Cherchons de bonnes références

La méthode, en sciences de la nature et, plus généralement, pour la totalité des travaux de l'esprit, qui consiste à s'assurer de nos incertitudes et de nos certitudes est vraiment merveilleuse. 

Quand on écrit un texte, un minimum de conscience nous impose de nous assurer de ce que nous écrivons. Et la pratique de la recherche scientifique, notamment de la rédaction d'articles scientifiques, impose de chercher sans cesse des références. Des "bonnes" références ! 

Quand nous citons un fait, une idée, nous devons, de façon éthique, faire référence à la première publication qui a établi ce fait, qui a proposé cette idée. 

Certains collègues médiocres se limitent à chercher la première référence qu'ils trouvent à ce propos, mais ce n'est pas éthique, car cela prive les véritables découvreurs ou inventeurs de la reconnaissance de paternité qu'on leur doit. 

Il y a donc lieu de faire une recherche sérieuse. Mais, au delà de l'aspect extrinsèque de cette recherche, il y a surtout l'intérêt intrinsèque de faire ce bon travail car, cherchant de bonnes références, nous trouvons des documents généralement passionnants que nous pouvons citer correctement certes, mais dont nous pouvons aussi faire notre miel. 

Une recherche sérieuse de références sérieuses est toujours merveilleuse parce que, faisant le tri entre des publications médiocres et des publications remarquables, nous identifions les publications remarquables, et le fait est que nous ne manquons pas d'être généralement émerveillé de ce qui s'y trouve. Nous corrigeons ainsi nos idées fausses, nos a priori, nous supprimons nos incertitudes, nous voyons mieux les travaux à effectuer pour faire avancer la connaissance. 

C'est réflexions me sont venues alors que, hier, lors d'une telle recherche, j'ai trouvé un article qui avait analysé correctement la légende selon laquelle Catherine de Médicis aurait bouleversé la cuisine de France en venant à la cour accompagnée de ses cuisiniers italiens. L'historien, italien, à retracé à la la préface des Dons de Comus, au 17e siècle, comment le gland est devenu une citrouille. 

Ce type de phénomène est courant en histoire des sciences et je l'ai trouvé plusieurs fois moi-même en cherchant les publications primaires au lieu de répéter ce que disaient certains historiens ou soi-disant tels. 

Par exemple, la légende veut que Louis Pasteur ait "séparé à la pince, sous le microscope, des cristaux des deux formes d'acide tartrique". En réalité, il n'y a pas deux formes,  mais trois formes, d'une part. D'autre part, les cristaux étaient si longs qu'il n'y avait pas besoin de microscope. Enfin, il est bien naturel que l'on sépare les produits chimiques à la pince. 

En réalité, c'est le gendre de Louis Pasteur, excessivement fier de son beau-père, qui a contribué à construire un mythe auquel Pasteur s'est bien prêté. 

Autre exemple, dans l'étude des réactions de glycation ou des réactions amino-carbonyle, un article par des auteurs prétendument nommés Lin et Malting aurait été produit, à propos de   la confection de la bière... mais j'ai finalement découvert qu'il n'existe pas de tel article. En revanche, un certain Ling a publié un article consacré au "malting", la préparation du malt, que l'on utilise pour faire la bière. 

Ma découverte  s'est faite dans le cadre de mon étude sur les réactions fautivement attribuées à Maillard, étude à l'issue de laquelle j'ai finalement découvert que ces réactions avaient été découverte 50 ans plus tôt par un pharmacien lillois nommé Dussart. 

D'ailleurs, Louis Camille Maillard lui-même cite 91 fois le chimiste allemand Emil Fischer qui l'avait précédé d'un demi-siècle dans l'étude de ces réactions. Maillard dit bien tout ce qu'il doit à  Fischer. Pourquoi finalement a-t-on parlé de réaction de Maillard ? Je l'ignore avec certitude mais je conjecture que l'antagonisme franco-allemand qui avait cours à cette époque a conduit certains à se raccrocher à Maillard plutôt qu'à Fischer et à ses élèves. 

