Pourquoi des pratiques scientifiques parfois si médiocres ?

Je m'aperçois que je n'ai pas assez signalé combien je m'étonne du travail de recherche bibliographique médiocre par certains de mes collègues.

Et ce n'est pas pour m'en plaindre que je l'évoque, mais pour expliquer aux plus jeunes comment bien faire. 

Je signale tout d'abord que c'est une règle éthique (voir par exemple le site de l'American chemical society) que de toujours citer celui ou celle qui a publié le premier le résultat ou l'idée que nous discutons.
Il n'est pas éthique de citer quelqu'un qui le cite, car cela le priverait de la paternité de sa découverte. Et ce serait donc malhonnête.

Evidemment, cela nécessite d'avoir cherché l'articie initial, et l'avoir lu, n'est-ce pas ?

Or, p our des points d'histoire des sciences qui m'intéressaient, j'ai eu ces derniers mois ou ces dernières années l'occasion de vérifier que des collègues ne citaient pas correctement, ou bien citaient des articles qu'ils n'avaient pas lus. Ou, pire, citaient des articles qui n'existaient pas !!!!!

 Par exemple, à propos des réactions de brunissement des aliments, j'ai découvert, en regardant correctement les publications que des articles cités depuis des décennies par les historiens de la chimie n'existaient pas.
 
 Le pire exemple est un article qui était attribué à Lin et Malting... pour lequel j'ai fini par découvrir qu'il était de Ling, et non Lin, et que son titre était "Malting" (il était consacré à la formation du malt, pour la brasserie).
Manifestement, toutes celles et tous ceux qui ont cité l'article de "Lin et Malting" (pendant 50 ans !) ne l'ont pas lu...  puisque cet article n'existe pas.

J'ai également exploré cette légende selon laquelle Benjamin Franklin aurait mesuré la taille des molécules : c'était bien impossible puisque la notion moderne de molécule n'est apparue qu'après 1860, c'est-à-dire bien après Benjamin Franklin !
Et, à nouveau, nombre des articles attribués à Franklin n'existaient pas non.
En revanche, je peux attester avoir les articles de Franklin et les avoir lus, ce qui m'a permis d'en parler en connaissance de cause.

Encore un autre exemple et non des moindres :  à propos de la prétendue prouesse de Louis Pasteur relative aux acides tartriques.
Il a été dit, écrit et répété que Pasteur aurait séparé des formes d'acide tartrique à la pince et sous le microscope...  mais j'ai découvert dans les textes de Pasteur lui-même que les cristaux faisaient plusieurs centimètres de long et ce n'est pas le microscope qui a été utilisé mais le goniomètre et d'autres appareils mis au point notamment par Jean-Baptiste Biot.
Les cristaux, eux, avaient été préparés par le chimiste Auguste Laurent, qui était le maître de stage de du jeune Pasteur (dont les dents rayaient le parquet) et qui a dû publier dans les Comptes Rendus de l'Académie des sciences une réclamation suite à l'article que Pasteur avait publié tout seul, sans mentionner une fois l'origine des cristaux ni des techniques mises en œuvre, ni des contributions de son encadrant : un véritable scandale, une certaine malhonnêteté.

Dans tous ces cas, je suis factuel et je me contente de chercher les sources primaires et de les lire.

Et c'est ainsi que je m'étonne ! D'ailleurs, je ne cite que quelques cas très éminents mais mon étonnement est quasi quotidien puisque ma veille bibliographique l'est aussi.

Je conclus : il y a de la médiocrité, de la malhonnêteté à citer ainsi des articles qu'on n'a pas lu, et j'espère que sont rouges de honte ceux dont j'ai montré qu'ils avaient cité des articles qui n'existent pas !

Dans cette discussion, je passe donc rapidement sur la pratique non éthique qui consiste à citer des revues ou des articles secondaires, alors que la communauté internationale a bien décidé que l'honnêteté devait être de citer les premiers articles qui ont établi un résultat ou proposé une idée, sans quoi on les prive de la propriété de leur découverte ou de leur invention. La pratique non éthique est donc médiocre, mais elle me paraît paradoxalement moins insupportable que les précédentes  : c'est dire l'état de délabrement du milieu scientifique où nous sommes. Notre communauté doit se reprendre immédiatement et transmettre aux étudiants des pratiques propres, éthiques, fondées sur des valeurs à la hauteur de notre mission (soulever un coin du grand voile) ;  la médiocrité n'en font pas partie !

