Cherchons de bonnes références

La méthode, en sciences de la nature et, plus généralement, pour la totalité des travaux de l'esprit, qui consiste à s'assurer de nos incertitudes et de nos certitudes est vraiment merveilleuse. 

Quand on écrit un texte, un minimum de conscience nous impose de nous assurer de ce que nous écrivons. Et la pratique de la recherche scientifique, notamment de la rédaction d'articles scientifiques, impose de chercher sans cesse des références. Des "bonnes" références ! 

Quand nous citons un fait, une idée, nous devons, de façon éthique, faire référence à la première publication qui a établi ce fait, qui a proposé cette idée. 

Certains collègues médiocres se limitent à chercher la première référence qu'ils trouvent à ce propos, mais ce n'est pas éthique, car cela prive les véritables découvreurs ou inventeurs de la reconnaissance de paternité qu'on leur doit. 

Il y a donc lieu de faire une recherche sérieuse. Mais, au delà de l'aspect extrinsèque de cette recherche, il y a surtout l'intérêt intrinsèque de faire ce bon travail car, cherchant de bonnes références, nous trouvons des documents généralement passionnants que nous pouvons citer correctement certes, mais dont nous pouvons aussi faire notre miel. 

Une recherche sérieuse de références sérieuses est toujours merveilleuse parce que, faisant le tri entre des publications médiocres et des publications remarquables, nous identifions les publications remarquables, et le fait est que nous ne manquons pas d'être généralement émerveillé de ce qui s'y trouve. Nous corrigeons ainsi nos idées fausses, nos a priori, nous supprimons nos incertitudes, nous voyons mieux les travaux à effectuer pour faire avancer la connaissance. 

C'est réflexions me sont venues alors que, hier, lors d'une telle recherche, j'ai trouvé un article qui avait analysé correctement la légende selon laquelle Catherine de Médicis aurait bouleversé la cuisine de France en venant à la cour accompagnée de ses cuisiniers italiens. L'historien, italien, à retracé à la la préface des Dons de Comus, au 17e siècle, comment le gland est devenu une citrouille. 

Ce type de phénomène est courant en histoire des sciences et je l'ai trouvé plusieurs fois moi-même en cherchant les publications primaires au lieu de répéter ce que disaient certains historiens ou soi-disant tels. 

Par exemple, la légende veut que Louis Pasteur ait "séparé à la pince, sous le microscope, des cristaux des deux formes d'acide tartrique". En réalité, il n'y a pas deux formes,  mais trois formes, d'une part. D'autre part, les cristaux étaient si longs qu'il n'y avait pas besoin de microscope. Enfin, il est bien naturel que l'on sépare les produits chimiques à la pince. 

En réalité, c'est le gendre de Louis Pasteur, excessivement fier de son beau-père, qui a contribué à construire un mythe auquel Pasteur s'est bien prêté. 

Autre exemple, dans l'étude des réactions de glycation ou des réactions amino-carbonyle, un article par des auteurs prétendument nommés Lin et Malting aurait été produit, à propos de   la confection de la bière... mais j'ai finalement découvert qu'il n'existe pas de tel article. En revanche, un certain Ling a publié un article consacré au "malting", la préparation du malt, que l'on utilise pour faire la bière. 

Ma découverte  s'est faite dans le cadre de mon étude sur les réactions fautivement attribuées à Maillard, étude à l'issue de laquelle j'ai finalement découvert que ces réactions avaient été découverte 50 ans plus tôt par un pharmacien lillois nommé Dussart. 

D'ailleurs, Louis Camille Maillard lui-même cite 91 fois le chimiste allemand Emil Fischer qui l'avait précédé d'un demi-siècle dans l'étude de ces réactions. Maillard dit bien tout ce qu'il doit à  Fischer. Pourquoi finalement a-t-on parlé de réaction de Maillard ? Je l'ignore avec certitude mais je conjecture que l'antagonisme franco-allemand qui avait cours à cette époque a conduit certains à se raccrocher à Maillard plutôt qu'à Fischer et à ses élèves. 

Et je pourrais enchaîner ainsi les exemples car chaque recherche bibliographique que je fais me montre des citations médiocres, des histoires forgées, des concepts contestables repris à nauseam. 

Décidément, il y a lieu, quand on fait une recherche, de faire une recherche précise qui nous conduit à bien mieux que ce que nous que ce que nous savions ou que ce que nous croyions savoir.

