La publication scientifique : comment cela se passe, qui fait quoi et comment.

Un ami me demande de lui expliquer le processus de la publication scientifique, et je trouve la demande très intéressante... car comment pourrait-on la connaître si on ne nous l'a pas expliquée !

Commençons en signalant que les conditions de la publication scientifique ont évoluées, et évolueront encore. D'ailleurs, je peux renvoyer mon ami vers un texte où j'explique cela : https://www.academie-agriculture.fr/publications/notes-academiques/lanalyse-critique-des-manuscrits-et-les-conseils-damelioration-donnes.  

Tout commence quand on fait une recherche scientifique, et que, en conséquence, on a des résultats : comme ce travail a été financé par l'argent public (les contribuables), il est légitime que les scientifiques donnent à la collectivité ce résultat ; qu'ils le rendent public, qu'ils le "publient".

Il faut donc que les scientifiques rédigent un texte  (ce que l'on nomme un "manuscrit") qui présente le résultat. Et comme une idée dans un tiroir n'est pas une idée, mais un peu de poussière, il faut que les scientifiques trouvent un moyen de diffuser ce texte qu'ils ont écrit.

Pour cela, il y a des revues (scientifiques), qui ont des "formats" et des objectifs particuliers. Par exemple, certaines revues publieront de la chimie organique, d'autres de la physico-chimie, d'autres des textes relatifs aux composés présents dans les végétaux, et ainsi de suite.
Notons qu'un journal paraît chaque jour, une revue est classiquement un document en papier, alors qu'une publication désigne plus généralement un moyen de rendre public. Autrement, on doit plutôt parler de publications scientifiques, surtout quand cela se fait sous forme numérique, sans papier.


Les auteurs d'un manuscrit doivent donc soumettre leur manuscrit à des revues bien choisies, à savoir des revues qui publient des textes sur des sujets voisins de ceux qui sont traités dans le manuscrit.

Ces revues ont des "formats" particuliers : certaines groupent la présentation des matériels et méthodes à la fin, après les résultats, et d'autres les mettent avant. Certaines revues veulent des références bibliographiques avec les prénoms des auteurs, et d'autres pas ; certaines revues, etc.

Mais toutes les revues ont un site où l'on trouve expliqué comment les manuscrits doivent être préparés. Par exemple, pour la revue nommée Notes Académiques de l'Académie d'agriculture de France, les "conseils aux auteurs" sont ici : https://www.academie-agriculture.fr/publications/notes-academiques/les-notes-academiques-de-lacademie-dagriculture-de-france-n3af-sont.

Une fois que la revue où l'on veut soumettre un manuscrit est identifiée, une fois que le manuscrit a été préparé conformément  aux demandes de la publication, vient le moment de soumettre le manuscrit : cela signifie aller sur le site de la publication, et  suivre pas à pas les demandes de l'éditeur,  qui réclame parfois une lettre d'accompagnement expliquant la nouveauté, ou bien une figure pour illustrer l'article dans le sommaire du journal, etc.
Parfois, cela est un peu long, mais il faut le faire ça soigneusement, car en dépend l'acceptation ou le rejet du manuscrit.

Pourquoi les règles sont-elles si strictes ? Parce que si elles ne sont pas suivies, c'est alors l'éditeur qui devra faire le travail. Or les soumissions sont si nombreuses, aujourd'hui, qu'il n'en a plus la possibilité.

Mais supposons que tout soit bien fait de ce point de vue, ce qui est quand même facile. Le manuscrit enregistré sur le site arrive alors à une personne qui est le "rédacteur en chef", ou chief editor, en anglais (parfois en transitant par le secrétariat de rédaction). Et la tâche de cet éditeur est donc maintenant de savoir si l'article est bon.
Pour cela, l'éditeur en chef identifie un collègue plus spécialisté que lui dans le "board of editors" (le comité éditorial, en français), et il lui confie le manuscrit.

