Soutenir une thèse

Soutenir une thèse ?

Il faut donc une "thèse", à savoir une idée que l'on propose, et dont on se propose d'établir la véracité. Par exemple, "on peut obtenir une modélisation rapide d'un coeur en préparant un maillage que l'on colle préalablement à l'image ultrasonore du coeur, puis en modifiant progressivement ce maillage, à partir des informations qui sont données".

Puis il y a la question de l'établir, de montrer comment on arrive à cette idée, et pourquoi elle est juste. Dans cette monstration, il faut tenir compte du fait que cet exercice oral de "soutenance" doit faire la preuve que le doctorant est capable de faire de l'enseignement : il doit donc être clair, d'une part, et, d'autre part, être capable de répondre à des questions que ses auditeurs pourraient avoir. Car la thèse est l'accès à l'enseignement supérieur : il faut donc montrer qu'on est capable, de ce point de vue.
On tiendra compte du fait qu'il ne faut certainement pas raconter tout ce que l'on a fait pendant les trois années qui ont précédé. D'une part, il y a trop, et, d'autre part, ce serait excessif, buissonnant... et inutile.

Bien sûr, il y a aussi la question générale d'un exposé oral, qui doit être clair, organisé, intéressant, intelligent. Et c'est là la plus grande difficulté : faire preuve d'intelligence, cela ne signifie certainement pas multiplier les effets graphiques (on n'est pas dans de la téléréalité minable), mais bien plutôt proposer des idées, des formulations intéressantes, paradoxales, fécondes... On n'oubliera pas que, normalement, le jury est composé de personnalités qui s'intéressent beaucoup aux sciences et aux technologies, de sorte que toute étincelle est bienvenue si elle est de ce point de vue. Il y a des gens -il faut le dire- qui s'émerveillent, tels des enfants devant des joujoux le jour de  Noël, face à une belle démonstration, à une belle formule, à une belle équation. C'est donc cela qu'il faut faire : leur faire briller les yeux avec des idées scientifiquement "intéressantes". Le reste n'est que transpiration secondaire... expliqué par ailleurs.

La cuisine note à note recrée-t-elle des aliments à partir de produits chimiques ? La réponse est non

Hier soir, un groupe d'étudiantes intéressées par la cuisine note à note, qui proposaient comme définition  :

La cuisine note à note recrée-t-elle des aliments à partir de produits chimiques.

Est-ce cela ? Non, mais l'erreur est vénielle, et, d'autre part, on peut toujours d'un petit mal un grand bien, à savoir donner des éclaircissements.

Et puis, c'est une méthode toute simple : il s'agit seulement de se demander ce que signifient les mots.
La cuisine ? C'est la préparation des aliments à partir d'ingrédients. Et si la cuisine note à note a été nommée ainsi, c'est bien que c'est de la cuisine. Les ingrédients sont seulement différents de la cuisine classique ou même de la cuisine moléculaire.

La cuisine note à note "recrée" des aliments ? Non, elle crée des aliments : à  partir d'ingrédients, on construit des aliments, des mets, des plats. Bref, on cuisine.
Derrière cette petite erreur, il y a peut-être l'idée que l'on va faire de la carotte sans carotte, ou de la viande sans viande... mais cela n'est pas le cas. Le croire serait céder à un fantasme indu.
Non, on crée, et l'on évite d'ailleurs de reproduire des carottes, des pommes ou des viandes... car cela n'aucun intérêt : on a déjà les carottes, pommes ou viandes.

