Il nous faut des revues scientifiques éclairées !

Je viens de publier aux Notes académiques de l'Académie d'agriculture de France un article qui dit en substance que nous aurions raison de faire des publications scientifiques libres et gratuites, avec une analyse critique (plutôt qu'une "évaluation") en double anonymat, afin que nous évitions les rejets d'articles, car cette pratique des refus est un gâchis pour l'ensemble de notre collectivité : les auteurs se désespèrent de voir leurs textes rejetés alors que ces derniers contiennent des données utiles à l'ensemble de la communauté. 

C'est un fait, toutefois, qu'il y a de bons et de mauvais scientifiques. C'est un fait que les revues sont encombrées d'articles sans nouveauté, ou bien dont les résultats sont mal établis, dont les expériences sont mal conçues ou mal conduites... 

Mais, au lieu de rejeter les articles, ne ferions-nous pas mieux de bien analyser les manuscrits, en vue d'aider les auteurs à progresser, soit dans leur pratique scientifique, soit dans leur rédaction d'articles scientifiques ? 

Ma proposition est la suivante : ne rejetons pas les manuscrits, mais expliquons aux auteurs (et aux "rapporteurs") que les textes seront publiés dès que la qualité nécessaire sera atteinte, grâce aux échanges (anonymes, toujours anonymes) entre auteurs et rapporteurs, alors le texte sera publié. 

Bien sûr, la question de la nouveauté demeure, mais il est important que des collègues qui produisent un résultat déjà obtenu s'en aperçoivent, et qu'ils puissent corriger les pratiques erronées qui les ont conduit à cette reproduction sans doute involontaire. 

Bref, des collègues qui ont reproduit par mégarde un résultat déjà publié ne doivent pas voir leur manuscrit rejeté, mais doivent le retirer eux-mêmes, afin que cesse cette réputation de revues qui rejettent les textes. 

J'insiste un peu sur la question de la formation des scientifiques : tous les collègues n'ont pas eu la chance d'être formés dans de bons laboratoires, ou d'avoir su se former eux-mêmes, et les publications scientifiques (terminologie à préférer à "revue", pour des raisons expliquées dans mon article) ont donc un rôle de formation essentiel : les rapporteurs doivent pouvoir donner des conseils aux auteurs, afin que finalement, si ces conseils sont suivis bien évidemment, les manuscrits soumis soient acceptés. 

J'insiste aussi, dans mon article, pour observer que ni les auteurs ni les lecteurs ne doivent payer, dans toute cette affaire. 

Les lecteurs, d'une part, sont des contribuables, dont les contributions ont permis les travaux et les publications. 

Pour les auteurs, d'autre part, il y aurait un conflit d'intérêt à payer pour être publier, et c'est la brèche dans laquelle des "revues prédatrices" se sont engagées. 

Bref, c'est aujourd'hui le rôle des académies, des institutions de recherche, des universités, de prendre en charge les publications scientifiques, au lieu de les confier à des éditeurs privé, comme cela se faisait par le passé. Jadis et naguère, il y avait certainement le papier à payer, l'impression, la mise en page... Mais aujourd'hui, avec le numérique, tout a changé : plus de papier, plus d'impression ,une mise en page qui se fait quasi automatiquement, notamment quand les auteurs mettent en forme conformément à des modèles, des relecture qui sont faites par les rapporteurs, lesquels sont des collègues déjà rémunérés par ailleurs... 

Nous sommes donc dans un nouveau paradigme, et il est temps que l'on fasse disparaisse l'expression de "évaluation par des pairs" au profit de "analyse critique et conseils donnés aux auteurs". Vous lirez tout cela, et bien davantage dans : Hervé This, L'analyse critique des manuscrits et les conseils donnés aux auteurs. A propos des publications : Klebel et al., 2020, Stern and O'Shea, 2019; Sarabipour et al., 2019; Inrae, 2016. Notes Académiques de l'Académie d'agriculture, 2020, 2, 1-14.

