Acides aminés, peptides, polypeptides, protéines, dont le gluten

Je reçois des questions : 

 

Si j'ai compris juste:

- peptides: de 2 à 10 acides aminés en chaînes, dans n'importe quel ordre, éventuellement plusieurs fois le même

- polypeptides: de 11 à ?, idem pour le reste

- protéines: à partir de 100, idem pour le reste

- gluten: composé de protéines de types gliadines (monomères) et gluténines (polymères)

Ma réponse est que cela n'est pas juste, et je vais donc expliquer pourquoi. 

1. Tout d'abord, il n'y a pas d'acides aminés dans les peptides, ni dans les polypeptides, ni dans les protéines. 

En effet, supposons que nous disposions de deux molécules d'acides aminés, identiques ou non, la réaction de "condensation" de ces deux molécules peut se faire de diverses façon, mais si elle forme une "liaison peptidique", engendrant un peptide, alors il y a des atomes qui sont perdus, de sorte que la molécule finale de peptide ne contient plus que des "résidus d'acides aminés", et pas des molécules d'acides aminés. 

J'ajoute que, quand on cherche une définition de chimie, rien ne vaut le Gold Book de l'Union internationale de chimie et des applications de la chimie : https://goldbook.iupac.org/. 

On y trouve : 

Peptides:  Amides derived from two or more amino carboxylic acid molecules (the same or different) by formation of a covalent bond from the carbonyl carbon of one to the nitrogen atom of another with formal loss of water. The term is usually applied to structures formed from α-amino acids, but it includes those derived from any amino carboxylic acid.
https://goldbook.iupac.org/terms/view/P04479

 

2.  Pour les polypeptides, la consultation de la même source indique :

Polypeptide :  Peptides containing ten or more amino acid residues.

C'est donc 10 la limite, pas 11.


3. Pour les protéines :

Naturally occurring and synthetic polypeptides having molecular weights greater than about 10000 (the limit is not precise).

Cette fois, la notion importante est l'origine "naturelle", et les masses molaires supérieures environ à 10 000.


4. Pour le gluten, il y a un piège avec le mot "monomère", parce que, en biologie, cela désigne autre chose qu'en chimie.

Pour la chimie, un polymère est un composé dont les molécules sont des répétitions de résidus identiques ou différents, liés chimiquement. Mais pour la biologie, il y a des protéines faites de plusieurs brins associés, et ces brins sont nommés monomères, alors que, chimiquement, ces brins sont des polymères : la biologie ferait bien de changer sa terminologie.

Et pour avoir plus d'informations récentes sur le gluten, rien ne vaut une consultation de bases de données scientifiques, la recherche de publications récentes, telles que

Peter R. Shewry and  Peter S. Bel. 2024. What do we really understand about wheat gluten structure and functionality?, Journal of Cereal Science 117 (2024) 103895.

Pourquoi "perdre du temps" ?

Alors que je sors d'un entretien avec des journalistes, je les laisse avec une question : à leur avis, pourquoi dois-je prendre du temps pour les recevoir ? 

Il s'agit en l'occurrence d'une émission de télévision et cela prend environ une matinée :  une matinée prise sur ma recherche, et une matinée de temps perdu pour mon travail scientifique. Pourquoi ? 

Pourquoi donc accepter de perdre tout ce temps ? 

 Là où j'ai réussi mon coup, c'est que ces journalistes ont hâtivement conclu que j'aimais beaucoup la vulgarisation.. mais ils ne savent pas qu'en réalité, ce n'est pas ce n'est pas là mon objectif et de ce fait, je répète que cette vulgarisation me fait "perdre du temps". 

Ce que ne savent pas ces personnes, c'est que, en 1980, j'ai décidé que mon action politique serait de contribuer à développer les Lumières, à diffuser des connaissances pour lutter contre les tyrannies, dans le véritable esprit de l'Encyclopédie,  de Denis Diderot et de ses amis encyclopédiste. 

Il s'agit de contribuer  à ce que nos concitoyens prennent des décisions éclairées et justes quand lesdites décisions engagent l'ensemble de nos communautés. 

Il s'agit au fond de lutter contre les tyrannies, contre les obscurantismes, il s'agit de dire des choses justes, produites par les travaux scientifiques. Il s'agit de lutter contre les complotistes. Il s'agit de permettre à nos enfants de grandir sans être empêtrés par cette pensée magique qui afflige tous les humains dès la naissance. 