La cuisine note à note a pour ingrédients des "composés chimiques" ? Là encore, il y a une erreur... parce que l'expression "composé chimique" est souvent mal comprise.
Je pars d'un exemple : l'eau. L'eau parfaitement pure est un "composé", à savoir qu'elle est faite de molécules toutes identiques, et faites chacune d'un atome d'oxygène et de deux atomes d'hydrogène.
Quand cette eau vient du ciel, ce n'est pas un composé chimique, mais un composé naturel.
Mais si un chimiste qui étudie l'eau la synthétise (je faisais cela à l'âge de six ans), alors elle devient un composé "chimique", ce qu'il serait plus intelligent de nommer un composé de synthèse.
Oui, il y a des composés synthétisé par des chimistes, et des composés extraits du monde naturel. Cela étant, l'eau synthétisée peut être exactement la même que l'eau de la pluie.
Passons à plus compliqué : le sucre de table, ou saccharose. Il est extrait dans des usines à partir de betteraves. Là, on râpe les betteraves, on les chauffe dans l'eau, on concentre les jus en évaporant l'eau. Ce n'est pas un travail scientifique, pas un travail de chimiste, mais un simple travail technique. Le sucre n'est pas un composé chimique, mais un  composé extrait de produits naturels.
Mais le sucre a mauvaise presse, aujourd'hui, parce que des idéologues critiquent les "sucres ajoutés" : prenons donc un autre exemple, à savoir le sel, que l'on obtient en concentrant de l'eau de mer. Le sel n'est pas synthétisé, mais extrait.... Ah mais, pardon, le sel a également mauvaise presse.
Passons donc à l'huile, qui est faite de "triglycérides" (et non pas d'acides gras, comme le croient des ignorants qui causent trop de ce qu'ils ne comprennent pas toujours). Ces triglycérides ne sont pas synthétisés ; ce ne sont pas des composés chimiques... mais seulement des produits du pressage de graines ou de fruits (olives, noix, tournesol...).
La gélatine ? C'est un mélange de composés extraits de viande. Pas synthétiques, pas chimiques, donc.
L'acide citrique, vendu comme additif ? Il est obtenu par fermentation, comme l'est la choucroute. Ce n'est donc pas un produit chimique.

Et ainsi de suite !

Donc finalement, non, la cuisine note à note ne recrée pas les aliments à partir de composés chimiques. C'est une cuisine qui crée des aliments à partir de composés qui sont le plus souvent extraits des produits de l'agriculture.

Je vous présente le carotène bêta

Nous allons voir, aujourd'hui, combien il est difficile de présenter un composé, en l'occurrence le carotène bêta.

Partons d'une carotte que l'on broie à l'extracteur  à jus.

On récupère une pulpe, d'une part, et, d'autre part, un liquide un peu visqueux et orange, d'une belle couleur orange. La pulpe est blanche ; mettons-la de côté puisque elle ne renferme certainement pas la matière colorante de la carotte. En revanche, gardons le liquide orange et faisons une expérience de "chromatographie" :  cela signifie tout simplement de prendre une sorte de papier, comme du buvard, de faire une petite tache sur un bord avec le liquide orange, puis à faire tremper ce papier dans un liquide, en plaçant la tache légèrement au-dessus du niveau du liquide. Ce dernier progressivement par "capillarité", entraînant avec lui, à des vitesses plus ou moins rapides, les composés qui se trouvaient mélangés dans la tâche.

Et c'est ainsi que l'on obtient une succession de taches jaunes, orange, rouges. L'une de ces tâches orange est particulièrement prépondérante, et c'est le composé qui la constitue qui a été nommé carotène bêta.

À l'époque de sa découverte, les chimistes ont voulu savoir de quoi il s'agissait, et il ont effectué ce que l'on nomme des analyses élémentaires, c'est-à-dire que l'on a carbonisé le composé pour récupérer divers gaz. Puis, par mesure de l'eau et du dioxyde de carbone formés, on a identifié qu'il s'agissait d'un "hydrocarbure",  composé seulement de carbone et d'hydrogène. Puis, les chimistes ont fait réagir le composé de différentes façons, en essayant d'y greffer d'autres composé, en essayant de le couper, en cherchant par des réactions caractéristiques comment la molécule était construite, et c'est ainsi que l'on a découvert qu'il existe plusieurs de plusieurs sortes de carotène. Celui qui est le plus abondant dans la carotte a été nommé carotène bêta.

Progressivement, on a donc compris que le carotène bêta était fait d'objets tous identiques, ce que l'on appelle des molécules ; chacune de ces molécule est parfaitement identique aux autres, composée d'atomes de carbone et d'atomes d'hydrogène organisés d'une façon bien spécifique.
Puis on a isolé le carotène bêta pur, à savoir que l'on a appris à séparer une fraction parfaitement pure, qui a toutes les propriétés de ce composé. Par exemple si on le dissout, on obtient la couleur orange. Si on l'éclaire par des rayonnements particuliers, on obtient toujours la même réaction. Bref, on a des propriétés physiques et chimiques constantes.


