Voici un texte très utile, encourageant : https://www.nature.com/articles/d41586-026-01615-4
Ce blog contient: - des réflexions scientifiques - des mécanismes, des phénomènes, à partir de la cuisine - des idées sur les "études" (ce qui est fautivement nommé "enseignement" - des idées "politiques" : pour une vie en collectivité plus rationnelle et plus harmonieuse ; des relents des Lumières ! Pour me joindre par email : herve.this@inrae.fr
Voici un texte très utile, encourageant : https://www.nature.com/articles/d41586-026-01615-4
Que croire quand il y a du doute ? On verra ici que des exemples techniques ont un écho essentiel en recherche scientifique.
D'abord, en cuisine
Commençons par la technique culinaire : en plus des "définitions" (une compote de poire, c'est des poires, pelées, additionnées d'eau et de sucre, chauffées), il y a des indications techniques qui précisent le procédé, ce que j'ai nommé des "précisions culinaires".
Or c'est un fait que beaucoup d'entre elles sont fausses, même quand elles sont propagées par les plus grands cuisiniers (dont il faut reconnaître que ce sont plus des artistes que des techniciens).
Je ne donne pas ici la liste des erreurs que j'ai trouvées, car elle est beaucoup trop longue, mais les séminaires de gastronomie moléculaire, chaque mois depuis 21 ans, montrent à l'envi que ce que je viens d'annoncer est juste.
De ce fait, se pose la question de la confiance que l'on peut accorder à des personnes qui disent des choses fausses (les cuisiniers, fussent-ils triplement étoilés qui propagent les idées erronées) ?
A ce propos, la seule réponse que je puisse entrevoir est la suivante : si un cuisinier qui a de jolies réussites dit des choses techniquement fausses, c'est que son procédé est robuste, et que les indications fausses qu'il transmet, à défaut d'être justes (puisqu'elles sont établies fausses), ne sont pas nuisibles au point de compromettre la réussite technique.
Au jardin
Aujourd'hui, alors que je m'intéresse au bouturage des rosiers et à la taille des arbres, je retrouve la même question. Oui, si l'on explore ce qui se dit sur internet, on voit tout et n'importe quoi à propos de ces deux questions : des boutures que l'on fait la tête en bas, la tête en haut, avec de l'hormone de bouturage, sans hormone de bouturage, avec des billes d'argile au fond du pot, sans bille d'argile au fond du pot...
Mais, après avoir passé l'été à planter dans de la terre pas spécialement préparée de petites tiges de rosier débarrassées de la moitié de leurs feuilles, j'ai aujourd'hui une vingtaine de boutures avec des feuilles parfaitement propres, et que je repiquerai dès que cela sera possible. Mais je ne veux pas ici étaler mon plaisir d'avoir réussi des boutures de rosiers : je ne prends cet exemple que parce que je veux faire état de ce que le transfert des connaissances, à propos de jardinage, s'apparente à celui de la cuisine : il y a tout et n'importe quoi, et se pose la question de la confiance.
La question scientifique
Cette question -j'arrive maintenant au point essentiel que je veux discuter se pose en sciences de la nature, et l'on pourra se reporter à des textes didactiques que j'ai publiés pour mieux voir que la question est essentielle, lors des études de science et de technologie : quand on lit une publication scientifique, il n'est absolument pas certain qu'elle soit bonne, et la première des choses à faire est non pas de recueillir les informations de cette publication, mais de se demander ce qu'elle vaut.
C'est au point où les industriels qui embauchent les étudiants de nos cursus nous ont dit, il y a quelques années, qu'ils étaient très bien, mais qu'il leur manquait le regard critique sur les informations qu'ils utilisent. Nous n'avons évidemment pas tardé à corriger le tir, mais reste cette grave question la confiance.
Imaginons que nos recherches nous fassent arriver sur un article scientifique qui traite d'un sujet qui nous intéresse, qui donne des informations dont nous aurions besoin. Et supposons que notre crible nous montre que cet article est mauvais.
Que pouvons-nous en conserver ? Que pouvons-nous utiliser de ce qu'il annonce ? Un article qui a de graves faiblesses est-il entièrement mauvais ? Localement mauvais ? Quelles sont les données ou les idées que nous pouvons retenir ? Quelles sont celles que nous devons rejeter ? La question est épineuse.