Cet "éditeur en charge" doit maintenant trouver (le plus souvent) deux collègues extérieurs à la revue, deux scientifiques qui connaissent bien le sujet, et à qui l'on demande un "rapport", à savoir  que ces personnes doivent s'assurer que la qualité "académique"  est présente.
Cela signifie mille choses. Et dans le désordre, quelques unes :
- que l'histoire soit racontée de façon logique
- qu'il y ait une véritable nouveauté scientifique
- que les matériels et méthodes soient appropriés
- que le travail ait été bien fait
- que le travail ait été validé (répétition des expériences, calculs statistiques pour ne pas dire plus que ne disent les résultats, etc.)
- que les résultats annoncés soient bien étayés par résultats expérimentaux
- que le langage utilisé soit correct (souvent, en anglais),
- que le résultat n'ait pas été préalablement publié dans cette revue ou dans une autre revue (c'est strictement interdit, pour plein de raisons !)
- et ainsi de suite.
Et les scientifiques chargés de faire le rapport sont nommés des "rapporteurs". Et le processus d'évaluation a été nommé "évaluation par les pairs".

Je passe sur les détails de cette évaluation par les rapporteurs pour dire que leur travail conduit,  selon les cas, à une acceptation quand le manuscrit est excellent, ou bien à une acceptation sous conditions de modifications, ou  éventuellement à  un rejet quand le manuscrit ne correspond pas au thème de la revue, ou quand on juge que le travail est insuffisant.

Les rapports remontent des rapporteurs à l'éditeur en charge, puis à l'éditeur en chef, qui transmet la décision aux auteurs.

Ces derniers doivent alors répondre aux remarques qui ont été faites, calmement, factuellement... en pensant que toute observation mérite considération.
Oui, il faut insister pour dire qu'une phrase qui suscite une remarque... suscite une remarque  :  soit que le texte initial n'est pas été suffisamment clair,  soit qu'il soit erroné, soit qu'il nécessite des explications, des justifications.

Parfois, il faut  plusieurs aller-retour avant que le manuscrit soit accepté, mais insistons : des auteurs intelligents améliorent toujours leurs manuscrits quand ils tiennent le plus grand compte des remarques. On a tout à gagner du regard critique d'autrui surtout quand on sait qu'il faut parfois des dizaines de lecture d'un même texte, en prenant son temps,  en croisant les regards, pour que l'on arrive finalement à un article intelligent et bien fait.

Et finalement le manuscrit corrigé, quand il est accepté par la revue, est envoyé au secrétariat de rédaction, lequel met en page et envoie des "épreuves" : il s'agit une version où l'on peut encore corriger des erreurs, des coquilles... mais pas plus ! Il n'est plus temps de faire de grosses modifications, sans quoi le manuscrit devrait subir à nouveau le processus d'évaluation.

Et finalement, le texte est publié : le "manuscrit" devient un "article". Et, souvent, la publication mentionne sur l'article publié la date de soumission, la date de révision, la date d'acceptation, la date de publication.

La publication d'un article ce n'est pas une fin en soi : il reste aux auteurs à faire largement connaître leur travail. Car on oublie pas que c'est l'objectif initial : faire partager avec la communauté tout entière des résultats que l'on a obtenus.
Comment faire cela ? Par exemple on peut mettre l'article sur des plateformes, on peut envoyer la notification de cette publication à des collègues, on peut le présenter dans des congrès... Bref il y a lieu de se donner beaucoup de mal... alors que l'on croit avoir fini.

A propos du rejet de manuscrits par les revues scientifiques

Dans un texte que j'ai publié dans les Notes académiques de l'Académie d'Agriculture de France (N3AF),   j'évoquais la question du rejet des manuscrits par les publications scientifiques. Et c'est là un sujet dont il est important de parler, parce que, même si nous savons que cela arrive à tous, et pas seulement à nous-mêmes, il est très désagréable qu'un éditeur nous dise, se fondant sur des rapporteurs, qu'un manuscrit que nous proposons n'est pas publiable, alors que nous y avons passé beaucoup de temps, que nous sommes passés sous les fourches caudines de la préparation particulière et de la soumission, que nous avons fait de notre mieux.

Dans mon article aux N3AF, je commence par observer que, aujourd'hui, la question de limiter les publications -qui s'imposait quand on imprimait les revues scientifiques sur du papier- ne tient plus. D'ailleurs, il s'agit moins de journaux que de publications, et de publications en ligne.