 A  quoi bon tout cela pour le travail culinaire ?

Disons que le carotène bêta, que certains industriels extraient maintenant par tonnes me semble être tout à fait analogue au sucre de table, le saccharose, ou encore à tant d'autres composés que l'on peut se procurer maintenant à l'état pur. Pensons au sel, à la gélatine, mais aussi à l'acide tartrique, par exemple.
Évidemment, quand mes amis entendent une telle proposition, dans le climat de grande angoisse alimentaire où nous vivons aujourd'hui à cause de marchand de cauchemars, ils me demandent si l'utilisation du carotène bêta pur est parfaitement saine... et c'est mon devoir de répondre honnêtement, par exemple en disant que se pose d'abord la question du "parfaitement pur" :  le parfaitement pur n'existe pas, car dans tous composés, dans tous les produits, il y a ceux que l'on vise, mais il y a aussi des "impuretés". Ce qui ne signifie pas que ces dernières sont toxiques pour autant. Dans du bêta-carotène vendu comme pur, on peut très bien trouver de l'eau, ou des traces d'un autre composé de la carotte tel l'astaxanthine ou la violaxanthine ou la lutéine... On peut aussi trouver, dans certains produits moins bien préparés, des métaux lourds, des résidus de pesticides. Ou on peut aussi trouver des composés non pas défavorables, mais au  contraire favorables, telles des vitamines, mais qui n'en sont pas moins des "impuretés".



Bref, quand on achète un cheval, il y a lieu de lui regarder les dents, et, de même, quand on achète un composé, un produit, il y a lieu de s'interroger sur sa qualité... en se souvenant de ce que disaient les Tontons Flingueurs : "le prix s'oublie, la qualité reste".

Conseils pour la rédaction d’un manuscrit de thèse : comment citer les mauvais articles 2/N

Dans un manuscrit de thèse, on ne cesse de citer des articles.

Dès l'introduction, la moindre phrase doit être validée, et elle ne peut l'être, à ce stade, que par référence à d'autres auteurs, qui l'ont validée expérimentalement. Puis, quand on analyse l'état de l'art, c'est évidemment le moment où les références à d'autres sont constantes. Là encore, une phrase, une ou plusieurs références.
Les Matériels & méthodes ? Les méthodes doivent être validées, ce qui impose de justifier nos choix. Les matériels ? De même.
Puis, lors des interprétations, lors des "discussions", il faut comparer ce qui est obtenu expérimentalement à ce que d'autres ont obtenu.

Bref, on cite sans cesse d'autres auteurs, et c'est d'ailleurs bon signe, parce que cela prouve (rappelons que nous sommes de ceux qui ont de bonnes pratiques et qui, de ce fait, ne citent que des articles qu'ils ont lus!) que l'on a beaucoup lu, donc beaucoup appris, ce qui est un des objectifs des travaux de thèse.

{{Oui mais}}

Oui, mais on garde en mémoire l'idée qui motive la citation d'une publication : on veut établir un fait. De sorte que les articles cités doivent être bons !
Comment, tous les articles publiés ne sont-ils pas bons ? Après tout, ils ont été évalués par des pairs, n'est-ce pas ? Oui, mais.... Oui, mais je sais, pour avoir être souvent rapporteurs, dans de grandes revues internationales, que ces dernières publient des manuscrits pour lesquels j'ai soulevé des objections factuelles désastreuses ! Je sais, pour faire soigneusement ma bibliographie, qu'une proportion notable de publications sont mauvaises. Je  me suis exprimé ailleurs, de sorte que je ne vais pas y revenir ici, mais je propose que nous nous contentions de l'idée selon laquelle beaucoup de publications sont mauvaises.

