Je prends une leçon chaque fois que je relis un manuscrit dont je prépare la publication

Révisant un article, qui en est pourtant au deuxième aller-retour avec les rapporteurs, je m'efforce de faire très bien pour éviter de faire perdre du temps à mes collègues. Et je relis donc très soigneusement, très lentement...

Et je découvre que nous avons tous laissé dans le manuscrit de très nombreuses erreurs.

Pourtant nous avons lu attentivement, et à plusieurs puisque nous étions plusieurs auteurs.
Pourtant les deux rapporteurs et l'éditeur en charge du manuscrit ont été très soigneux, voire pointilleux.
Pourtant...

Je sais que je suis trop rapide, trop imprécis, trop brouillon, trop médiocre,  et j'en passe,  mais on ne peut pas me reprocher de ne pas vouloir faire de mon mieux.

D'autre part, je m'aperçois quand même que mes co-auteur n'ont pas fait mieux que moi.

En réalité, cela ne sert à rien de se lamenter et il faut surtout observer que, quel ce soit le texte, il reste des erreurs jusqu'à la publication et même après... malgré le travail collectif des auteurs, des rapporteurs, des éditeurs, des relecteurs de tout poil...

D'ailleurs, il ne faut pas trop s'en étonner,  car chaque signe d'un article est une possibilité de se tromper avec un minimum de 25 erreurs possibles par signe.
Et plus les textes sont longs, plus ils sont en réalité difficile à produire de ce simple point de vue comptable.
Un point de vue probabiliste qui ne vaut pas grand-chose mais qui donne un ordre de grandeur.

Pour en terminer là, je constate surtout que chaque relecture d'un manuscrit, écrit par moi ou par d'autres,  est une leçon que je prends, une invitation à être encore plus rigoureux, encore plus lent, encore plus précis, une invitation à relire et relire encore pour débusquer le plus d'erreurs possible.

Et une fois de plus, je remercie tous mes amis qui m'aident dans cette tâche difficile : co-auteurs, éditeurs, rapporteurs, collègues...
L'expression communauté scientifique mais pas rien.

Alors que des amis me félicitent de présider le jury du prix Marius Lavet, pour l'Alsace :

 

Je ne sais pas bien si je mérite d'être président du jury, mais il est exact que, depuis des décennies, je dis à la quasi totalité des étudiants qui me font l'honneur de venir me consulter qu'il faut absolument qu'ils quittent le nid douillet des institutions universitaires  pour aller contribuer au bien-être de nos communautés par leurs talents d'ingénieurs (je ne le dis pas, mais il faut être vraiment destiné à cela pour être scientifique - heureux les félés, car ils laissent passer la lumière).

Et je le dis publiquement : https://hervethis.blogspot.com/search?q=ing%C3%A9nieur

Qu'est-ce qu'une leçon ?

Qu'est-ce qu'une "leçon" ? Dépassons les idiosyncranies, oublions les acceptions que nous projetons, avec ou sans raison historique, et cherchons l'étymologie :  

lectio « cueillette; lecture, texte; choix » 

N'est-ce pas une belle chose ?

Une passionnante séance consacrée aux méthodes omiques

 Nous vous avons organisé hier, à l'Académie d'Agriculture, une séance publique consacrée aux méthodes dites "omiques". De quoi s'agit-il ?

Il s'agit d'abord... de dépasser les mots et de comprendre : depuis quelques décennies, ont été mises au point des méthodes d'analyse qui produisent des grands nombres de données et qu'il s'agit ensuite d'interpréter.

Je prends l'exemple toujours fascinant de ce type d'analyses qui consiste à partir d'une lame de microscope sur lesquels on a fixé une préparation ;  l'aide d'un laser très fin, on irradie chaque pixel, chaque élément d'image de cette lame.
De la sorte, on récupère des vapeurs qui emportent la matière de ces pixels, et l'on fait passer ces vapeurs dans un appareil d'analyse de type chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de  masse,  qui détermine quels sont les
composés présents.

C'est une merveilleuse prouesse technique car on part, pour les analyses,  de très petites quantités d'échantillons, d'une part. Mais, aussi, parce que l'on parvient à identifier des composés d'un mélange très complexe : imaginons que l'image était faite à partir d'une coupe d'un fragment d'un organe humain par exemple.