En outre, il faut se souvenir de l'histoire de la publication scientifique pour comprendre pourquoi nous en sommes arrivés à une situation paradoxale.
Jadis, les auteurs  recopiaient leurs manuscrits à la main pour les distribuer.

Puis les académies et des scientifiques ont créé des revues pour éviter cela. Initialement, les auteurs touchaient des droits d'auteur, parce que les journaux étaient vendus, ce qui rapportait de l'argent.
Progressivement, l'édition scientifique a évolué vers un nouvel état où les auteurs ne touchaient plus d'argent pour leur texte, cédant gratuitement la propriété de leurs textes aux éditeurs, ce qui est sans doute un peu léonin.
Puis est venu le temps où les auteurs ont dû payer pour être publiés...

Alors que les scientifiques font tout le travail :
- l'écriture des textes
- la préparation des manuscrits selon des normes fixes
- l'évaluation des textes des collègues.

L'abondance excessive (plus exactement : excessive pour le système d'il y a plusieurs décennies) des manuscrits a conduit des éditeurs internationaux à s'engraisser indûment sur la communauté scientifique. Il est temps que cela cesse... car le numérique a donné un coup de pied dans la fourmillière.

D'autre part, dans mon texte, je dis que l'heure n'est plus aux rejets, qui font perdre le temps de tout le monde, et qui abattent le moral des courageux qui veulent publier. Notamment les "rejets", qui étaient souvent fondés sur de mauvaises excuses, en vue de limiter les soumissions, doivent cesser. Non pas qu'il faille éviter de publier des manuscrits impubliables, bien sûr.
Non, il est temps que les rapporteurs apprennent d'autres manières, à savoir une bienveillance qui doit permettre aux auteurs d'améliorer leurs manuscrits.

D'ailleurs, il faut absolument que les "évaluations" soient doublement anonymes : que les auteurs ignorent qui sont les rapporteurs, et que les rapporteurs ignorent qui sont les auteurs... car ils seront ainsi plus prudents : je me souviens d'un de mes manuscrits à propos duquel un des rapporteurs avait eu des mots douteux, et je peux assurer qu'il l'a regretté, ensuite, quand il a su que j'étais l'auteur et que, surtout, il avait outrepassé ses droits de rapporteur, faisant des demandes indues.

Pour autant -j'insiste-, il ne s'agit pas de lâcher sur la qualité des textes : il doit y avoir autant d'allers-retours que nécessaire entre les auteurs et les rapporteurs, afin que les textes publiés soient de grande qualité.

Et il faut bien sûr que les auteurs entendent quand leurs textes sont fautifs. Il faut que les jeunes auteurs apprennent à mieux rédiger des textes scientifiques. Où tout soit justifié, par exemple ; où des validations sont données ; et ainsi de suite. Cela s'apprend, et les rapporteurs ont donc une mission essentielle dans notre communauté.

Et d'abord une obligation de bienveillance : vita brevis, ars longa... et il faut apprendre lentement.

Il est temps, aussi, de bien expliquer qu'il n'est pas vrai que les revues rejettent les textes qui font mention de  "résultats négatifs", car les résultats sont toujours des résultats, et, quand ils sont contraire aux hypothèses que nous avons faites, ce sont des découvertes ! C'est une faute de la part des auteurs que de penser que des résultats puissent être négatifs.

Et tout résultat obtenu dans de bonnes conditions (contrôlées, reproductibles) doit être publié ! Evidemment, les interprétations sont parfois difficiles, mais j'insiste : les résultats sont là, et il faut les communiquer à la communauté scientifique.

D'ailleurs, bien plus généralement, nous devons faire nôtre la règle de Michael Faraday : work, finish and publish*... car une idée dans un tiroir n'est pas une idée !  


*    “The secret is comprised in three words — Work, finish, publish.”

An advice to the young William Crookes, who had asked him the secret of his success as a scientific investigator, as quoted in Michael Faraday (1874) by John Hall Gladstone, p. 123

Il nous faut des publications scientifiques éclairées !