Qui citer ?

Un ami qui me soumet un manuscrit cite des livres de vulgarisation dans un texte universitaire. Je lui fais remarquer que les auteurs qu'il cite sont des compilateurs, de surcroît, mais mon ami me répond que les textes qu'il cite sont ceux dont il a tiré l'information qu'il utilise pour son propre texte, et que c'est donc justice que de citer ces personnes.
Que conclure ? Que faire ?


Oui, c'est justice, mais qu'elle la bonne pratique ?
Observons tout d'abord que c'est justice de citer ces personnes... mais injustice de ne pas citer ceux qui sont à l'origine des travaux cités par les compilateurs.
Et dans la mesure où les scientifiques paresseux -disons "rapides", pour être charitable- citent beaucoup plus les "reviews", synthèse, compilation, oeuvres de vulgarisation que les travaux princeps, on finit par n'avoir que les compilateurs cités, ce qui est parfaitement anormal. L'injustice s'entérine... d'autant qu'il y a aussi une injustice à créditer les compilateurs de travaux qu'ils n'ont pas fait. Car que cite-t-on : les textes des compilateurs, ou les données compilées ? Là est la première question que l'on aurait dû poser, et la réponse montre qu'il faut citer les travaux originaux.

D'autre part, ce n'est pas une bonne pratique de partir de textes -notamment les compilations- quand ils ne sont pas parfaitement récents, et non pas pour montrer à tous que l'on fait sa bibliographie, mais surtout parce que les travaux récents font des révisions scientifiques utiles : c'est l'état de l'art, et tout travail plus ancien, qui aurait été révisé, ne doit donc pas être cité.
D'autant que les articles récents, qui paraissent plus souvent que les reviews, synthèses ou compilations,  sont publiés plus fréquemment, et sur des points plus précis. De surcroît, si ces articles sont bons, ils auront fait une exploration bibliographique serrée, et qui aura plus d'acuité que celles des compilations.

D'où la conclusion : quand on cite des travaux, il faut citer directement ceux qui en sont les auteurs, et les auteurs de révisions de ces résultats. Pas les textes intermédiaires, et encore moins les compilations  !

Mais évidemment, cela demande beaucoup de travail, alors que mon ami se reposait paresseusement sur les reviews, synthèses, compilations... qui lui évitaient toute la recherche.

Mais je finis charitablement : c'était sans doute moins de la paresse que de l'ignorance des règles de bonne pratique scientifique.



Références  :
Une citation qui m'a servi : Penders B (2018) Ten simple rules for responsible referencing. PLoS Comput Biol 14(4):e1006036. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006036
Un article important, parce qu'il dit bien que citer, c'est quand même avoir un regard critique : Nature Genetics. Neutral citation is poor scholarship. Nature Genetics. 2017; 49:1559. https://doi.org/10.1038/ng.3989 PMID: 29074946
Un article "bonnes pratiques" : Carol Anne Meyer, Reference accuracy: best practices for making the links, The Journal of Electronic Publishing, 11(2), 2008,  DOI: http://dx.doi.org/10.3998/3336451.0011.206

(texte encore en chantier)

La question des références

Pour les publications scientifiques, il y a cette particularité que toute affirmation doit être justifiée. Et la justification doit être une autre publication, ou bien une étude expérimentale.

Mais, d'autre part, les scientifiques gaspilleraient l'argent qui leur est alloué s'ils refaisaient sans raison des travaux déjà faits. Il faut avoir de vraies raison, pour refaire un travail déjà fait et publié : par exemple, douter du résultat, ou bien voir dans la reproduction de ce travail une possibilité d'obtenir des compétences que l'on n'a pas... Mais je le redis: en général, on ne répète pas un travail déjà fait, et l'on se limite à le citer.
Bien sûr, cela, c'est pour un monde idéal, où toutes les publications seraient de bonne qualité, et je râle quand je vois des travaux mal faits : non seulement parce que des revues n'ont pas fait correctement leur travail d'évaluation, mais aussi parce que l'on a alors des résultats auxquels on ne peut pas vraiment croire. Et aussi parce que cela donne de mauvais exemples, que cela affaiblit la science, que cela retarde la collectivité scientifique, et, parfois même, parce que le même travail bien fait ne peut plus être publié.

Mais revenons à la question : oui, quand on affirme quelque chose en science, on doit le justifier, par une référence ou par des expériences validées. 