Et je pourrais enchaîner ainsi les exemples car chaque recherche bibliographique que je fais me montre des citations médiocres, des histoires forgées, des concepts contestables repris à nauseam. 

Décidément, il y a lieu, quand on fait une recherche, de faire une recherche précise qui nous conduit à bien mieux que ce que nous que ce que nous savions ou que ce que nous croyions savoir.

Les références dans un article ? Il y a le meilleur et le pire selon le comportement de celles et ceux qui les donnent.

Dans un article scientifique, tout doit être justifié : pour chaque fait que l'on cite, on doit donner la référence à l'article publié par la personne qui a établi le fait ; pour chaque idée publiée, il doit y avoir la référence aux personnes qui l'ont proposée et ainsi de suite : tout doit être référencé.

C'est là une manière élémentaire de faire des publications scientifiques ou technologiques, et il n'y a pas lieu d'en discuter en toute généralité, sauf à observer que bien trop souvent, les citations ne sont sont ni éthiques, ni bien faites.
Une manière déplorable de donner des références consiste à citer le premier texte qui passe et qui discute des points que l'on veut établir. C''est non seulement un travail de feignant,  mais c'est aussi malhonnête : il faut vraiment qu'une référence que l'on cite établisse vraiment l'idée qui vient à l'appui de la référence. Evidemment !
De surcroît,  il n'est pas éthique de faire ainsi car on prive les auteurs véritables de la paternité de leur travail, ce qui peut avoir des conséquences sur leur carrière par exemple : en ces temps où les avancements sont souvent décidés par le nombre de citations, d'articles et cetera, il faut créditer celles et ceux qui le méritent.

Un autre cas déplorable : la citation de mauvais articles, sans évaluation critique de ces derniers. Là, non seulement on ne rend pas service au lecteur (que l'on guide vers de mauvais textes), mais de surcroît, on endosse en quelque sorte la responsabilité de la médiocrité des articles que l'on cite. A éviter absolument si l'on tient un minimum à sa réputation, ou, mieux,  à l'estime qu'on a de soi-même.

Dans les cas pathologiques, il y a l'absence de citation bien sûr, mais elle devrait constituer une sorte de barrage à la publication des articles dans les revues de bonne qualité.  

Levons le nez, regardons le ciel bleu : la recherche bibliographique est un acte de science, en ce qu'il permet de bien voir le paysage scientifique. Et creuser jusqu'aux vrais faits bien établis réserve toujours des surprises. Ayant passé de longs moments à vouloir comprendre ce mythe de Louis Pasteur "découvrant la chiralité", j'ai trouvé bien mieux que l'admiration naïve d'une statue qui avait été érigée de façon indue : le merveilleux paysage des travaux qui ont conduit à la notion moderne (que n'avait pas Pasteur, puisqu'il n'avait pas l'idée de molécules) de chiralité. Et c'est ainsi que l'on a raison d'admirer Jean-Baptiste Biot et bien d'autres. 

Voir https://www.academie-agriculture.fr/publications/notes-academiques/n3af-note-de-recherche-des-cristaux-dauguste-laurent-et-des

Une phrase, une référence

 
 Le "jeu de la publication scientifique" est évidemment compliqué par les relations humaines entre les "chers collègues" (cela date du XIIe siècle que l'on dise que Dieu a couronné le monde avec le Professeur d'université, mais que le Diable a ensuite produit le "cher collègue"), mais il y a quelques règles. 

Sortant de plusieurs rapport que je devais faire pour des revues, j'aurais tendance à vous inviter à transmettre autour de vous, notamment aux étudiants qui font des rapports, des thèses, des articles, que la science doit justifier tous ses dires. 

D'où une première règle "Une phrase, une référence". 

Et, évidement, la référence doit être celle d'un document de bonne qualité. D'autre part, il y a une faute fréquente, et facile à dépister : jamais d'adjectif ni d'adverbe, que l'on remplacera toujours par la réponse à la question "Combien ?"... tant il est vrai que la fondation des sciences de la nature est un acte de foi : le monde est écrit en langage mathématique (comptez sur moi pour être capable de vous interpréter cela d'une façon qui réfute d'avance certains tenants des science studies ; j'insiste, j'ai écrit "certains"). 