Pour la soutenance d'une thèse

Discutant ce matin avec un doctorant qui finit la rédaction de son manuscrit de thèse, je m'aperçois qu'il a besoin de conseils pour la soutenance.

Et je propose de toujours commencer par les premiers principes, en l'occurrence se souvenir que le doctorat est le plus haut grade de l'université, qui correspond à la possibilité d'accéder à l'enseignement supérieur.

La soutenance, au moins en France et considérée comme un exercice qui vise à démontrer que l'on est capable de faire cours à l'université, c'est-à-dire d'exposer clairement un sujet et de répondre aux questions que l'on ne pose à ce propos.

Pour cet exercice particulier, il faut se souvenir que « soutenir une thèse », c'est ... soutenir une thèse, ce qui signifie littéralement proposer à ses auditeurs une idée que l'on va établir par des arguments.

En l'occurrence, cette thèse que l'on va soutenir, cette idée que l'on propose d'argumenter, correspond au travail scientifique effectué pendant les 3 ans de préparation, et l'on aura bien intérêt à garder à l'idée que cela peut se traduire en une phrase : c'est la thèse que l'on soutient.

La soutenance elle-même doit être une démonstration de cette thèse :  nous devons emporter la conviction des auditeurs, conviction fondée sur un exposé clair et détaillé des raisons pour lesquelles on peut accepter la thèse.

Cela étant dit, il est d'usage aujourd'hui, toujours en France, de laisser 45 minutes d'exposé au doctorant avant une séance de questions. Insistons : il est rédhibitoire de dépasser ces 45 minutes, pendant lesquelles  on se souvient qu'il s'agit d'être parfaitement clair.

Les questions posées par le jury, et éventuellement par des auditeurs à conditions qu'ils soient également docteurs ès sciences, visent, pour les membres du jury, à vérifier que le candidat est
effectivement capable de répondre à des questions, comme ils le feraient à des étudiants dans l'enseignement supérieur.

Mais, souvent, c'est aussi l'occasion d'avoir une discussion scientifique sur un sujet passionnant : celui du travail scientifique effectué par le doctorant.
Et c'est ainsi que les doctorants doivent le prendre : leur exposé est le support d'une discussion scientifique non seulement entre les membres du jury et le doctorant, mais aussi entre toute la communauté réunie à l'occasion.

Il ne faut pas se tromper de combat : ce n'est pas une personne que l'on interroge et qui doit répondre comme on le ferait à un professeur. D'ailleurs, le doctorant est souvent le spécialiste mondial de son sujet, personne sans doute ne connaît son sujet aussi bien que lui,  de sorte que les questions sont à la fois intéressées et bienveillantes.

En Angleterre, la pratique est très différente puisque le candidat, à huis clos,
doit répondre à des questions qui visent à connaître son niveau scientifique, et les questions sont évidemment  centrées sur le travail de la thèse, mais elles le dépassent.

Plus en détail maintenant, en revenant à la pratique française, s'il y a 45 minutes d'exposé, il doit y avoir un grand maximum de 45 diapositives, toute construites sur ce modèle : un titre, une image, des références.

Le titre indique le contenu de la diapositive.
Les images ne sont pas nécessairement des photographies :  il peut y avoir des graphes, des histogrammes, des schémas... Mais on prendra garde qu'une image  composée de plusieurs images impose d'y passer bien plus d'une minute. À raison d'une minute par diapositive, il est impossible de faire plus qu'un graphe par exemple ou bien plus qu'une photographie car il y a beaucoup à dire à ce propos, et le but n'est pas de faire défiler des informations à toute vitesse pour impressionner son auditoire, mais, bien au contraire, d'expliquer correctement car on se souvient du principe général : montrer que l'on est capable de faire cours à des étudiants de l'enseignement supérieur.

D'ailleurs, cette idée doit conduire aussi à ajuster le niveau d'explication.

Et l'on ne se trompera pas de combat : il est hors de question de faire des masques colorés  et sans signification dans les diapositives que l'on présente, car il y a une rigueur scientifique qui correspond à la volonté de se focaliser sur l'important et non pas sur l'accessoire, sur le fond et
pas sur la forme.

Bien sûr, la forme doit être soignée : il est hors de question de laisser traîner des fautes d'orthographe, des erreurs sur un schéma, d'oublier d'indiquer les unités sur des axes de graphique, etc. ... mais tout cela est en réalité du fond scientifique, et non  pas de la forme car, par exemple, un graphique dont les axes n'ont pas de d'indication de la nature de la quantité représentée n'ont aucun sens : il s'agit bien de contenu.

