout en continuant à  développer la "gastronomie moléculaire" (rien à voir avec la cuisine moléculaire) dans les laboratoires du monde entier.



- Si on ne parle pas d'une invasion dans notre quotidien, certains produits issus de la cuisine moléculaire se trouvent-ils dans nos placards, et lesquels ?

Répondu plus haut.



- La cuisine moléculaire peut-elle être considérée comme une porte de secours vis à vis des pénuries alimentaires ?

Non, la cuisine moléculaire n'est pas une "porte de secours", mais un progrès technique, et non, elle ne contribue pas à la "sécurité alimentaire" (le fait de produire suffisamment d'ingrédients alimentaires, à ne pas confondre avec la "sûreté sanitaire"). C'est la cuisine note à note, dans le cadre du Projet Note à note, qui vise à contribuer à l'alimentation mondiale de demain.



 - A l'inverse, les produits nécessaires à la cuisine moléculaire peuvent-ils tomber en pénuries ?

 Oublions la cuisine moléculaire, puisque nos amis confondent et parlons de cuisine note à note : les composés peuvent-ils manquer ? La réponse est oui : le marché international des protéines se tend, ces temps-ci, et il peut parfaitement y avoir des pénuries d'ingrédients : polysaccharides, protéines, acides aminés, lipides... et même eau !



-Est-elle financièrement, à la portée de tous ?

Je décide de répondre à la question qui se poserait sur la cuisine note à note : et la réponse est évidemment oui !



 -Peut-elle contourner les allergies ? Ou en engendrer ?

Contourner une allergie ? J'aurais dit "éviter". Et la réponse est oui, pour la cuisine note à note : si l'on construit un plat à partir de composés, il est très facile de ne pas y mettre un composé allergène !  Engendrer des allergies ? 
Pourquoi pas.



- Peut-elle avoir un impact positif sur nos organismes ?

La cuisine note à note peut-elle avoir un impact positif sur nos organismes ? Je l'espère !



-Peut-elle avoir un impact négatif sur nos organismes ?

Un impact négatif ? Si l'on met trop de sel dans un plat, c'est mauvais, n'est-ce pas ? Si l'on utilise un ingrédient toxique, ce n'est pas bon non plus !



- La cuisine moléculaire reviendrait-elle plus coûteuse à long terme que la cuisine traditionnelle ?

Au contraire  !


 - Avec n'importe quelle recette, peut-on produire plus avec moins de matières premières ?

Pas certain de bien comprendre la question. Je passe.



 - Retrouve-t-on exactement les mêmes goûts, textures, odeurs qu'avec la cuisine traditionnelle ?

D'abord, la cuisine note à note permet de faire infiniment plus de goûts que la cuisine traditionnelle !



- Vous avez confectionné les repas pour Thomas PESQUET, leur confections doit répondre à plusieurs critères : compacité, légèreté, nutritif, la saveur, etc... pour chacun des astronautes en fonction de leurs poids, leurs sexes et leurs besoins particuliers. Cela ressort-il de la cuisine moléculaire ? Et si oui comment ?

Je n'ai pas confectionné les repas de Thomas Pesquet. Où avez-vous lu cela ?

mardi 23 octobre 2018

La publication scientifique peut-elle être confiée à des éditeurs privés ? Non ! Et nous en avons la preuve.

Une fois de plus, une revue américaine publie un mauvais article et publie simultanément un éditorial qui dit que cet article est mauvais. Drôle de pratique, non ?

Pourquoi font-ils ainsi ? Sachant que le monde est plein de mauvaise foi, je ne vais pas chercher à le savoir, mais je pressens des explications du style "il ne faut pas censurer", et autres. Qui sont de mauvaises raisons, car la dite revue ne se prive pas de refuser des articles quand cela l'arrange.
Non, plus prosaïquement, je crois que la revue fait un coup de publicité, tout comme quand Nature avait publié l'article de Jacques Benveniste sur la prétendue et inexistante mémoire de l'eau, et que, simultanément, ils avaient envoyé une commission d'enquête en France, afin de prouver qu'il y avait eu fraude.
Tout cela n'est guère conséquent, tout cela est en réalité malhonnête. Et il est vrai que la revue dont je parle vient d'être citée dans la terre entière, par les pour et par les contre... le sujet concerné étant un sujet éminemment politique. Donc l'éditeur est content : son facteur d'impact va grimper, et il vendra plus sa salade. Mais, derrière tout cela, se pose la question de la science, qui est donc publiée encore souvent par des éditeurs privés. Au fond, pourquoi les institutions scientifiques confient-elles la publication de leurs résultats à de telles sociétés privées... qui s'engraissent d'ailleurs avec abonnements, vente d'articles... alors que leur apport est quasi inexistant ,
 Pour ceux qui ne le savent pas, je rappelle que les comités éditoriaux sont constitués de scientifiques bénévoles, tout comme le sont les rapporteurs. Au mieux, l'éditeur fait un vague travail de secrétariat.

Cela est intolérable, et c'est pour cette raison que nous avons créé les Notes Académiques de l'Académie d'agriculture de France : une revue publique, gratuite pour les auteurs comme pour les lecteurs, avec une évaluation propre, en double aveugle, et l'idée d'aider les auteurs à perfectionner leurs articles : ceux-ci ne sont jamais refusés, mais acceptés seulement quand la qualité scientifique "académique" est atteinte.
Et, pour une telle revue, l'idée de publier un article qu'on dézinguerait dans un éditorial est inimaginable, bien sûr !