Et là, hélas, je suis sur une note amère à la fin d'un billet qui veut rendre service. Impossible, pour quelqu'un qui propose que ce soit une politesse de voir la bouteille plus qu'à moitié pleine. 

Réconfortons donc nos jeunes amis : il existe de "belles personnes", des rapporteurs attentifs et aidants, des collègues si intéressés par les sciences de la nature qu'ils dépassent les mesquineries que trop craignent. La boutade initiale est une boutade, et il existe des épistémologues remarquables : je vous invite à lire, sans attendre, les livres du défunt Jean Largeault, qui était un puits de science. Et pour avoir une idée de la personnalité de cette homme, n'hésitez pas à assister aux cours d'Anne Fagot-Largeault, dont il était l'époux. 

Vive l'Etude !

Dois-je donner des références ?

 Dois-je donner des références ?

J'observe que, chez certains auteurs dont je doute de la compétence parfaite, je déplore l'absence de références... mais, me souvenant de la paille dans l'oeil du voisin et la poutre dans le mien, je me dis que je ne donne pas moi-même les références de tout ce que j'avance. Bien sûr, souvent (notamment pour mes conférences), je signale à mes amis que j'ai ces références absentes, que je les tiens à leur disposition, et je leur donne mon adresse email afin qu'ils puissent m'interroger, recevoir ces références et engager un dialogue, mais... au fond, pourquoi ne pas donner immédiament les références que j'ai, que j'utilise pour asseoir mes dires ?

Et la réponse est celle de la vulgarisation tout entière : parce que cela gène la lecture. Pendant 20 ans, à la revue Pour la Science, nous avons tout faire pour faciliter le confort de lecture : pas de notes en marge, pas de notes de bas de page qui interrompent la lecture (on est toujours tenté d'aller voir le renvoi)...
Mais est-ce exact ? Ne pouvons nous pas être discret, comme l'est d'ailleurs Wikipedia ? Et ne pouvons pas, comme cela est fait, avoir des références qui nous conduisent directement aux références, en préparant la remontée ?

Bien sûr, derrière toute cette question, il y a d'abord -toujours d'abord- celle des objectifs. Et puis on pourrait objecter que le jeu des références est facilement détourné : certains donnent des références, mais ce sont de mauvaises références (de sorte qu'il y a là négligence ou malhonnêteté selon les cas).
Et puis, à quoi bon donner des références si personne ne les consulte ?

Inversement, ne pouvons-nous pas espérer conduire nos amis à dépasser nos propos, à aller à la découverte de champs que nous leur ouvrons ?

Finalement, je conclus que je vais donner mes références :
1. c'est une bonne pratique
2. cela conduit à s'interroger soi-même, à chaque phrase
3. cela conduit à s'interroger sur la qualité des références que l'on donne
4. si l'on fait bien, on ne gêne pas la lecture
5. et des amis pourront découvrir de nouveaux champs.

Et c'est ainsi que je change mon billet d'hier : https://scilogs.fr/vivelaconnaissance/cuisinier-technicien-ou-technologue-ou-artiste/

Promis, je vais me corriger

Décidément, il y a des travers, chez les autres, qui nous montrent mieux nos insuffisances.

Là, par exemple, je tombe sur un texte "intéressant" (http://mycoventures.com/MycoVentures (http://mycoventures.com/MycoVentures/Home.html) qui dit le danger des champignons crus.
L'auteur donne un nombre important d'indications... mais d'où les sort-il ?
Certes, pour chaque champignon, il donne un lien internet, mais ce lien ne va que vers une description du champignon, et non pas vers des articles scientifiques qui disent spécifiquement le danger. La référence est donc mauvaise, et même trompeuse, en quelque sorte.

