A propos du rejet de manuscrits par les revues scientifiques

Dans un texte que j'ai publié dans les Notes académiques de l'Académie d'Agriculture de France (N3AF),   j'évoquais la question du rejet des manuscrits par les publications scientifiques. Et c'est là un sujet dont il est important de parler, parce que, même si nous savons que cela arrive à tous, et pas seulement à nous-mêmes, il est très désagréable qu'un éditeur nous dise, se fondant sur des rapporteurs, qu'un manuscrit que nous proposons n'est pas publiable, alors que nous y avons passé beaucoup de temps, que nous sommes passés sous les fourches caudines de la préparation particulière et de la soumission, que nous avons fait de notre mieux.

Dans mon article aux N3AF, je commence par observer que, aujourd'hui, la question de limiter les publications -qui s'imposait quand on imprimait les revues scientifiques sur du papier- ne tient plus. D'ailleurs, il s'agit moins de journaux que de publications, et de publications en ligne.

En outre, il faut se souvenir de l'histoire de la publication scientifique pour comprendre pourquoi nous en sommes arrivés à une situation paradoxale.
Jadis, les auteurs  recopiaient leurs manuscrits à la main pour les distribuer.

Puis les académies et des scientifiques ont créé des revues pour éviter cela. Initialement, les auteurs touchaient des droits d'auteur, parce que les journaux étaient vendus, ce qui rapportait de l'argent.
Progressivement, l'édition scientifique a évolué vers un nouvel état où les auteurs ne touchaient plus d'argent pour leur texte, cédant gratuitement la propriété de leurs textes aux éditeurs, ce qui est sans doute un peu léonin.
Puis est venu le temps où les auteurs ont dû payer pour être publiés...

Alors que les scientifiques font tout le travail :
- l'écriture des textes
- la préparation des manuscrits selon des normes fixes
- l'évaluation des textes des collègues.

L'abondance excessive (plus exactement : excessive pour le système d'il y a plusieurs décennies) des manuscrits a conduit des éditeurs internationaux à s'engraisser indûment sur la communauté scientifique. Il est temps que cela cesse... car le numérique a donné un coup de pied dans la fourmillière.

D'autre part, dans mon texte, je dis que l'heure n'est plus aux rejets, qui font perdre le temps de tout le monde, et qui abattent le moral des courageux qui veulent publier. Notamment les "rejets", qui étaient souvent fondés sur de mauvaises excuses, en vue de limiter les soumissions, doivent cesser. Non pas qu'il faille éviter de publier des manuscrits impubliables, bien sûr.
Non, il est temps que les rapporteurs apprennent d'autres manières, à savoir une bienveillance qui doit permettre aux auteurs d'améliorer leurs manuscrits.

D'ailleurs, il faut absolument que les "évaluations" soient doublement anonymes : que les auteurs ignorent qui sont les rapporteurs, et que les rapporteurs ignorent qui sont les auteurs... car ils seront ainsi plus prudents : je me souviens d'un de mes manuscrits à propos duquel un des rapporteurs avait eu des mots douteux, et je peux assurer qu'il l'a regretté, ensuite, quand il a su que j'étais l'auteur et que, surtout, il avait outrepassé ses droits de rapporteur, faisant des demandes indues.

Pour autant -j'insiste-, il ne s'agit pas de lâcher sur la qualité des textes : il doit y avoir autant d'allers-retours que nécessaire entre les auteurs et les rapporteurs, afin que les textes publiés soient de grande qualité.

Et il faut bien sûr que les auteurs entendent quand leurs textes sont fautifs. Il faut que les jeunes auteurs apprennent à mieux rédiger des textes scientifiques. Où tout soit justifié, par exemple ; où des validations sont données ; et ainsi de suite. Cela s'apprend, et les rapporteurs ont donc une mission essentielle dans notre communauté.

Et d'abord une obligation de bienveillance : vita brevis, ars longa... et il faut apprendre lentement.

Il est temps, aussi, de bien expliquer qu'il n'est pas vrai que les revues rejettent les textes qui font mention de  "résultats négatifs", car les résultats sont toujours des résultats, et, quand ils sont contraire aux hypothèses que nous avons faites, ce sont des découvertes ! C'est une faute de la part des auteurs que de penser que des résultats puissent être négatifs.

Et tout résultat obtenu dans de bonnes conditions (contrôlées, reproductibles) doit être publié ! Evidemment, les interprétations sont parfois difficiles, mais j'insiste : les résultats sont là, et il faut les communiquer à la communauté scientifique.