Pour les expériences validées, il suffit de faire de la bonne science, mais c'est la question des références que je veux discuter ici. Pour dire que donner des références est un début, mais seulement un début : donner de mauvaises références, c'est aussi nul que ne pas donner de référénces. De sorte que nous devons faire savoir ce point à nos jeunes collègues : nous ne jouons pas à un jeu formel qui consiste à barder nos textes de références, mais nous devons justifier nos affirmations par de bonnes références, par de bons articles qui décrivent des résultats expérimentaux bien faits !

La belle science, c'est une sorte d'artisanat d'art, n'est-ce pas ? Le souci du détail, le soin, la volonté de bien faire...

Conseils pour la rédaction d’un manuscrit de thèse : comment citer les mauvais articles 2/N

Dans un manuscrit de thèse, on ne cesse de citer des articles.

Dès l'introduction, la moindre phrase doit être validée, et elle ne peut l'être, à ce stade, que par référence à d'autres auteurs, qui l'ont validée expérimentalement. Puis, quand on analyse l'état de l'art, c'est évidemment le moment où les références à d'autres sont constantes. Là encore, une phrase, une ou plusieurs références.
Les Matériels & méthodes ? Les méthodes doivent être validées, ce qui impose de justifier nos choix. Les matériels ? De même.
Puis, lors des interprétations, lors des "discussions", il faut comparer ce qui est obtenu expérimentalement à ce que d'autres ont obtenu.

Bref, on cite sans cesse d'autres auteurs, et c'est d'ailleurs bon signe, parce que cela prouve (rappelons que nous sommes de ceux qui ont de bonnes pratiques et qui, de ce fait, ne citent que des articles qu'ils ont lus!) que l'on a beaucoup lu, donc beaucoup appris, ce qui est un des objectifs des travaux de thèse.

{{Oui mais}}

Oui, mais on garde en mémoire l'idée qui motive la citation d'une publication : on veut établir un fait. De sorte que les articles cités doivent être bons !
Comment, tous les articles publiés ne sont-ils pas bons ? Après tout, ils ont été évalués par des pairs, n'est-ce pas ? Oui, mais.... Oui, mais je sais, pour avoir être souvent rapporteurs, dans de grandes revues internationales, que ces dernières publient des manuscrits pour lesquels j'ai soulevé des objections factuelles désastreuses ! Je sais, pour faire soigneusement ma bibliographie, qu'une proportion notable de publications sont mauvaises. Je  me suis exprimé ailleurs, de sorte que je ne vais pas y revenir ici, mais je propose que nous nous contentions de l'idée selon laquelle beaucoup de publications sont mauvaises.

Ne pas les citer ? C'est s'exposer à ce l'on nous reproche justement de ne pas les avoir vues (et lues).
Les citer ? Donner leurs informations sans les critiquer, c'est devenir aussi mauvais qu'elles. Les critiquer ? il y a façon et façon de le faire, mais, en tout cas, il n'est pas interdit de signaler qu'une expérience n'a pas été répétée, ou bien qu'un temps de relaxation était trop court pour que l'on obtienne une donnée quantitative admissible, ou bien qu'une règle de bonne pratique n'a pas été appliquée : de la sorte, on ne "critique" pas, mais le fait d'être factuel est peut-être encore plus dévastateur.
En tout cas, il y a ce fait que le travail bibliographique vise non seulement faire le tour complet des publications, mais aussi à faire leur évaluation, avec notamment des confrontations et des synthèses. 

 La question la plus ennuyeuse, à propos des mauvaises publications, c'est de savoir quoi en faire. Imaginons une information transmise par une telle publication, fut-elle une information plausible. Pouvons-nous vraiment la reprendre pour nos raisonnements, sachant qu'il y a une probabilité qu'elle soit fausse ? C'est imprudent, risqué. Un de mes amis a vraiment raison de dire que "donnée mal acquise ne profite à personne" ! Les mauvaises publications sont une plaies, et les scientifiques paresseux sont bien plus nuisibles que de simples édredons. Ils n'ont qu'un mérite, que je trouve par analogie avec les philosophes qui nous proposent de tester notre bonne humeur avec de petites contrariétés : les mauvais articles sont des exercices de vigilance, et ils nous conduisent à approfondir nos recherches bibliographiques pour aller détruire les idées qu'ils propagent. Ce faisant, nous tomberons bien, un jour ou l'autre, sur des articles merveilleux !