Il n'est pas interdit évidemment de faire un petit effort en terme de couleurs, par exemple une courbe dans un diagramme pour lequel les axes seraient en noir, un trait un peu plus épais pour mieux le faire apparaître, etc., mais il s'agit là, je le répète, de se focaliser sur le contenu scientifique de la chose et non pas sur des décisions tout à fait arbitraires : nous ne sommes pas dans une agence de marketing.

Si un docteur a bien préparé son document, il peut faire même mieux :  il peut se payer le luxe de préparer dans son discours et dans ses diapositives des points que le jury ne manquera pas de questionner, un peu comme des torchons rouges que l'on présenterait au taureau.
Et évidemment, avec beaucoup de coquetterie, il aura préparé, derrière la dernière diapositive de sa présentation,  quelques diapositives qui répondront à ces questions qu'il avait prévues, qu'il avait anticipées.
C'est un jeu, mais un jeu très important :  la science n'est-elle pas si belle qu'elle mérite qu'on lui consacre un temps infini ?  La soutenance de test pour un doctorant et une de ces occasions merveilleuses.

A mes collègues qui font des rapports pour des revues scientifiques

Dans les deux revues scientifiques que je contribue à animer, nous mettons en oeuvre le triple anonymat, et je crois que c'est utile : les manuscrits sont confiés, sans que les auteurs ne soient connus, à des "éditeurs", et ces derniers sollicitent alors des "rapporteurs", qui ne peuvent donc pas non plus savoir qui sont les auteurs. Et l'identité des éditeur et rapporteurs n'est pas communiquée aux auteurs.
Cela devrait suffire à assurer des évaluations justes, mais l'expérience prouve que l'éducation (le mot n'est pas trop fort) de nombreux rapporteurs reste à faire !
 

En effet, régulièrement, moi qui m'assure de l'anonymat du processus, je vois des termes désobligeants dans les rapports, des jugements de valeur déplacés, et, évidemment, je contacte éditeurs ou rapporteurs pour leur proposer de changer les phrases déplacées... car ils ne perçoivent pas bien les enjeux, de ce point de vue.

Un exemple ? A propos d'un manuscrit soumis par un des plus grands épidémiologistes français, je reçois un rapport où il est conseillé aux auteurs de se former en épidémiologie ! Dans un autre rapport, le rapporteur écrit que les auteurs "prétendent" quelque chose, alors qu'ils auraient dû se limiter à dire que les auteurs ont écrit quelque chose.
A propos d'un manuscrit qui comporte quelques fautes de grammaire (4), l'éditeur signale "de nombreuses fautes".
A propos de références, un rapporteur signale qu'elles ne sont pas à jour... parce qu'il ignore manifestement que l'éthique veut que l'on cite le premier auteur à avoir publié une idée ou un résultat.
Et j'en passe, et des pires !

Chers collègues et amis, oubliez le temps où des revues scientifiques indélicates demandaient aux rapporteurs de rejeter sans pitié les manuscrits, faute de place dans les journaux. Apprenez, si vous l'ignorez, que les rapporteurs doivent être bienveillants, qu'ils doivent aider les auteurs à améliorer leurs manuscrits, que vous avez ainsi une mission pédagogique, et, surtout, que votre travail, essentiel pour la qualité de la production scientifique, doit conduire à des articles de bonne qualité (et ce n'est pas en blessant les auteurs que vous y arriverez).

N'oubliez pas non plus que vous rougiriez de jugements de valeur déplacés que vous feriez si votre anonymat était levé.
N'oubliez pas que la rédaction scientifique est difficile, et que chacun d'entre nous a besoin de la gentillesse et de la compétence des autres pour s'améliorer, pour faire mieux, à défaut de faire bien du premier coup.
N'oubliez pas que même les plus grands peuvent faire des erreurs, tels Albert Einstein, qui avait balayé désobligeamment un rapport d'un "petit jeune"... qui avait pourtant mis le doigt sur une de ses erreurs.

Bref, n'oubliez pas que le summum de l'intelligence, c'est la bonté et la droiture. 