D'ailleurs, bien plus généralement, nous devons faire nôtre la règle de Michael Faraday : work, finish and publish*... car une idée dans un tiroir n'est pas une idée !  


*    “The secret is comprised in three words — Work, finish, publish.”

An advice to the young William Crookes, who had asked him the secret of his success as a scientific investigator, as quoted in Michael Faraday (1874) by John Hall Gladstone, p. 123

Les paradoxe apparent des sciences de la nature

 

Il y a des esprits qui s'effraient du paradoxe suivant  : oui les sciences de la nature cherchent les mécanismes des phénomènes ;  mais non, elles ne prétendent pas trouver l'explication de ces phénomènes, mais donnent seulement des modèles, des théories, de plus en plus précis.

 Oui, il s'agit de chercher les mécanismes des phénomènes, c'est-à-dire en réalité de chercher à les comprendre ;  mais non, les explications que l'on donne, assorties de concepts (l'électron, l'énergie, l'inertie, etc.) ne sont pas des explications,  mais des descriptions.

Et ces descriptions sont toujours insuffisantes, car un modèle réduit de la réalité n'est pas la réalité, et c'est précisément la raison pour laquelle les sciences de la nature n'auront jamais de faim. Elle decrivent de mieux en mieux les phénomènes jusqu'à des nombres de décimales vraiment extraordinaires, mais pour autant, les scientifiques savent bien que leurs théories sont insuffisantes, et c'est la raison pour laquelle, inlassablement, ils en cherchent des améliorations.

Il n'y a pas de contradiction dans cette attitude et, en tout cas, les théories, les modèles (il y a des subtilités dans lesquelles je n'entre pas ici) sont aujourd'hui bien autre chose que des récits, des discours : ce sont des équations, ce que je nomme aussi des calculs.

Dans un billet récent, j'avais dit que la science était fondée sur deux pieds : l'expérience est le calcul. Je le maintiens absolument, et je propose de prendre garde  à ce que raconte la vulgarisation :  les récits de vulgarisation sont toujours des transcriptions difficilement adaptées des systèmes d'équations qui constituent véritablement la science.

J'insiste sur le "calcul" : la recherche scientifique n'est qu'ensembles d'équations. Il est loin le temps de la description quasi entomologique des phénomènes, d'une simple découverte d'objets. Bien sûr, on trouve encore des objets nouveaux et c'est ce qu'ont couronné des prix Nobel comme ceux qui ont été attribués pour les découvertes des fullérènes ou du graphène, par exemple.

Mais aujourd'hui, les sciences de la nature ont considérablement avancé, et rares sont celles qui ont sont restés à une simple description des objets.

Et c'est donc dans les mécanismes, les théories, que se font les avancées les plus notables.

La recherche scientifique ? Il faut aimer l'incertain, l'inconnu, s'en réjouir et ne pas seulement le supporter ; s'en délecter !

Il y a un certain temps, un étudiant en stage dans notre groupe de gastronomie moléculaire s'est mis à pleurer quand je lui ai dit que nous ne savions pas ce que nous cherchons.

Il faut que j'explique que la recherche scientifique a pour objectif la découverte. Évidemment, si nous savions par avance ce que sont ces découvertes que nous cherchons à faire, il n'y aurait pas de découvertes puisque ces objets ou ces théories serait connus par avance.
Il nous faut donc explorer des phénomènes avec une méthode que j'ai exposée de nombreuses fois dans d'autres billets, dans l'espoir que nos expérimentations nous conduiront par induction à des théories nouvelles, ou qu'elles fassent apparaître des objets qui étaient alors inconnus.

Des exemples ? Je prends deux seulement.
Tout d'abord, il y a un peu plus d'un siècle, les physiciens ont observé que les phénomènes aux très petites tailles étaient mieux décrites quand on admettait que les grandeurs mesurées étaient quantifiées, à savoir qu'au lieu de varier continument, elles ne variaient que par petits sauts. Cela engendra la  "physique quantique.
D'autre part, bien plus récemment, des chimistes ont découvert que, quand on tirait du scotch posé sur un morceau de charbon, alors on détachait un plan d'atomes de carbone organisés en nid d'abeille, ce qui a été nommé le graphène. Sa découverte a donné d'ailleurs lieu à l'attribution du prix Nobel de chimie.

Personne n'imaginait que l'on fasse l'une ou l'autre découverte, au point même que, pour la première, elle choquait le physicien (Max Planck) qui la fit !