Il nous faut des publications scientifiques éclairées !

Je viens de publier aux Notes académiques de l'Académie d'agriculture de France un article qui dit en substance que nous aurions raison de faire des revues scientifiques libres et gratuites,  avec une analyse critique (plutôt qu'une "évaluation") en  double anonymat, afin que   nous évitions les rejets d'articles, car cette pratique des refus est un gâchis pour l'ensemble de notre collectivité : les auteurs se désespèrent de voir leurs textes rejetés alors que ces derniers contiennent des données utiles à l'ensemble de la communauté.

C'est un fait, toutefois, qu'il y a de bons et de mauvais scientifiques. C'est un fait que les revues sont encombrées d'articles sans  nouveauté, ou bien dont les résultats sont mal établis, dont les expériences sont mal conçues ou mal conduites... Mais, au lieu de rejeter les articles, ne ferions-nous pas mieux de bien analyser les manuscrits, en vue d'aider les auteurs à progresser, soit dans leur pratique scientifique, soit dans leur rédaction d'articles scientifiques ?
Ma proposition est la suivante : ne rejetons pas les manuscrits, mais expliquons aux auteurs (et aux "rapporteurs") que les textes seront publiés dès que la qualité nécessaire sera atteinte, grâce aux échanges (anonymes, toujours anonymes) entre auteurs et rapporteurs,  alors le texte sera publié.
Bien sûr, la question de la nouveauté demeure, mais il est important que des collègues qui produisent un résultat déjà obtenu s'en aperçoivent, et qu'ils puissent corriger les pratiques erronées qui les ont conduit à cette reproduction sans doute involontaire. Bref, des collègues qui ont reproduit par mégarde un résultat déjà publié ne doivent pas voir leur manuscrit rejeté, mais doivent le retirer eux-mêmes, afin que cesse cette réputation de revues qui rejettent les textes.

J'insiste un peu sur la question de la formation des scientifiques : tous les collègues n'ont pas eu la chance d'être formés dans de bons laboratoires, ou d'avoir su se former eux-mêmes, et les publications scientifiques (terminologie à préférer à "revue", pour des raisons expliquées dans mon article)  ont donc un rôle de formation  essentiel :  les rapporteur doivent pouvoir donner des conseils aux auteurs, afin que finalement, si ces conseils sont suivis bien évidemment, les manuscrits soumis soient acceptés.

J'insiste aussi, dans mon article, pour observer que ni les auteurs ni les lecteurs ne doivent payer, dans toute cette affaire.
Les lecteurs, d'une part,  sont des contribuables, dont les contributions ont permis les travaux et les publications.
Pour les auteurs, d'autre part, il y aurait un conflit d'intérêt à payer pour être publier, et c'est la brèche dans laquelle des "revues prédatrices" se sont engagées. 
Bref, c'est aujourd'hui le rôle des académies, des institutions de recherche, des universités, de prendre en charge les publications scientifiques, au lieu de les confier à des éditeurs privé, comme cela se faisait par le passé.
Jadis et naguère, il y avait certainement le papier à payer, l'impression, la mise en page...  Mais aujourd'hui, avec le numérique, tout a changé  : plus de papier, plus d'impression ,une mise en page qui se fait quasi automatiquement, notamment quand les auteurs mettent en forme conformément à des modèles, des relecture qui sont faites par les rapporteurs, lesquels sont des collègues déjà rémunérés par ailleurs... Nous sommes donc dans un nouveau paradigme, et il est temps que l'on fasse disparaisse l'expression de "évaluation par des pairs" au profit de "analyse critique et conseils donnés aux auteurs". 

Vous lirez tout cela, et bien davantage dans :
Hervé This, L'analyse critique des manuscrits et les conseils donnés aux auteurs. A propos des publications : Klebel et al., 2020, Stern and O'Shea, 2019; Sarabipour et al., 2019; Inrae, 2016. Notes Académiques de l'Académie d'agriculture, 2020, 2, 1-14.

Et cela se trouve ici : https://www.academie-agriculture.fr/publications/notes-academiques/lanalyse-critique-des-manuscrits-et-les-conseils-damelioration-donnes