Bref, c'est très stimulant... mais la vraie question, quand j'ai découvert cette technique pour la première fois, lors de ma tournée de conférence Franqui, en Belgique, dans le laboratoire de chimie analytique de l'université de Liège, c'est que l'on produit un nombre considérable de résultats (certains parlent de "données", mais c'est un terme erroné), et qu'il faut savoir les traiter ! A l'époque, mes collègues belges, qui étaient les premiers à mettre en oeuvre cette analyse, m'avaient signalé qu'il n'y avait alors qu'une seule personne au monde capable de traiter les données : un jeune chercheur canadien qui les avait rejoints.

C'était il y a environ 20 ans et d'immense progrès ont été faits depuis : la méthode s'est généralisée, on a mis au point des algorithmes pour traiter automatiquement les résultats, et cetera.

Ce que je donne là est un exemple des techniques mises en œuvre pour l'analyse et cela concerne plutôt ce que l'on nomme le métabolome : la métabolomique est l'analyse
des métabolites.

À côté, il y a les méthodes génomiques, du génome, ou protéomiques, des protéines, et
qui sont une autre prouesse mais un peu antérieure : aujourd'hui, on peut séquencer un génome pour environ 100 euros et cela se fait de façon très routinière.

Mais là encore, il y a une foule de résultats qu'il faut traiter  et l'on comprend que pour les deux cas les méthodes de la bio-informatique se soient considérablement développées.

Au total, il y a donc un ensemble de techniques, analytique ou calculatoires (souvent statistiques) qui permettent d'obtenir des résultats tels ceux qui ont été montrés hier lors de la séance.

Par exemple, des collègues de l'UMR Sayfood, en relation avec toute une série de partenaires français, ont analysé les laits et les fromages AOP français pour comprendre les raisons des goûts très spécifiques des fromages, pour comprendre l'importance relative des différentes étapes des procédés de confection des fromages à partir du lait...

Nous avons également évoqué la fabrication des fins chocolat, pour lesquels un résultat important a été obtenu récemment : comprendre que la fermentation était  plus importante que la torréfaction  pour l'obtention de ces chocolats.

Nous avons également discuté les techniques statistiques, qui évoluent en vue d'une plus grande simplicité d'utilisation.

Bref,  c'était une séance passionnante et que l'on peut regarder en podcast à l'adresse de la chaîne Youtube de l'Académie de l'agriculture. Je vous invite à consulter : https://www.youtube.com/watch?v=HgL1hKrPGJo

La révolution des omiques

 Notre séance publique "la révolution des méthodes omiques (génomique, métabolomique, etc.), hier, à l'Académie d'agriculture de France, a été passionnante. Si vous l'avez manquée, vous pouvez la retrouver sur la chaîne Youtube de l'Académie : https://www.youtube.com/watch?v=HgL1hKrPGJo

Comment de bons professionnels de la cuisine en arrivent-ils à dire des choses manifestement fausses ?

Un de mes amis, cuisinier étoilé de grand talent, m'a dit un jour, avec beaucoup d'assurance, qu'il y aurait eu un 'point de succulence', un degré de cuisson parfait, pour chaque ingrédient, mais avec les années, j'ai compris qu'il n'en était rien et que le même ingrédient accompagné différemment devait être cuit différemment.

Ce même cuisinier, dans un de mes séminaires publics, nous a dit, toujours avec beaucoup d'assurance, que l'eau de cuisson des asperges pouvaient être salée considérablement sans que les asperges ne deviennent trop salées.
Mais un jour où il n'était pas présent au séminaire, nous avons fait l'expérience de mettre beaucoup de sel dans l'eau de cuisson des asperges... et elles sont sorties de la cuisson si salées qu'elles étaient immangeables.
D'ailleurs, il y avait une forte probabilité  que son indication soit fausse car on sait que les asperges, même quand elles sont égouttées après la cuisson, continuent de relâcher de l'eau (d'où les plats spéciaux pour les asperges), et elles le font parce que leur structure fibreuse leur permet aussi d'en absorber par le phénomène de capillarité, qui s'exerce chaque fois qu'il y a des fentes, des interstices tels que dans les asperges, les poireaux, etc.

Nous n'avons donc pas été étonné du résultat expérimental mais ce qui m'intéresse ici, c'est de savoir pourquoi cette personne, excellent cuisinier par ailleurs, a pu dire des choses aussi fausses que les deux que je viens de citer.

Je ne peux m'empêcher le rapprocher tout cela de l'introduction très fautive des livres de Michel Guérard, pour lesquelles la partie théorique est une élucubration complète.