Ne pas les citer ? C'est s'exposer à ce l'on nous reproche justement de ne pas les avoir vues (et lues).
Les citer ? Donner leurs informations sans les critiquer, c'est devenir aussi mauvais qu'elles. Les critiquer ? il y a façon et façon de le faire, mais, en tout cas, il n'est pas interdit de signaler qu'une expérience n'a pas été répétée, ou bien qu'un temps de relaxation était trop court pour que l'on obtienne une donnée quantitative admissible, ou bien qu'une règle de bonne pratique n'a pas été appliquée : de la sorte, on ne "critique" pas, mais le fait d'être factuel est peut-être encore plus dévastateur.
En tout cas, il y a ce fait que le travail bibliographique vise non seulement faire le tour complet des publications, mais aussi à faire leur évaluation, avec notamment des confrontations et des synthèses. 

 La question la plus ennuyeuse, à propos des mauvaises publications, c'est de savoir quoi en faire. Imaginons une information transmise par une telle publication, fut-elle une information plausible. Pouvons-nous vraiment la reprendre pour nos raisonnements, sachant qu'il y a une probabilité qu'elle soit fausse ? C'est imprudent, risqué. Un de mes amis a vraiment raison de dire que "donnée mal acquise ne profite à personne" ! Les mauvaises publications sont une plaies, et les scientifiques paresseux sont bien plus nuisibles que de simples édredons. Ils n'ont qu'un mérite, que je trouve par analogie avec les philosophes qui nous proposent de tester notre bonne humeur avec de petites contrariétés : les mauvais articles sont des exercices de vigilance, et ils nous conduisent à approfondir nos recherches bibliographiques pour aller détruire les idées qu'ils propagent. Ce faisant, nous tomberons bien, un jour ou l'autre, sur des articles merveilleux !

On me parle de ma force de travail ?

La question de la force de travail ? En réalité, je n'ai aucun mérite : je fais un métier si merveilleux qu'il faut que ma famille et mes amis m'empêchent parfois de m'y livrer, car quand on me force à m'arrêter, je suis obligé de faire quelque que j'aime moins. Il faudrait donc que je sois masochiste pour cela.
Plus le temps passe, plus je suis émerveillé par la méthode scientifique, que je ne cesse de présenter, avec ces six étapes :
# 1. identifier un phénomène
# 2. le caractériser quantitativement
# 3. réunir les données en lois, c'est-à-dire en équations
# 4. induire des théories, en introduisant notions et concepts quantitativement compatibles avec l'ensemble des équations
# 5. déduire des conséquences testables de la théorie
# 6. tester quantitativement les conséquances théoriques
# Et ainsi de suite

Et puis, quand même : l'adéquation du monde aux équations, au point que, dans certains cas, on est à des dizaines décimales justes, c'est quand même fascinant, non ? Un Mystère auquel on n'a pas fini de penser, et que j'essaie de partager avec ceux qui me rejoignent au laboratoire.

La pâte à Strudel

En Alsace, c'est le Strudel, mais on trouve analogue ailleurs : avec la "croustade" en Pays de Cocagne, le pastis en Gascogne, et j'en passe : il s'agit d'une pâte très mince que l'on préparait naguère sur la table de la cuisine : à partir d'une petite boule de pâte, on abaisse, on abaisse, jusqu'à obtenir une nappe à travers laquelle on voit. Puis on dépose, par exemple, de la poudre d'amandes, des raisins secs gonflés au rhum et des pommes, avec beaucoup de cannelle, et l'on roule pour avoir autant de couches que possibles, toujours très minces. Quand on cuit (45 minutes à 200 degrés), on obtient... un dessert d'autant plus délicieux qu'on n'a pas oublié le beurre et le sucre !

Mais la question, c'est d'étendre la pâte !

Oui, étendre la pâte semble facile, mais faites l'expérience, et vous verrez qu'elle se crève rapidement, ruinant tous nos efforts. Bien sûr, il y a des "trucs", tel celui que j'ai recueilli dans une ferme du Lauragais, qui consiste, avant d'étendre à taper longuement sur la pâte à l'aide d'un rouleau à pâtisserie. Amusant, d'ailleurs, que ce conseil rejoigne une technique mise en oeuvre au Japon, pour des desserts de riz, pour le Nouvel An.
Et en pratique ? De mon expérience, ça n'a pas marché. Alors ?
Alors, j'ai eu la chance de n'avoir sous la main qu'une farine très mauvaise qualité, sans "gluten" (des protéines), et la pâte ne se tenait pas. Impossible dans ces conditions d'obtenir un réseau de gluten qui puisse se tenir quand on l'étale. Et, en corollaire, on conclut qu'il faut une farine plutôt de type 55 pour bien réussir la chose. Et, surtout, qu'il faut travailler beaucoup pour bien former ce réseau protéique. Je suppose que les coups de rouleau à pâtisserie visaient à renforcer le réseau de gluten... sauf qu'une bonne transformation du boulanger fait bien mieux l'effet : on étire, on replie, on étire, on replie, et l'on procède ainsi jusqu'à avoir une pâte très lisse.
D'autre part, il y a la question de la matière grasse : dans le Lauragais, on utilise la graisse de canard, mais ailleurs, de l'huile fonctionne très bien.
Enfin, il y a le repos de la pâte, qui semble important (mais à vérifier).
 