Or je m'aperçois que, dans des communications publiques, pas scientifiques donc, je me laisse aller, pour des raisons de place ou de temps, à donner des informations sans les justifier par des références. Je les ai, ces références, mais je ne les donne pas, et c'est un mauvais exemple.
Au fond, je suis reconnaissant à l'auteur du mauvais texte que j'ai cité, de m'avoir bien fait comprendre qu'il y avait lieu de faire mieux que je ne faisais.

Promis, je vais me corriger.

Une phrase une référence

Des amis me demandent une règle simple pour écrire des publications,  et je crois qu'il faut commencer par le commencement qui tient dans cette formule : "Une phrase, une référence".

Cela signifie en réalité que tout ce que l'on écrit doit être justifié, et cette justification est soit donnée par un article scientifique publié antérieurement, soit par des travaux expérimentaux bien exposés... après avoir été rigoureusement menés.

Évidemment, dire cela est insuffisant, car cela sous-entend notamment que les publications scientifiques que l'on cite sont bonnes.
Et, à ce propos, je fais un clin d'œil en signalant qu'une publication scientifique est bonne... si elle même fait usage de cette idée "Une phrase, une référence",  car je ne connais pas d'exemple du contraire, à savoir que je ne connais pas de bonne publication scientifique qui ne met pas en œuvre cette idée.

Les sciences de la nature se fondent sur les résultats bien établis,  et ces résultats bien établis sont ceux qui ont été publiés, qui ont donc été passé au crible de rapporteurs, lesquels se sont assurés de la qualité du travail.

Bien sûr, comme dans toute entreprise humaine, il y a des cas où les auteurs ont été médiocres, où les rapporteurs ont été trop rapides, ou complaisants, où les éditeurs ont été laxistes, mais il y a aussi les auteurs soigneux, les rapporteurs attentifs, les éditeurs précis.

Pour les sciences de la nature, la question est surtout celle de l'objectif :  à défaut d'atteindre la perfection, on peut viser, et en tout cas, ce que l'on avance dans une publication doit être juste, c'est-à-dire que l'on a vérifié soi-même ce que l'on dit, ou que l'on rapporte ce que quelqu'un d'autre a bien vérifié.

Hier encore, je voyais une publication  mauvaise où l'auteur disais que le café est la boisson la plus consommée dans le monde. C'est évidemment faux, car la boisson la plus consommée, c'est l'eau !
Si l'auteur avait bien regardé les consommations, il n'aurait pas écrit une ânerie pareille.

Il y a donc lieu, quand on donne des références accompagnant chaque phrase de notre texte, de bien s'assurer de ce que l'on dit, et les références ne sont pas là seulement pour justifier ce que l'on dit,  mais aussi pour donner des informations complémentaires qui établissent correctement ce que l'on dit.

Il y a donc une règle simple à s'appliquer, quand on rédige une publication : chaque phrase doit être assorti d'une bonne référence. On a le droit de faire des phrases non justifiées pour commencer une rédaction, mais finalement, elles devront toutes être assorties d'une référence, et je le répète, d'une bonne référence !

Pour un bon scientifique

L'histoire est exacte : un jour, il y a longtemps, discutant avec un "directeur de recherche", ce dernier m'a dit "Il faut faire de la bonne science". Et je lui ai répondu : "C'est quoi ?". A l'époque, il n'avait pas su me répondre, et j'avais évidemment été narquois... mais c c'est sans doute parce que j'ai un assez mauvais fond, n'est-ce pas ?  Toutefois le pêcheur peut se rachter, et c'est ce que je propose de faire ici, en livrant quelques "Règles pour un bon scientifique".
J'en donne aujourd'hui trois : (1) dire combien,  (2) citer de (bonnes références),  (3) réclamer les moyens de la preuve pour chercher à comprendre.

Dire combien, combien, combien ?