Je ne peux m'empêcher de penser que parfois, les cuisiniers se reposent soit sur des théories ancestrales, transmise avec des applications techniques et jamais vérifiées, soit sur des écrivains qui font les livres à leur place et meublent leurs textes, sans aucune compétence ni technique ni scientifique, avec ce qu'il trouvent dans des livres plus anciens.

Car l'histoire des livres de cuisine est une éternelle répétition, recopie,  et l'on voit les mêmes textes repris de livres en livre de siècle en siècle.

Il y a donc le geste d'un côté, et la théorie de l'autre, théorie qui repose sur des idées anciennes, à des époques où la chimie, la physique et la biologie étaient très rudimentaires.

Par exemple, Joseph Favre, qui fit un extraordinaire Dictionnaire universel de cuisine pratique, donne la définition d'une émulsion telle que l'avait donnée Ambroise Paré en 1560, à peu de choses près.

Et il faut se souvenir qu'au moment de la cuisine classique, les chimistes n'avaient pas encore la notion moderne de molécule, confondant les mots atome, molécule, particule... Les physiciens, ne maîtrisaient encore ni la capillarité, ni l'osmose, et la microbiologie n'était pas née.

En 1825 encore, quand Brillat-Savarin publia sa remarquable fiction intitulée Physiologie du goût, qui fut ensuite citée et recopiée à l'infini, il évoqua notamment l' "osmazôme", qui avait été introduit par le chimiste Louis Jacques Thenard : pour ce dernier, c'était seulement, factuellement, un extrait obtenu par macération des viandes dans de l'éthanol (l'alcool absolu). Mais Brillat-Savarin qui était poète en fit "la partie succulente des viandes", oubliant que cet extrait n'était ni  constant, ni caractérisé, ni défini. À une observation factuelle faite en passant, il ajoutera de l'invention poétique, comme il y avait l'argument d'autorité, tout cela fut repris jusqu'à notre époque sans discussion.

Un autre exemple analogue est celui de  la chlorophylle : depuis le Moyen-Âge, les cuisiniers préparaient  le vert d'épinard, mais les chimistes français Caventou et  Pelletier introduisirent le mot chlorophylle pour désigner cette matière verte, et en commencer l'étude scientifique. Et il apparut peu après, avec les progrès de l'analyse chimique, que cette matière verte que les cuisiniers savaient parfaitement obtenir était en réalité un mélange de pigments de couleur variées :  jaunes, orange, rouges, verts, bleus...
On sait aujourd'hui que "la" chlorophylle n'existe pas, qu'il y a "des" chlorophylles, à savoir des particuliers qui, pour certains, sont présents dans le vert d'épinard, des composés bien définis, auxquels s'ajoutent d'autres composés de la famille des caroténoïdes pour former le vert d'épinard, ou le vert de persil, et cetera, toutes matières différentes selon leur origine et leur
extraction.
Pourtant, on entend encore parler de la chlorophylle et cela par des chefs triplement étoilés qui appuient leurs erreurs de tout le poids de leur autorité...  artistique, et pas scientifique : cela se nomme en quelque sorte de l'ultracrépidarianisme.

On a tort de se fier à des artistes pour des questions techniques, technologiques ou scientifique ; sauf exception, nos amis cuisiniers, n'ont généralement pas les compétences pour parler fiablement de ces matières et il y a lieu d'opérer une révolution qui les laissera bien plus sûrement discuter de questions artistiques pour lesquelles ils sont des maîtres incontestés.

Par anticipation, Martin Luther avait dénoncé la théorie phlogistique de Georg Stahl.

Stahl était alchimiste allemand qui avait proposé la théorie phlogistique, ou théorie du phlogiston, pour expliquer pourquoi les métaux calcinés dans l'air pèsent plus lourd que le métal initial : il avait imaginé que le feu leur enlèverait une matière nommée phlogiston dont la masse aurait été négative, de sorte que si on enlève une masse négative, c'est comme si on ajoutait une masse positive.

Le grand Lavoisier combattit cette théorie et montera que, lors de la calcination d'un métal dans l'air, l'oxygène se fixe sur le métal pour former un oxyde : la masse de l'oxygène s'ajoute à celle du métal.

Je trouve dans les Propos de table de Martin Luther une phrase amusante qui condamne Georges Stahl par anticipation, notamment quand Luther se moque de ceux qui cherchent "à  mesurer le vent à la cuillère ou à peser le feu sur une balance.

Je me demande s'il n'y a pas lieu de reconsidérer l'histoire de la théorie phlogistique à l'aune de cette expression qui était alors populaire.