A ce jour, j'ai conclu que les articles identifiés comme mauvais devaient être rejetés en bloc. Et peut-être signalés publiquement, parce que ces articles sont non seulement mauvais, mais nuisibles : ils risquent d'induire en erreur des personnes qui les utiliseraient sans être capables d'en voir les failles. C'est une grave question, car la science est "cumulative" : il nous faut des résultats des collègues pour avancer, souvent.
Vos conseils ?
Faisant ce matin ma veille bibliographique, je trouve un article qui évoque le possible remplacement des conservateurs par des huiles essentielles.
Cet article est doublement scandaleux.
Il l'est, d'une part, parce que déjà il y a 30 ans il y a eu le même contenu publié... et qui n'est pas cité.
D'autre part, il est scandaleux par sa naïveté : les huiles essentielles sont des composés tout aussi efficaces et tout aussi toxiques que les composés de synthèse, et il n'y a pas de vertus particulières parce qu'un composé vient ou non d'une plante. Il faut rappeler que la ciguë est un poison végétal terrible, tout comme la baie de l'if, et ce ne sont pas là des exceptions que je cite : la plupart des plantes sont toxiques... et les composés toxiques qu'elles renferment sont terribles quand elles sont concentrées.
Il faut se demander comment de tels articles peuvent être publiés ? Je crois qu'il y a lieu de dénoncer le travail minable des grands éditeurs commerciaux, le travail complètement insuffisant de leurs équipes éditoriales, qui ne sont en réalité que des secrétariats, le travail bâclé de trop nombreux rapporteurs incompétents, pas formés, laxistes, et, évidemment, le travail insuffisant des auteurs qui soumettent de tels articles.
J'ajoute que l'article que j'ai trouvé n'est pas éthique puisque ses citations ne renvoient pas vers les premiers auteurs qui ont découvert les faits, d'une part, et que, d'autre part, les auteurs ont glissé des résultats des résultats personnels dans une synthèse bibliographique, ce qui est strictement interdit : si un article est une revue, il est évalué comme une revue mais si c'est une note de recherche, il était évalué comme une note de recherche. La confusion des genres ne vaut rien, s'apparente à une malhonnêteté.
Je prédis que ce modèle des publications
scientifiques ne fera pas long feu et en tout cas je ferai tout pour le
combattre (la preuve).
Dans un article scientifique, tout doit être justifié : pour chaque fait que l'on cite, on doit donner la référence à l'article publié par la personne qui a établi le fait ; pour chaque idée publiée, il doit y avoir la référence aux personnes qui l'ont proposée et ainsi de suite : tout doit être référencé.
C'est là une manière élémentaire de faire des publications scientifiques ou technologiques, et il n'y a pas lieu d'en discuter en toute généralité, sauf à observer que bien trop souvent, les citations ne sont sont ni éthiques, ni bien faites.
Une manière déplorable de donner des références consiste à citer le premier texte qui passe et qui discute des points que l'on veut établir. C''est non seulement un travail de feignant, mais c'est aussi malhonnête : il faut vraiment qu'une référence que l'on cite établisse vraiment l'idée qui vient à l'appui de la référence. Evidemment !
De surcroît, il n'est pas éthique de faire ainsi car on prive les auteurs véritables de la paternité de leur travail, ce qui peut avoir des conséquences sur leur carrière par exemple : en ces temps où les avancements sont souvent décidés par le nombre de citations, d'articles et cetera, il faut créditer celles et ceux qui le méritent.
Un autre cas déplorable : la citation de mauvais articles, sans évaluation critique de ces derniers. Là, non seulement on ne rend pas service au lecteur (que l'on guide vers de mauvais textes), mais de surcroît, on endosse en quelque sorte la responsabilité de la médiocrité des articles que l'on cite. A éviter absolument si l'on tient un minimum à sa réputation, ou, mieux, à l'estime qu'on a de soi-même.
Dans les cas pathologiques, il y a l'absence de citation bien sûr, mais elle devrait constituer une sorte de barrage à la publication des articles dans les revues de bonne qualité.