Ce que vous trouverez ici : <a href="https://www.academie-agriculture.fr/publications/notes-academiques/lanalyse-critique-des-manuscrits-et-les-conseils-damelioration-donnes">https://www.academie-agriculture.fr/publications/notes-academiques/lanalyse-critique-des-manuscrits-et-les-conseils-damelioration-donnes</a>

Une nouvelle invention

 Très heureux :

J'ai fait hier une merveilleuse invention (une gourmandise absolue), que je viens d'expliquer à mon ami Pierre Gagnaire. Le nom donné est "crème à la Lehn", en l'honneur de mon autre ami Jean-Marie Lehn.
La recette à venir dans les prochaines semaines.

On n'a pas assez dit...

On n'a pas assez dit qu'un flan ou une crème anglaise sont... la même chose. 

En effet, dans les deux préparations, il y a un liquide (du lait) et de l'œuf que l'on chauffe. Dans les deux préparations, les proportions ne diffèrent pas : il y a 16 jaunes d'oeuf par litre d elait dans les crèmes anglaises,  ou  8 pour les crèmes anglaises allégées que l'on voit parfois aujourd'hui. Et, pour faire prendre un flan, tout est également possible à partir de 0,7 litre de liquide pour un œuf entier ; et plus on met d'oeufs, plus le flanc est pris fermement.

Mais alors pourquoi la différence entre les deux préparations ? 

Tout tient dans les conditions de la gélification. Pour un flan, on veut une gélification continue, avec un réseau de protéines qui se forme du haut en bas de la préparation, de gauche à droite, d'avant en arrière. En revanche, pour la crème anglaise, on ne veut que des grumeaux microscopiques, et plus ils seront petits, plus la consistance sera souple.
D'ailleurs, certains pâtissiers vont même jusqu'à passer la crème anglaise à travers un chinois : sans le savoir, ils divisent les micro(grumeaux en grumeaux encore plus petits. 

Il  y a là un phénomène que l'on transfère facilement aux yaourts et aux fromages :  quand on s'y prend bien, la coagulation laitière se fait de manière continue, et la consistance est régulière, lisse, prise ;  mais on peut vouloir aussi récupérer des agrégats très petits une consistance très souple.

Tout cela sera présenté en détail dans mon prochain livre à paraître en septembre aux éditions Odile Jacob : Invention culinaires/ gastronomie moléculaire

Ne cédons pas à la mauvaise rhétorique

Préparant un guide de la rédaction d'articles scientifiques, je fais (évidemment) ma bibliographie, et je trouve ce conseil : "Citer des publications du journal où vous publiez". Ne suivons surtout ce conseil scandaleux de malhonnêteté. C'est de la basse stratégie de communication, qui déroge aux bonnes pratiques de la citation. On ne doit pas citer des auteurs au hasard, mais bien plutôt parce qu'ils sont à l'origine des travaux ! 

Ceux qui ont donné ce pernicieux conseil ignorent-ils donc tout des règles de la profession de scientifique ? Ignorent-ils tout des consensus tels qu'énoncés par l'Association européenne pour les sciences chimiques et moléculaires (The European Association for Chemical and Molecular Sciences), qui a émis un “Ethical Guidelines for Publication in Journals and Reviews” (voir http://www.euchems.eu/publications.html), ou encore des règles (identiques) données par l'American Chemical Society, avec ses Ethical Guidelines to Publication of Chemical Research (http://pubs.acs.org/page/policy/ethics/index.html). 

Mais c'est de “On Being a Scientist: Responsible Conduct in Research”* que je tire ce conseil plus juste : "Researchers have a responsibility to search the literature thoroughly and to cite prior work accurately. Implied in this responsibility is that authors should strive to cite (and read) the original paper rather than (or in addition to) a more recent paper or review article that relies on the earlier article.“ *Committee on Science Engineering, and Public Policy; Institute of Medicine; Policy and Global Affairs; National Academy of Sciences; National Academy of Engineering. “On Being a Scientist: A Guide to Responsible Conduct in Research”: 3rd ed., Washington, DC, 2009.