Donc je reviens à  ma question de la découverte, qui est et qui restera imprévue,  imprévisible. J'ai dit ailleurs qu'il n'y avait pas de stratégie simple pour la découverte et que  en conséquence, c'est en creusant des champs avec acharnement, avec soin, avec intuition, avec énergie que l'on avait quelque chance de pouvoir faire des découvertes ou d'inventer des théories.

En tout cas, ce n'est certainement pas en restant immobile que l'on y arrivera : il faut être actif, très actif, attentif car comme le disait très justement Louis Pasteur  « la science sourit aux esprits préparé : » oui, il faut être attentif, sur le qui-vive et traquer tout ce qui n'est pas conforme à nos idées initiales.

J'en arrive maintenant à notre discussion principale  : nous ne savons pas ce que nous cherchons puisque nous voulons faire des découvertes. L'étudiant que j'évoquais initialement s'est mis à pleurer parce que intellectuellement, cela lui était insupportable.
Depuis, cet étudiant a fait une belle carrière... mais pas dans la recherche scientifique, parce qu'il n'était pas à sa place là.

Certains collègues, aussi, ne me semblent pas à leur place : ceux qui considèrent que la position du scientifique est difficile, psychologiquement stressante.

A contrario, sont parfaitement à leur place celles et ceux qui jubilent de ne pas savoir, qui sont parfaitement heureux de devoir découvrir, ceux qui se délectent de cette "promenade dans l'inconnu". Gardons la comparaison avec l'exploration d'une forêt, à partir de la lisière. Sont faits pour la recherche scientifiques ceux qui aiment découvrir une sente, un arbre nouveau, une fleur nouvelle, qui aiment défricher une clairière, voir le bleu du ciel à travers les frondaisons.

Qu'est-ce que la chimie ? Et, a contrario, qu'est-ce qui n'est pas de la chimie ?

La chimie ? je suis obligé de me répéter un peu parce que non ne cesse de m'interroger et que, au fond, ayant fait le travail d'être en mesure de répondre aux questions de ce type, c'est bien la moindre des choses que je réponde.

Pour savoir ce que c'est que la chimie, il faut partir de l'alchimie.

L'alchimie est née de l'étonnement de l'apparition de métaux quand on calcine des minerais, par exemple, ou de l'étonnement du cycle d'évaporation et de condensation de l'eau, par exemple... Car il y a dans l'environnement de l'être humain ancien une foule de phénomènes,  évidemment tous mystérieux tant que l'on n'en a pas la clé, tant qu'on en comprends pas les mécanismes.

Ces phénomènes, les êtres humains anciens n'ont pas manqué de les explorer, au moins pour certains, et cela faisait déjà une sorte de philosophie naturelle, une sorte de sciences : chercher les mécanismes des phénomènes, n'est-ce pas l'objectif des sciences de la nature ?

 Bien sûr, à l'époque, il n'avait ni la méthode scientifique que nous avons aujourd'hui, ni les outils d'analyse modernes, ni même les concepts qui sont si important pour comprendre le monde :  le concept d'inertie, le concept de force, le concept d'énergie, l'iée d'atomes et de molécules... et les incertitudes ont duré pendant des siècles à propos de ce que nous savons être aujourd'hui et réarrangement d'atomes.

Il a fallu des tâtonnements, avec les "moyens du bord",  à savoir  le broyage, le chauffage, le refroidissement, et ainsi de suite pour explorer ces transformations.
Et c'est ainsi que l'on a pu croire, au moins pour certains, que l'on trouvait dans ces métamorphoses du monde les clés de longue vie,  d'où des recherches d'élixir de pierre philosophale, etc.

Il y a eu une alchimie expérimentale, "opérative", qui consistait à effectuer des expériences, et une alchimie plus spéculative, qui faisait des théories, et des théories sans  vraiment avoir les moyens de faire, débordant parfois considérable, délirant même parfois.

C'est vers le 17e siècle qui est apparue progressivement la possibilité de comprendre les réarrangement d'atomes.

Et après quelques hésitations, c'est quand même entre la parution du premier tome de l'Encyclopédie de Diderot et d'Alembert et l'apparition du dernier tome de cette même Encyclopédie que l'on a cessé de parler d'alchimie, dans cette quête des mécanismes des transformations et des phénomènes,  pour parler de "chymie", d'abord, puis ensuite de "chimie".