Levons le nez, regardons le ciel bleu : la recherche bibliographique est un acte de science, en ce qu'il permet de bien voir le paysage scientifique. Et creuser jusqu'aux vrais faits bien établis réserve toujours des surprises. Ayant passé de longs moments à vouloir comprendre ce mythe de Louis Pasteur "découvrant la chiralité", j'ai trouvé bien mieux que l'admiration naïve d'une statue qui avait été érigée de façon indue : le merveilleux paysage des travaux qui ont conduit à la notion moderne (que n'avait pas Pasteur, puisqu'il n'avait pas l'idée de molécules) de chiralité. Et c'est ainsi que l'on a raison d'admirer Jean-Baptiste Biot et bien d'autres.
Voir https://www.academie-agriculture.fr/publications/notes-academiques/n3af-note-de-recherche-des-cristaux-dauguste-laurent-et-des
Pas de place pour le mercantilisme, en sciences de la nature !
Je vois apparaître des adjectifs honteux dans des publications qui se disent scientifiques ou technologiques. Par exemple, je vois l'adjectif "unique" ou "remarquable" ou "extraordinaire", ou encore un "ultrastable" qui doit nous faire penser à cet "ultra-transformé" qui ne signifie rien ; et tout cela n'a rien à faire dans le titre des publications : la science, ce n'est pas le commerce des savonnettes.
D'ailleurs, ces mots n'ont aucun sens, en science, et ils doivent toujours être remplacés par la réponse à la question "Combien ?".
Certes, une caractéristique physique d'une système, par exemple, peut être supérieure à celle d'autres systèmes mieux connus, mais supérieur de combien ? Et c'est une faiblesse d'esprit bien grande (;-)) de croire que c'est en ajoutant un adverbe qu'on résoudra la question.
Décidément, les éditeurs des journaux scientifiques et technologiques feraient bien d'être un peu plus rigoureux : ils ne devraient pas tolérer l'emploi de tels mots, car il en va de la crédibilité du monde scientifique et, aussi, de la crédibilité de leur journal.
D'ailleurs je me demande si cela ne vaudrait pas la peine de toujours signaler aux éditeurs l'erreur qu'ils font quand ils admettent des titres indus ?
Si l'on n'est pas entièrement charitable, on peut aussi penser que les éditeurs de ces journaux ne sont pas les scientifiques les meilleurs : bien souvent, ceux qui détournent de leur temps de recherche scientifique pour la participation à des comités éditoriaux... privent leur recherche scientifique de ce temps-là : ce ne sont pas les plus compétents, dirions-nous en litote.
Et quand le ver est dans le fruit...
L'évaluation par les pairs peut être la meilleure ou la pire des choses. Elle est la pire quand les collègues sollicités n'ont pas toute la grandeur qu'ils devraient avoir, et elle est la meilleure quand elle est faite par des personnes de qualité.
Aujourd'hui, je rencontre un cas qui m'émeut un peu : nous avions envoyé un manuscrit à un rapporteur scientifiquement compétent, mais cet homme a produit un texte de rapport parfaitement inadmissible : au lieu de seulement critiquer factuellement les phrases du manuscrit, il évoque des "maladresses de style". Non seulement l'expression est déjà contestable, mais, surtout, notre homme écrit comme un pied, avec des relatives emboitées mal maîtrisées, et autres... maladresses.
Ce cas n'est pas isolé : j'ai moi-même reçu, il y a peu de temps, des évaluations qui comportaient de telles appréciations aussi désobligeantes que déplacées, par des collègues qui, ignorant mon identité, ne savaient pas que chaque mot que je pose a été mûrement choisi, non seulement pour son sens mais aussi pour ses connotations.
Ma naïveté est totale : plus j'y pense et moins je comprends comment certaines personnes peuvent se laissert aller à des appréciations blessante. Qui pis est, l'anonymat que je fais régner dans les évaluations est un motif supplémentaire de délicatesse que nos rapporteurs devraient avoir : c'est une lâcheté que d'en profiter.
Naguère, je déplorais que Dieu n'ait pas réserveé l'intelligence aux individus bons et droits. J'ai fini par comprendre que si cela avait été le cas, la vie en communauté aurait été impossible, car il y aurait eu les bons d'un côté, et les méchants de l'autre... sans compter qu'on est jamais parfaitement bon ni parfaitement méchant. Je n'oublie pas le "Il faut tendre avec effort vers l'infaillibilité sans y prétendre" de Michel Eugène Chevreul.