La première règle se fonde sur la méthode des sciences de la nature, que j'ai discutée dans nombre de billets. Cette quantification intervient dans le deuxième étape de la démarche, à savoir que le phénomène identifié dans la première étape doit être quantifié, de tous les points de vue utiles. Ce seront ces données qui seront réunies en "lois", c'est-à-dire en équations, lesquelles permettront l'établissement d'une théorie, ou ensemble d'équations assorties de concepts quantitatifs, avant les tests de réfutation (quantitative) des conséquences de la théorie.
Bref, du nombre, du nombre, du nombre... Et voici pourquoi nous devons nous interdire d'utiliser des adjectifs ou des adverbes : la question, l'unique question, c'est "Combien ?".


Les références

En science, rien ne doit être donné  ou fait sans justification ! Et c'est là que s'impose la bibliographie, et, de ce fait, la donnée de références.
Les mauvais scientifiques se contentent de trouver des références et de les donner sans justification, sans analyse critique. En revanche, les bons scientifiques savent évaluer les publications, et ne donner de références qu'avec une appréciation critique. Par exemple, on comprend facilement qu'on n'établit pas un fait si l'on cite une publication dont les méthodes sont défaillantes ! Et l'on comprend que l'on n'ira jamais donner des sources non scientifiques.
Mais la question est donc de savoir bien juger un travail publié, car il serait naïf de croire que toutes les publications sont bonnes, et je peux l'attester, moi qui ai vu mille fois publier des articles que j'avais refusé (pour cause de graves insuffisances méthodologiques), en tant que rapporteur !
Reste qu'il faut citer ses sources.


Les "moyens de la preuve"

Si l'on met dit qu'une fusée a décollé, je reste aussi bête qu'avant. Si l'on met dit qu'il y a une bataille en 1515, l'information est vide de sens, sans informations complémentaires. Si l'on me donne un dosage d'un produit dans une matrice, je doute, car je sais que les dosages imposent souvent des extractions, lesquelles sont bien souvent incomplètes. Et ainsi de suite.
C'est la raison pour laquelle, pour chaque donnée qui m'est délivrée, j'ai besoin des "besoins de la preuve", des détails de la procédure. Comment la fusée a-t-elle décollé ? Quels étaient les combustibles ? Et s'est-elle élevé de deux mètres ou a-t-elle atteint l'altitude de libération du champ gravitationnel terrestre ? Et à Marignan : étaient-ils une poignée, ou des milliers ? Et combien de temps cela a-t-il duré ? Combien de morts ? Et pour le dosage : quelle précision ? Comment s'est-on assuré que l'on a fait un bon dosage ? Et ainsi de suite.
Bref, avant d'admettre une information, il  me faut mille détails, mille circonstances. L'énoncé précis des matériels et des méthodes employés par les personnes qui ont été à l'origine des résultats donnés.


Avec cela, on a un (tout) petit début, mais au moins, on sait ce qu'il y a à faire.

La question des références

Pour les publications scientifiques, il y a cette particularité que toute affirmation doit être justifiée. Et la justification doit être une autre publication, ou bien une étude expérimentale.

Mais, d'autre part, les scientifiques gaspilleraient l'argent qui leur est alloué s'ils refaisaient sans raison des travaux déjà faits. Il faut avoir de vraies raison, pour refaire un travail déjà fait et publié : par exemple, douter du résultat, ou bien voir dans la reproduction de ce travail une possibilité d'obtenir des compétences que l'on n'a pas... Mais je le redis: en général, on ne répète pas un travail déjà fait, et l'on se limite à le citer.
Bien sûr, cela, c'est pour un monde idéal, où toutes les publications seraient de bonne qualité, et je râle quand je vois des travaux mal faits : non seulement parce que des revues n'ont pas fait correctement leur travail d'évaluation, mais aussi parce que l'on a alors des résultats auxquels on ne peut pas vraiment croire. Et aussi parce que cela donne de mauvais exemples, que cela affaiblit la science, que cela retarde la collectivité scientifique, et, parfois même, parce que le même travail bien fait ne peut plus être publié.

Mais revenons à la question : oui, quand on affirme quelque chose en science, on doit le justifier, par une référence ou par des expériences validées. 