Il était  ainsi très clair, pour Lavoisier et ses successeurs que la chimie était une science de la nature :  la science qui étudie les mécanismes des transformations de la matière, ce que nous savons être aujourd'hui des réarrangement d'atome entre atomes isolés, ions, molécules, etc.

Voilà pour la chimie : la science de la nature qui explore les réarrangements d'atomes

Ce qui n'est pas de la chimie ? Les applications de la chimie ne sont pas de la chimie. Louis Pasteur le disait ainsi : le fruit n'est pas l'arbre.
Ce qui n'est pas de la chimie ? La technique chimique, les industries de la chimie. Respirer ou marcher n'est pas faire de la chimie, parce que, ainsi, on ne cherche pas les mécanismes des phénomènes par la méthode scientifique : on se contente de respirer, de marcher, comme un animal. Et même si des réarrangements d'atomes ont lieu dans l'organisme. Car on se souvient que la chimie est l'étude de ces réarrangements, par l'opération de ces réarrangements.

En conséquence, les industries qui se disent "chimiques" usurpent le mot. Et il faut le dénoncer, car cela est malhonnête.

A contrario, il y a lieu de bien dire  à nos jeunes amis que l'étude des réarrangements d'atomes, la chimie donc, est une entreprise qui est loin d'être terminée. Elle a besoin de talents !

Des exagérations des auteurs de livres de cuisine ?

Lors de notre dernier séminaire de gastronomie moléculaire, nous avons testé une recette de sauce hollandaise  : l'auteur  préconise de mettre dans une casserole du beurre, des jaunes d'oeufs, un peu d'eau, du jus de citron et de fouetter en chauffant.

Surtout, cette recette indique que la préparation va doubler de volume.  mais en réalité si les

Pourquoi pas ? Mais à tester cette idée, on s'aperçoi que si les ingrédients sont bien donnés, le procédé manque cruellement de précision, car il est dit seulement de "chauffer à feu doux pendant 10 minutes".

A feu doux ? Doux, combient ? Personne ne le sait, et l'on est réduit à inventer en fonction des expériences du passé.

Au fond, c'est que l'on doit obtenir d'abord, c'est que le beurre fonde, que le fouet introduise des bulles d'air et que la coagulation de l'oeuf se fasse, pour donner de la consistance à la sauce.

J'insiste un peu : oui, il faut bien que le fouet puisse introduire des bulles d'air pour faire gonfler la préparation, car il n'y a pas de miracle : si la  préparation doit gonfler - ce qui n'est pas encore avéré- , alors c'est qu'on aura mis de quoi la faire gonfler c'est-à-dire de l'air.

Bref, lors de notre dernier séminaire, nous avons donc fait l'expérience du mieux que nous pouvions en contrôlant les températures et nous avons comparé le volume avant et après cuisson. L'augmentation à été d'environ 50 millilitres par rapport un volume initial de 250 millilitres,  ce qui est loin du doublement annoncé !

Certes, la sauce hollandaise était belle, un peu foisonnée, très agréable à consommer mais n'était-ce par décevant ? On avait le sentiment qu'une sauce foisonnée davantage aurait été meilleure.

Et là, je propose de ne pas oublier le beurre chantilly, que j'ai inventé il y a longtemps et qui consiste à émulsionner du beurre dans l'eau, puis à fouetter l'émulsion en la refroidissant : on obtient alors une consistance analogue à celle d'une crème chantilly, c'est-à-dire considérablement foisonnée.

De sorte que si l'on ajoute de l'oeuf, puis que l'on chauffe, notamment au four à micro-ondes, alors on peut coaguler l'ensemble, de sorte que le système foisonné soit stabilisé.

Bien sûr il reste la possibilité que quelqu'un observe ce gonflement que nous n'avons pas obtenu, en changeant les paramètres de la recette, mais j'aimerais alors qu'il nous dise bien comment il a fait... à part ajouter plus d'eau.

Pochage et enseignement de la cuisine

 

Lors de notre séminaire de gastronomie moléculaire de mars 2021, nous avons discuté de terminologie et d'enseignement. Le constat  a été fait que le milieu professionnel, qu'il s'agisse des cuisiniers en activité ou des enseignants, utilisait fautivement certains termes.
Par exemple, le mot "pochage" : de toute éternité, on a bien nommé pochage le fait de pocher, c'est-à-dire de faire une poche, notamment par la cuisson des oeufs dans l'eau bouillante.