Mais, quand même, quel dommage que des individus compétents n'aient pas grandi au point d'être bons et droits ! Quel dommage que, comme en rêvait le merveilleux Michael Faraday, la science ne rende pas plus aimable !
Je m'étonne de voir certaines revues qui se disent "scientifiques" publier des articles dont les manuscrits qui ont été soumis à des revues scientifiques dont je m'occupe, et pour lesquels les rapporteurs ont fait des remarques pertinentes dont il n'est tenu aucun compte dans les publications que je vois paraître.
Le cas s'est hélas produit plusieurs fois, avec toujours le même mécanisme :
1. un manuscrit est soumis,
2. il est envoyé (de façon anonyme) à des rapporteurs qui font des commentaires et appellent des corrections du manuscrit (parfois, il y a lieu de corriger des erreurs graces, comme par exemple quand des auteurs confondent de la toxicité et de l'immunité);
3. les auteurs font une première révision du manuscrit
4. cette révision est envoyée aux rapporteurs, qui dépistent des corrections encore bien insuffisantes;
5. et les auteurs retirent leur manuscrit et le publient sans rien modifier de plus dans une autre revue minable, qui accepte le texte tel qu'il est, avec ses fautes, ses erreurs, ses insuffisances.
Il y a là une très mauvaise pratique, à la fois pour les auteurs et pour les revues qui publient finalement les articles fautifs.
Il faut dénoncer de telles revues, et sans doute écrire pour commenter négativement les articles qu'elles publient.
Bien sûr, il n'est jamais agréable d'avoir à fournir un travail supplémentaire après la production d'un manuscrit, ce qui demande beaucoup de temps et d'énergie, mais l'objectif des textes n'est-il pas de produire des résultats de qualité ?
Personnellement, je suis très reconnaissant aux rapporteurs qui m'aident, qui m'aident à comprendre, qui m'aident à apprendre, et quand les rapports sont bien fait, c'est un véritable atout pour la qualité finale des publications.
On ne dira jamais que l'évaluation par les pairs, bien conduite, est une pratique merveilleuse de notre communauté scientifique.
Je veux surtout frayer avec des gens gentils
1. Discutant avec un collègue d'un comité éditorial, nous évoquons le cas de ces rapporteurs qui mêlent des jugements de valeurs désobligeants aux critiques fondées qu'ils peuvent faire.
2. Mais, pour expliquer la question, il faut reprendre à la base & expliquer que quand un manuscrit est soumis à une revue, le secrétariat de rédaction confie à un éditeur le soin de chercher deux rapporteurs, qui vont donc lire le manuscrit & en faire une analyse.
Il y a des situations variées, notamment certaines revues veulent simplement une évaluation du manuscrit, mais généralement, les rapporteurs doivent analyser le texte ligne à ligne & identifier toutes les corrections qui devront être faites pour que le texte soit publiable par la revue.
3. C'est là où commence la difficulté car "analyse critique" ne signifie pas critique, mais seulement dépistage factuel d'erreurs de tous ordres : les rapporteurs doivent relever les erreurs, les imprécisions, etc., & cela concerne tout aussi bien le projet scientifique que les fautes d'orthographe.
4. Or la communauté scientifique sait très bien qu'il y a l'écueil de ces rapporteurs qui mêlent des jugements de valeurs à leurs analyses, & cela n'est pas bon : on a le droit de signaler beaucoup d'erreurs, mais on n'a pas le droit de dire que l'article est "mauvais", & c'est donc la tâche de l'éditeur que de gommer ces phrases qui peuvent être selon les cas méprisantes, désobligeantes, déplacées, hors de propos... sachant de surcroit que, comme je le montrerai dans un autre billet, les rapporteurs ne sont pas parfaits, loin s'en faut.
5. Il y a donc lieu d'être prudent quand on est éditeur d'un article à propos de ce que l'on transmets aux auteurs, & c'est là que notre discussion d'aujourd'hui commence : mon collègue avec qui je discutais me disait que, étant scientifiques, nous ne devons pas avoir à craindre les blessures narcissiques & que tout cela n'est pas très grave.