Vous avez le droit de relever des erreurs factuelles dans les manuscrits que vous rapportez, mais vous n'avez pas le droit d'être blessant : n'oubliez pas que nous sommes ce que nous faisons, que quelqu'un qui blesse autrui est un salaud.
Et permettez-moi donc de vous recommander la plus grande bienveillance.
Les temps des revues refusant les manuscrits, gérées par des sociétés privées indélicates, voire malhonnêtes, est révolu, et vient enfin le temps de publications plus éclairées. Votre mission a changé, les temps ont changé, et vous devez changer aussi, si vos comportements le nécessitent. 

Bref, votre mission étant une composante essentielle des sciences, soyez remercié de votre implication, mais faites bien jusqu'au bout.

Comment nommer la cuisson du poisson dans un court-bouillon ?

 
 
 On peut cuire le poisson de mille façons :  en le faisant sauter, griller, frire, etc.
 
 Mais il a notamment cette manière classique qui consiste à cuire dans un court-bouillon. Comment la nommer ?
 
Ce type de cuisson ce n'est pas un pochage, comme certains le disent trop rapidement, car
un pochage nécessite la formation d'une enveloppe, d'une poche.
Autant on a raison de parler de pocher des oeufs, autant cela n'est pas la question pour le poisson

La terminologie de pot-au-feu s'appliquerait-elle ? Sans doute pas car il n'y a pas là la
fonction de cuire longuement dans un liquide pour attendrir : le poisson est déjà tendre, et il faut surtout éviter de le durcir.

Et la terminologie de braisage ne convient pas, car un braisage s'apparente plutôt à un poêlage (enceinte fermée, un peu de liquide au fond seulement).

En réalité,  le court-bouillon ne doit que frémir, dans le court-bouillon
Court-bouillonnage serait-il un néologisme à introduire ? On se souvient toutefois de Joseph Favre, dans son Dictionnaire universel
de cuisine pratique, qui n'a guère eu de succès avec son verbe blanchilégumer, pour signifier simplement blanchir.
Et pourquoi pas un frémissage. Et le verbe frémir, utilisé transitivement ? On pourrait alors dire simplement "frémir un poisson", qui aurait son pendant "simmer"  en anglais.

On ne cite que des textes qu'on a lus !

 One dira jamais assez combien il faut se méfier des littératures secondaires !

La règle scientifique est claire : quand on cite un article, c'est parce que l'on veut dire à nos collègues qu'il contient des informations que nous utilisons pour notre recherche... et l'on comprend qu'il faut l'avoir lu, pour le recommander. Il faut donc avoir récupéré l'article, de sorte que l'on soit en mesure de le donner à ceux qui nous le demandent. En corollaire, il n'est pas admis de citer un auteur qui a cité un auteur pour le travail qui a été initialement été fait, parce que cela prive l'auteur initial de la paternité de ses découvertes.

Bref, il faut citer de la littérature primaire, parfois ancienne, et non pas de seconde main, d'occasion pourrait-on dire.

Or récemment, cherchant des articles sur les changements de couleur des aliments, j'ai trouvé un article qui me semblait bien intéressant et qui citait un article ancien que j'ai voulu consulter.
Ne le trouvant pas, et nous trouvant même pas la revue dont il était écrit que l'article était tiré, j'ai contacté l'auteur de l'article qui citait l'article qui m'intéressait... et ce collègue m'a répondu très honnêtement qu'il n'avait pas l'article, mais qu'il allait demander au premier signataire de l'article de me le transmettre.
Je l'ai donc remercié... mais presque aussitôt, mon correspondant m'a envoyé un message me disant que ce premier signataire n'avait  pas l'article, et qu'il avait cité une référence prise dans un article plus récent, qu'il pouvait me communiquer. De plus, mon correspondant m'a signalé que son co-auteur avait toutefois dépister que le nom de l'auteur initial avait été mal orthographié par l'auteur où il avait trouvé l'article initial, et que, dans la référence dont j'étais parti, il avait  corrigé le nom de l'auteur qu'il citait.

Ayant le nom correct de l'auteur, j'ai alors poursuivi mes recherches, et j'ai finalement trouvé, après une très longue recherche,  que le journal qui avait été cité n'existait pas pour  l'année qui était donné pour l'article considéré.

Mais j'ai ensuite découvert fortuitement (la chance sourit aux esprits préparés) que le journal que je cherchais avait en réalité trois fois changé de nom. De sorte que le nom du journal n'était pas celui qui était dans la référence dont j'étais parti.

Bref, j'ai fini par trouver l'article ancien que je cherchais, et je l'ai envoyé à mes correspondants, espérant leur rendre service, et non pas les vexer.