Initialement, dans les livres de cuisine anciens, les recettes ne mentionnaient le pochage que pour les oeufs pochés, et c'est ensuite que s'est introduite la terminologie pour d'autres cas où il y a effectivement un pochage, par exemple dans une quenelle, dont la couche périphérique vient effectivement coaguler dans l'eau bouillante.

La question à propos de pochage, c'est que certains, pour des raisons incompréhensibles, se sont mis à désigner par ce terme de pochage la cuisson dans de l'eau froide que l'on porte lentement au frémissement, ce qui fait exactement le contraire d'un pochage.
Et j'ajoute que je suis de ceux qui ont suivi le troupeau sans y penser !

Que faut-il faire, maintenant que l'erreur est dépistée : entériner un usage récent (à l'échelle de la cuisine) et idiot ?  Ou bien, au contraire, éclairer les apprenants avec une terminologie juste et simple, que nous pouvons leur expliquer  ?

La question revient à celle de transmettre des idées juste  ou des idées fausses... et l'on pressent quelle est ma réponse !

J'ajoute que, expérimentalement, le séminaire de gastronomie moléculaire s'est toujours attaché  à tester expérimentalement les précisions culinaire, afin de permettre aux enseignants de ne plus transmettre que des idées justes.

En conséquence, malgré un débat sur la possibilité de conserver des terminologies fautives (au mauvais prétexte que le mileu professionnel les utiliserait), je crois qu'il serait indécent de propager des terminologies fautives ; et que le rôle du séminaire est au contraire le dire le juste, le fondé, le légitime, s'en aller vers un avilissement de l'art culinaire !

Au contraire, notre objectif est de  faire grandir l'art culinaire, et cela passe par les mots, même si certains doivent réviser leur vocabulaire et apprendre un peu !

Il faut documenter : j'y reviens !

La question de la documentation est bien connue des informaticiens, qui enchaînent des lignes de programme et qui arrivent à des programmes énormes... Comment y dépister des erreurs ? Comment les modifier ultérieurement ? Quand c'est programmes ne sont ni structurés ni expliqués, c'est impossible.

Et c'est la raison pour laquelle on n'insiste jamais assez :  il faut documenter.

D'ailleurs, cette documentation n'est pas pour seulement pour les autres, mais pour soi-même, et c'est la raison pour laquelle on doit d'abord penser à un organigramme, qui consigne en français ce qui sera codé.

Puis il faudra entrer dans le détail, et indiquer par des phrases en français (des "commentaires") ce que font les opérations que l'on met en oeuvre.

Ce qui vaut pour l'informatique vaut évidemment pour le calcul algébrique, le calcul matriciel, tous les calculs en réalité.
Et insistons : il ne s'agit pas seulement de faire cela pour les autres, mais pour soi-même !

J'ai encore vu hier l'exemple de feuilles de calcul de certains amis qui enchaînaient les opérations sans aucune phrase en français... et qui étaient perdus.

Evidemment, quand ils m'ont soumis le problème qu'ils ne parvenaient pas à résoudre seuls (puisqu'ils étaient perdus), je n'y suis pas arrivé, parce que même eux ne savaient pas dire ce qu'ils avaient fait.

Il y a un point encore supplémentaire à donne,  qui est que le calcul algébrique notamment est fondé sur la pensée en langage naturel  : on n'a pas assez répété que les équations ne sont que des expressions d'idées en langage forme. Une équation correspond à une idée en langage naturel.

Bien sûr, il y a quelques génies qui  calculent comme chantent les rossignols, qui n'ont plus besoin de cette traduction, mais avant d'être un génie, il y a lieu d'apprendre à le devenir, et le seul fait que les jeunes qui apprennent fassent des erreurs montre qu'ils n'ont pas encore atteint cet état. Ils doivent donc apprendre tranquillement, et cela passe par de la documentation... qui ne doit pas se faire à posteriori, mais a priori !

Car on conservera aussi cette idée que nous devons avoir des objectifs clairs sans quoi nous ne pourrons pas trouver les chemins qui y mènent.

Oui, quand on fait un calcul il y a un objectif et on ne se lance pas au hasard vers cet objectif, mais selon un chemin qui doit avoir été prédéterminé.

Autrement dit, il faut dire en français quel est l'objectif, puis soliloquer (par écrit !) pour analyser le chemin, les étapes. Et soliloquer encore pour dire comment on parcourera les petits segments du chemin entre les étapes.

Et c'est alors amusant : souvent, ayant ainsi écrit en français, la traduction mathématique ou informatique devient évidente !