6. Je m'oppose absolument à cette idée & non pas seulement pour ce qui me concerne mais surtout pour tous les jeunes scientifiques nous voulons encourager. Ce n'est pas en tapant sur les cornes de l'escargot qu'on lui permettra d'avancer, ce n'est pas en blessant nos amis que nous créerons une communauté soudée, amicale, cohérente...
7. D'autant que les rapporteurs sont loin d'être parfaits, & que, bien souvent, on voit des commentaires fautifs !
8. Mon collègue, à qui je réponds cela, me rétorque que si l'on récuse ces rapporteurs déplaisants, personne n'acceptera plus de faire le travail de rapporteur... Mais pas du tout : c'est seulement que nous n'aurons plus ces rapporteurs détestables, & ce sera tant mieux !
9. En tout cas, il n'y a pas lieu d'encourager un état d'esprit agressif, dans les évaluations (terme mal choisi) de manuscrits. Au contraire, il faut enseigner (je dis bien "enseigner") à nos collègues à être civils, gentils, indulgents, encourageants...
10. C'est d'ailleurs la raison pour laquelle j'avais moi-même publié un article qui disait en substance que nous avions moins besoin d'évaluations que d'analyse des manuscrits & de conseils à donner aux auteurs pour qu'ils améliorent ces derniers jusqu'au point de les rendre publiables.
11. En disant cela, je ne cède en rien sur la qualité des textes publiés, qui doit être parfaite. Il doit y avoir autant d'aller-retours que nécessaires pour arriver à la publication, & il est hors de question de publier des articles scientifiques insuffisants.
12. Le jugement des textes par les pairs est un bon principe, qu'il faut conserver (en plus du double anonymat ; voir https://www.academie-agriculture.fr/publications/notes-academiques/lanalyse-critique-des-manuscrits-et-les-conseils-damelioration-donnes), & améliorer. Pour cela, il faut encourager la gentillesse, l'intelligence, la droiture... & les qualités scientifiques.
Je suis très opposé à cette pratique de certaines publications scientifiques qui mettent les descriptions de matériels et de méthodes à la fin des articles.
En effet, il y a de nombreuses façon de présenter des résultats scientifiques, mais une des façons les plus courantes -ça n'a pas toujours été le cas- est de commencer par une introduction, pour poser le problème exposé, puis de présenter les matériels et les méthodes qui ont été mis en œuvre pour réaliser les expériences avant d'arriver aux résultats, et, enfin seulement, les discussions.
Cette méthode me semble tout à fait bonne, et en tout cas bien supérieure à plusieurs autres.
Par exemple, il y a des revues qui imposent la présentation des matériels et des méthodes en fin d'article. Mais comment pouvons-nous juger des résultats si nous ne savons pas comment ils ont été obtenus ?
Cela n'a guère de sens de sorte qu'en pratique, pour ce qui me concerne en tout cas, je vais toujours d'abord en fin d'article chercher les informations méthodologiques avant de revenir aux résultats... preuve que cette méthode est mauvaise.
Au fond, donner des résultats sans donner aux lecteurs la possibilité d'évaluer leur pertinence, c'est une forme d'argument d'autorité que je déteste absolument et qui n'a pas sa place dans les sciences de la nature.
Une autre manière criticable consiste à mêler les résultats et les discussions. Là, je trouve que c'est tout à fait mauvais, car on ne peut interpréter que des résultats qui ont été d'abord été donnés, et l'expérience prouve que le mélange les résultats et des interprétations conduit à des fautes. Il est tellement plus clair de présenter les résultats, et ensuite seulement la discussion de ces derniers : pourquoi s'en priver.
Ajoutons que même des journalistes qui font bien leur travail savent que l'on ne mêle pas les faits et les interprétations. Hubert Beuve-Méry, qui fut une grande figure du journal Le Monde l'avait mis en exergue alors qu'il était en activité.
Dans un texte que j'ai publié dans les Notes académiques de l'Académie d'Agriculture de France (N3AF), j'évoquais la question du rejet des manuscrits par les publications scientifiques. Et c'est là un sujet dont il est important de parler, parce que, même si nous savons que cela arrive à tous, et pas seulement à nous-mêmes, il est très désagréable qu'un éditeur nous dise, se fondant sur des rapporteurs, qu'un manuscrit que nous proposons n'est pas publiable, alors que nous y avons passé beaucoup de temps, que nous sommes passés sous les fourches caudines de la préparation particulière et de la soumission, que nous avons fait de notre mieux.