Attention au curcuma !

 Depuis le temps que j'invite mes amis à faire attention : 

Des effets indésirables liés à la consommation de compléments alimentaires contenant du curcuma

Utilisé comme épice, le curcuma est une plante également présente dans de nombreux compléments alimentaires faisant valoir ses potentielles propriétés digestives, antioxydantes et anti-inflammatoires. A la suite de plusieurs signalements d’hépatites en Italie et en France, l’Anses alerte sur les risques d’effets indésirables liés à la consommation de compléments alimentaires contenant du curcuma.

 

Et plus ici : https://www.anses.fr/fr/content/des-effets-ind%C3%A9sirables-li%C3%A9s-%C3%A0-la-consommation-de-compl%C3%A9ments-alimentaires-contenant-du

 

 

Question à propos des steaks

 Un commentaire, ce matin, à propos de la cuisson d'un steak : 

La viande doit être saisie à feu vif mais combien de temps et à quelle température? Faut il maintenir le feu vif pendant toute la cuisson ? Sinon à quelle température ? Faut il régulièrement verser du beurre ( *nourir"))comme on voit dans certaines vidéos ?

 Cela est une excellente question, et je ne suis pas certain que l'on doive donner la réponse en termes de nombres. 

Pour la température, tout d'abord, il faut observer que les cuissons "lentes" ont une fumée blanche sans beaucoup d'odeur : la viande se contracte, expulse du jus qui s'accumule avant de s'évaporer, limitant la température à 100 °C sous la viande, alors qu'un feu "vif" fait augmenter considérablement la température, parce qu'elle évapore  immédiatement tout liquide qui sort... et la fumée a une apparence différente, et une odeur "cuite". 

Mais le décours éventuel de température permet des cuissons différentes. Si l'on a une cuisson à feu très vif pendant peu de temps, on aura un intérieur saignant et un  extérieur bien cuit ; si l'on a une cuisson à feu faible et peu de temps, on aura un intérieur saignant et un extérieur peu cuit ; si l'on a un feu vif et une longue cuisson, on aura une viande bien cuite ou à point, selon ce que l'on souhaite...

 Faut-il "nourrir" la viande avec du beurre ? Pourquoi pas, mais alors il vaut mieux du beurre clarifié, qui ne noircira pas, et, d'autre part, il faut savoir que cela n'a d'intérêt que pour des viandes coupées perpendiculairement aux fibres, pour lesquelles la contraction ferait apparaître des fissures où le beurre pourra s'introduire par capillarité (voir Mon histoire de cuisine, à ce propos). 

Une molécule est une molécule

Ce matin, plusieurs questions, mais en voici une en particulier, qui mérite un commentaire public : 

J'ai une question par rapport aux molécules synthétiques vs naturelles. Je sais que les propriétés physiques ainsi que l'odeur et le goût des molécules synthétiques vs naturelles sont identiques ex linalool synth vs naturel. Qu'en est-il de leurs activités biologiques et de leur propriétés toxicologiques ? Pouvez-vous me diriger vers des articles et références qui étudient cette question ?

 

 Ici, je sais d'expérience qu'il y a la question des mots, qui est source de confusions. 

Une molécule, c'est donc un tout petit objet, fait d'atomes de divers éléments, liés par des forces interatomiques (une sorte de pléonasme que cet adjectif). Les éléments considérés, ici, sont principalement le carbone, l'hydrogène et l'oxygène. Et pour ces trois éléments, les atomes sont faits d'un "noyau", assemblage de protons et de neutrons, avec autour des électrons, comme la terre autour du soleil. 

Les effets biologiques des molécules ? Une molécule a un effet si elle a un "récepteur", à savoir si l'organisme comporte une molécule agissant comme une serrure vis à vis de la molécule bioactive, qui est comme une clé. Et la disposition des atomes est donc très essentielle. Donc tout est simple, au premier ordre. Et une molécule est entièrement déterminée par ses atomes, leur disposition. 