Je conclus que ces derniers ont été honnêtes, mais je n'aurais pas aimé être à leur place, pris en quelque sorte en flagrant délit de citer des articles qu'on a pas lu.

Ce n'est pas la première fois que je vois des collègues citer des articles qu'ils n'ont pas lu, et, parfois, qui n'existent même pas. Et ce n'est sans doute pas la dernière que je vois cette pratique... que je n'ai pas besoin de caractériser.

Mais je dis cela surtout pour mes jeunes amis, en leur conseillant d'imaginer la honte de ceux qui sont ainsi pris en défaut. J'espère qu'ils sauront éviter de trébucher.

Un livre consacré à Chevreul, et qui -j'espère- explique bien ce qu'il a fait, à propos de la chimie des graisses

Alors que je relis une fois de plus le manuscrit du livre que je consacre aux travaux de Michel Chevreul, chimiste français qui découvrit notamment la constitution moléculaire des graisses, je ne peux m'empêcher de prendre un peu de recul et me demander quels sont les enseignements nous pouvons en tirer pour nos propres recherches.

Chevreul a commencé son travail sur la constitution chimique des graisses en 1813 et il l'a fini vers 1824 :  9 années entièrement consacrées à cette question. 9 années d'analyses, de séparations, de purifications, d'expériences en tout genre qui ont conduit à des révisions intellectuelles progressives et  à la grande idée que l'on doit à Chevreul : les graisses alimentaires sont majoritairement constitué de triglycérides, composés dont les molécules contiennent un résidu de glycérol et 3 résidus d'acides gras.

Cette découverte et d'autant plus exceptionnelle que Chevreul travaillait à l'époque où la notion de molécule n'était pas encore établie. On confondait atome, molécule, corpuscule, particule et l'on voit même Louis Pasteur utiliser plusieurs de ces mots dans une même phrase pour désigner le même objet.
A l'époque, la chimie venait de naître, et elle était encore loin de nous donner  la compréhension des matières qui nous environnent.

J'espère avoir expliqué cela clairement dans mon livre,  et je ne regrette en tout cas pas le temps pris par l'histoire des sciences à ma propre recherche : les enseignements sont innombrables, et, comprenant mieux le mécanisme des progrès scientifiques, je vois mieux aussi quelques idées pour nous guider vers la recherche.

J'espère surtout que ma présentation est plus claire que les nombreux textes dont je suis parti et dont j'ai croisé les informations... parce qu'en réalité je n'en trouvais pas un qui me conviennent, qui soit suffisamment clair, argumenté, référencé, précis.

J'ajoute pour terminer que tout cela fera un livre mis en ligne gratuitement sur le site de l'Académie d'agriculture, le premier d'une nouvelle série intitulée "Les petits livres de l'Académie".

Le malt qui brunit

En 1908, lors de la journée générale des brasseurs anglais, le brasseur A. R. Ling fit une communication où il proposa que le brunissement du malt résulte de réactions entre des sucres réducteurs et des acides aminés. Il n'était pas particulièrement novateur, car cela faisait un demi-siècle que l'on connaissait et que l’on étudiant ces réactions de brunissement des aliments qui ont pour nom réaction amino-carbonyles.

Il y a de nombreuses réactions de brunissement des aliments : certaines se font à température ambiante et résultent de l'action d'enzymes, comme quand on coupe des fruits ou des légumes tels que pommes, bananes, avocats, artichauts, champignons, et cetera ; l'endommagement des cellules du tissu végétal libère des phénols et des enzymes phénolases, qui étaient jusque-là stockés dans des compartiments séparés des cellules, ce qui déclenche des réactions qui engendrent finalement des composés bruns nommé mélanoïdines. 

Mais le brunissement du malt ne résulte pas de telle réactions ; il découle plutôt de réaction non enzymatiques, engendrées par la chaleur et parfois fautivement nommées réaction de Maillard. En réalité, ces réactions furent découvertes par le pharmacien lillois Lucien Dussart en 1856. Elles font intervenir soit des acides aminés, soit des peptides, soit des protéines, et d'autre part des sucres réducteurs tels que glucose, fructose, et cetera. Ces réactions furent beaucoup étudiées par l'école allemande de chimie, notamment autour d'Émile Fisher (prix Nobel de chimie en 1902)… et on notera que ces réactions de brunissement ne sont qu'une des possibilités, car on en connaît bien d’autres : pyrolyses variés (notamment la caramélisation des sucres), oxydation, et cetera.