Dans mon article aux N3AF, je commence par observer que, aujourd'hui, la question de limiter les publications -qui s'imposait quand on imprimait les revues scientifiques sur du papier- ne tient plus. D'ailleurs, il s'agit moins de journaux que de publications, et de publications en ligne.
En outre, il faut se souvenir de l'histoire de la publication scientifique pour comprendre pourquoi nous en sommes arrivés à une situation paradoxale.
Jadis, les auteurs recopiaient leurs manuscrits à la main pour les distribuer.
Puis les académies et des scientifiques ont créé des revues pour éviter cela. Initialement, les auteurs touchaient des droits d'auteur, parce que les journaux étaient vendus, ce qui rapportait de l'argent.
Progressivement, l'édition scientifique a évolué vers un nouvel état où les auteurs ne touchaient plus d'argent pour leur texte, cédant gratuitement la propriété de leurs textes aux éditeurs, ce qui est sans doute un peu léonin.
Puis est venu le temps où les auteurs ont dû payer pour être publiés...
Alors que les scientifiques font tout le travail :
- l'écriture des textes
- la préparation des manuscrits selon des normes fixes
- l'évaluation des textes des collègues.
L'abondance excessive (plus exactement : excessive pour le système d'il y a plusieurs décennies) des manuscrits a conduit des éditeurs internationaux à s'engraisser indûment sur la communauté scientifique. Il est temps que cela cesse... car le numérique a donné un coup de pied dans la fourmillière.
D'autre part, dans mon texte, je dis que l'heure n'est plus aux rejets, qui font perdre le temps de tout le monde, et qui abattent le moral des courageux qui veulent publier. Notamment les "rejets", qui étaient souvent fondés sur de mauvaises excuses, en vue de limiter les soumissions, doivent cesser. Non pas qu'il faille éviter de publier des manuscrits impubliables, bien sûr.
Non, il est temps que les rapporteurs apprennent d'autres manières, à savoir une bienveillance qui doit permettre aux auteurs d'améliorer leurs manuscrits.
D'ailleurs, il faut absolument que les "évaluations" soient doublement anonymes : que les auteurs ignorent qui sont les rapporteurs, et que les rapporteurs ignorent qui sont les auteurs... car ils seront ainsi plus prudents : je me souviens d'un de mes manuscrits à propos duquel un des rapporteurs avait eu des mots douteux, et je peux assurer qu'il l'a regretté, ensuite, quand il a su que j'étais l'auteur et que, surtout, il avait outrepassé ses droits de rapporteur, faisant des demandes indues.
Pour autant -j'insiste-, il ne s'agit pas de lâcher sur la qualité des textes : il doit y avoir autant d'allers-retours que nécessaire entre les auteurs et les rapporteurs, afin que les textes publiés soient de grande qualité.
Et il faut bien sûr que les auteurs entendent quand leurs textes sont fautifs. Il faut que les jeunes auteurs apprennent à mieux rédiger des textes scientifiques. Où tout soit justifié, par exemple ; où des validations sont données ; et ainsi de suite. Cela s'apprend, et les rapporteurs ont donc une mission essentielle dans notre communauté.
Et d'abord une obligation de bienveillance : vita brevis, ars longa... et il faut apprendre lentement.
Il est temps, aussi, de bien expliquer qu'il n'est pas vrai que les revues rejettent les textes qui font mention de "résultats négatifs", car les résultats sont toujours des résultats, et, quand ils sont contraire aux hypothèses que nous avons faites, ce sont des découvertes ! C'est une faute de la part des auteurs que de penser que des résultats puissent être négatifs.
Et tout résultat obtenu dans de bonnes conditions (contrôlées, reproductibles) doit être publié ! Evidemment, les interprétations sont parfois difficiles, mais j'insiste : les résultats sont là, et il faut les communiquer à la communauté scientifique.
D'ailleurs, bien plus généralement, nous devons faire nôtre la règle de Michael Faraday : work, finish and publish*... car une idée dans un tiroir n'est pas une idée !
* “The secret is comprised in three words — Work, finish, publish.”
An advice to the young William Crookes, who had asked him the secret of his success as a scientific investigator, as quoted in Michael Faraday (1874) by John Hall Gladstone, p. 123