Maintenant, il peut y avoir des effets qui sont au niveau du détail des détails. Par exemple, certains atomes d'hydrogène peuvent avoir dans leur noyau, en plus du proton, un neutron, et c'est ce que l'on désigne par "deutérium". Les propriétés chimiques sont quasi identiques, mais des outils de mesure très sensibles voient des différences... et c'est ainsi qu'une entreprise française d'analyse a fait son succès commercial en devenant capable de détecter du sucre ajouté dans les vins, pour des chaptalisations ou pour des fraudes. Mais, je le répète, c'est un détail au regard de la question posée. 

 

Maintenant, synthétique et naturel ? 

Une molécule naturelle, c'est une molécule qui se trouve dans la nature, fabriquée par les plantes ou par les animaux, voire par les éléments (la chaleur, la foudre, etc.). 

En revanche, une molécule synthétisée, c'est une molécule qui a été... synthétisée, à savoir qu'on a rassemblé des atomes d'une certaines façon pour faire la molécule. Et, évidemment, si l'on même les mêmes atomes organisés de la même façon, on obtient la même molécule, qui ira ouvrir les mêmes serrures ! 

Cela dit, on peut répondre plus subtilement que cela à la question de notre interlocuteur, parce que l'on peut synthétiser avec des niveaux de précision variés, parce que la question des "impuretés" est essentielle : les composés extraits de produits naturels ne sont pas accompagnés des mêmes "impuretés" que les produits de synthèse (parfois plus purs que les produits naturels). 

Par exemple, notre correspondant parle de linalol, qui est un composé odorant présent dans de nombreux végétaux. Parler du linalol au singulier, c'est une erreur, parce qu'il y a divers linalols, et que le (S)-(+)-linalol n'a pas la même odeur -donc pas les mêmes effets biologiques que le (R)-(-)-linalol. Mais une molécule d'un de ces deux linalols est une molécule de ce linalol-là, quoi qu'il arrive. Et la question "isotopique" précédente (l'hydrogène vs le deutérium) ne se pose pas, du point de vue de l'odeur. 

En revanche, quand on a un de ces deux linalols dans une matière végétale, elle n'est pas seule, et aucune plante n'a donc l'odeur de ce linalol particulier. 

Puis, si l'on extrait ce composé, il n'est plus "naturel", mais d'origine naturelle... et son extraction ne permet généralement pas de l'avoir pur ! De sorte qu'il y a des "impuretés"... et que ces impuretés peuvent être essentielle. 

C'est ainsi que le mélange des deux limonènes R et S n'a pas d'odeur quand il est fraîchement obtenu par distillation... et que cette odeur de Citrus n'apparaît qu'ensuite, sans doute due aux impuretés, plutôt qu'aux limonènes. 

Pour les composés de synthèse, il y a également des impuretés, qui résultent du procédé de préparation, et il n'est d'ailleurs pas dit que ces impuretés soient plus abondantes ou plus dangereuses, bien au contraire : les opérations de synthèse étant mieux contrôlées que les extractions (qui partent de mélanges complexes), il est possible qu'il y ait bien moins d'impuretés. 

Enfin, mon interlocuteur me parle d' "activités biologiques et propriétés toxicologiques" : amusant, car les effets toxicologiques sont des activités biologiques, non ? Car je fais l'hypothèse, vu les composés qu'il discute, que ce sont de toutes petites quantités de composés qui sont considérées ici, de sorte que l'on est bien dans le cadre des clés et des serrures, des composés bioactifs et de récepteurs. 

Là, les impuretés sont essentielles, car elles peuvent avoir des récepteurs, que les composés soient d'origine naturelle ou synthétisés, et quelqu'un qui fait bien son travail, d'extraction ou de synthèse, se préoccupe de cela. 

Mais finalement, une molécule est une molécule, n'est-ce pas ?