 Une recette

Bref, j'en suis au point suivant :
1. dans un saladier, mélanger 150 g de farine de type 55, 2 à 3 grosses cuillerées d'huile, et de l'eau jusqu'à ce que l'on ait une pâte à la limite du collant
2. la travailler beaucoup, comme dit précédemment
3. quand elle est très lisse, et qu'elle a pris du corps, on la fait reposer sous un linge (pour éviter un croûtage)
4. alors on place le pâton sur une surface légèrement farinée, et l'on étale, tout d'abord le plus possible au rouleau, puis ensuite à la main, jusqu'à ce que l'on voit à travers la pâte

 Pour un Strudel aux pommes et aux raisins, il reste alors à garnir avec poudre d'amandes, pommes coupées, raisins longuement gonflés dans le rhum, cannelle, beurre, sucre. On roule, puis on cuit sur une plaque, en sucrant  et beurrant la surface, avant d'ajouter encore un peu de cannelle. Au four à 205 degrés pendant 45 à 50 minutes.

A propos de vitamine : méfions-nous quand même

Je ne m'exprime pas, ici, mais je donne à mes amis des idées peut-être plus juste que celles qu'ils avaient peut-être.

C'est un des passages très intéressants d'un article scientifique dont la référence est Mol. Nutr. Food Res. 2005, 49, 131 – 158. DOI 10.1002/mnfr.200400078
Review : Molecular mechanisms of toxicity of important food-borne phytotoxins
Ivonne M. C. M. Rietjens 1 , Martijn J. Martena 2 , Marelle G. Boersma 1 , Wim Spiegelenberg 2 and Gerrit M. Alink 1

Dans le début de l'article, je vois des composés cancérogènes dans des consoudes ou d'autres plantes du même genre, par exemple, ce qui devrait pousser nos amis "cuisiniers herboristes", parfois mal conseillés, et en tout cas pas guidés par la tradition, à beaucoup de prudence.
Puis, je trouve un paragraphe sur le carotène bêta, présent dans les carottes :

"Dans les pays industrialisés, les fruits et les légumes apportent 1,7 à 3 mg/jour de caroténoïdes pro-vitamine A, avec le carotène bêta comme principal constituant  [35]. Les caroténoïdes, le type bêta et les autres, possèdent  des capacités antioxydantes et de capture des radicaux libres [36 – 39]. Toutefois des expérimentation avec le carotène bêta ont mis en évidence le meilleur exemple d'un risque inattendu lié à des quantités excessives de composés bioactifs des plantes. 
Ainsi, des des études d'épidémiologie observationnelles avaient indiqué que les régime riches en fruits et légumes riches en carotenoïdes, ainsi que des taux sériques élevés de carotène bêta sont associés à risque réduit de cancer du poumon [40 – 42]. Sur la base de ces observations, des tests interventionnels ont été effectués sur des volontaires sains, incluant des fumeurs, qui ont donc reçu des compléments alimentaires leur apportant du carotène bêta [43, 44]. On a alors observé non pas une diminution de l'incidence du cancer du poumon, mais une augmentation, chez les groupes de fumeurs. 
Et, de même, cet effet promoteur, plutôt que protecteur, a été observé chez des ouvriers exposés à de l'amiante  [43].
Plus récemment Baron et al. [45] ont observé un risque accru de cancer du colon chez les fumeurs de cigarette qui consommaient beaucoup de carotène  bêta."

Et voilà. Cela se passe de commentaires, n'est-ce pas ?