Pour les expériences validées, il suffit de faire de la bonne science, mais c'est la question des références que je veux discuter ici. Pour dire que donner des références est un début, mais seulement un début : donner de mauvaises références, c'est aussi nul que ne pas donner de référénces. De sorte que nous devons faire savoir ce point à nos jeunes collègues : nous ne jouons pas à un jeu formel qui consiste à barder nos textes de références, mais nous devons justifier nos affirmations par de bonnes références, par de bons articles qui décrivent des résultats expérimentaux bien faits !

La belle science, c'est une sorte d'artisanat d'art, n'est-ce pas ? Le souci du détail, le soin, la volonté de bien faire...

Je tiens mes références à votre disposition

Alors que chacun peut publier sur internet à peu près n'importe quoi, se pose la question de savoir quel crédit accorder à des propos ainsi publiés. Le fait qu'un site soit "plébiscité" (sélectionné par le peuple) ne dit rien de sa qualité, et l'on connaît milles sites internet pourris ou minables qui sont pourtant largement visités. D'ailleurs, la recette est simple : si l'on publie des "actualités", si l'on est un peu populiste ou démagogue, alors on aura des chances d'être lu. La recette de la malhonnêteté est connue depuis longtemps : le philosophe grec Platon, il y a plus de 2000 ans, dit déjà combien l'art oratoire peut convaincre, alors même que les idées propagées sont fausses ; et l'auteur grec Aristophane nous décrit un état de la Cité qui ressemble étrangement à celui d'aujourd'hui. Rien de nouveau sous le soleil.
Mais là n'est pas l'objet de mon billet. Je veux oublier les minables, pour me consacrer à la diffusion de faits justes, d'idées intéressantes, de valeurs loyales... Mes billets vont toujours dans le sans de la vérité, et pas de l'idéologie ni de la tromperie, quelles que soient mes "opinions" (d'ailleurs, je préfère les idées aux opinions, parce que je n'ai pas de temps à perdre en discussions d'opinions discutables par essence).
Je produis donc des billets qui donnent des faits... mais je suis conscient que mes amis sont en droit de se demander si ce que j'avance est juste. En quoi mes blogs différeraient-ils d'autres qui seraient plus tendancieux ?
Une solution pourrait être de donner des références scientifiques, mais elle ne serait pas parfaitement satisfaisante, car bien des sites citent des références "pourries". Faire une référence n'est pas une garantie : les scientifiques le savent bien, eux  qui croisent les références, font des études aussi exhaustives possibles des sources, tout en analysant ces dernières (par exemple, les parties intitulées "Matériels et méthodes" des publications scientifiques en disent long sur la qualité des travaux). Les bons scientifiques ne confondent pas les corrélations et les causalités, par exemple, et ils évitent comme la peste les adjectifs et les adverbes, les remplaçant par la réponse à la question "combien ?". Ils refusent absolument l'argument d'autorité, et ils veulent des monstrations de tout ce qui est avancé.
Scientifique moi-même, je fais donc ce travail, mais je n'ai pas pris la décision d'encombrer mes textes avec les références que j'ai consultées. Pour autant, je tiens à la disposition de tous mes  amis (et aussi mes ennemis si j'en ai... bien que je sois de ceux qui considèrent que les chiens aboient et que la caravane passe) toutes ces références, et aussi les textes complets, quand j'ai le droit de les partager. Naguère, j'avais un blog où, une fois par semaine, je faisais l'éloge d'un bel article, mais, parce qu'il y avait plus urgent (notamment à propos de l'apprentissage par les étudiants), j'ai mis cela de côté. Pour autant, je continue de tenir à la disposition de qui veut les références des articles qui établissent que "bon pour la santé" est une impossibilité, que 99,99 pour cent des pesticides ne sont pas produits par l'industrie chimique mais par les plantes elles-mêmes, que la peau des pommes de terre nous expose à des poisons, lesquels résistent aux températures des bains de friture, etc.
 Bref, n'hésitez pas : je me ferai un plaisir de donner mes références, le cas échéant.