Il s'agit de ne plus croire au aux êtres surnaturels qui auraient peuplé nos rivières, nos sources, nos nuages... 

Il s'agit de dépasser des théories simplistes et fausses telles celle du "phlogistique", qui avait cours avant que Lavoisier ne commence ses études. 

Il s'agit de distinguer les objets avec des mots justes, des mots justes qui permettent de mieux penser le monde, et notre action sur ce dernier. 

Il s'agit de combattre les peurs, il s'agit de combattre les superstitions, il s'agit surtout de bien faire comprendre à tous que les travaux scientifiques sont l'honneur de l'esprit humain. 

Il s'agit de faire comprendre que les sciences ont des applications didactiques, nous permettant de mieux nous situer dans le mondek mais aussi des applications techniques. Le bel exemple est celui du GPS qui n'aurait pas été possible sans la théorie de la relativité générale. 

 

Bref il y a lieu de militer politiquement et j'insiste sur le mot politiquement, pour orienter nos collectivités dans la bonne direction, en résistant à l'argent, au pouvoir, et cetera. 

Le grand physico-chimiste anglais Michael Faraday disait que la science rend aimable. Albert Einstein avait ajouté, dans un texte consacré au "temple de la science ", que la science compte   de tout : des gens honnêtes, des gens malhonnêtes, des gens gentils, des gens méchants, des gens de pouvoir, des gens d'argent, des sportifs, et cetera..  mais il n'y en a quelques-uns qui sont intéressés à la science pour ce qu'elle est vraiment, qui ont un intérêt intrinsèque à la recherche scientifique. 

Michael Faraday était de cela et au fond Albert Einstein aussi. Einstein reconnaissait que Max Planck était de ceux-là, et j'ai la chance de connaître plusieurs personnes qui sont également de ceux-là.  

 

Voilà tout ce que mes amis journalistes ne savaient pas, qu'ils n'ont pas deviné,  qu'ils n'ont pas compris.

Vive la chimie

Une journaliste intelligente, qui m'interroge à propos du prix Sonning que je vais recevoir bientôt, me demande pourquoi mes emails comporte cette mention "vive la chimie (cette science qui ne se confond pas avec ses applications) bien plus qu'hier et bien moins que demain". 

On pourrait avoir l'impression que si j'écris cela à l'attention de mes interlocuteurs, parce que je veux leur communiquer cette idée. C'est en partie vrai...

Mais c'est aussi une manière d'entretenir cette flamme précieuse que j'ai dans mon cœur. 

Oui, je fais de la chimie, du matin au soir, tous les jours de l'année sans relâche ;  j'aime beaucoup la chimie, passionnément la chimie, et c'est la raison pour laquelle je travaille ainsi. 

Mais il y a lieu de prendre un peu de temps pour savourer la chimie que nous faisons et avoir cette phrase devant les yeux, la "tendre" à mes amis, c'est d'avoir l'occasion d'en parler :  la preuve ! 

Des inconnus qui m'aborderaient sauraient que s'ils me parlent de chimie, ils ne seront pas rejetés et que, au contraire, je suis tout prêt à partager avec eux des moments de chimie. 

Qu'il s'agisse de la chimie science, de recherche scientifique ou qu'il s'agisse des résultats de la chimie, et il peut s'agir alors d'enseignement ou d'application. 

Dans la phrase qui se met automatiquement dans la signature de mes emails, je dis bien que la chimie ne se confond pas avec ses applications  :il y a de la chimie, d'une part, et des applications de la chimie, de l'autre. 

Ce n'est pas que je néglige les applications de la chimie, mais je veux dire simplement que ce n'est pas la même chose. Je veux aider mes amis à comprendre que ce n'est pas la même chose et notamment, que s'il n'y a pas de science (la chimie), il n'y aura que difficilement des applications. 

La science est si puissante que ses applications sont immédiates et nombreuses. Et ce ne sont pas aux chimistes à chercher les applications, mais à ceux qui s'intéressent aux applications. 

 

Il y a encore beaucoup plus, derrière cette phrase de ma signature automatique, mais ce serait trop long de développer dans un tel billet et je vous laisse imaginer ce qu'il peut y avoir derrière que je n'ai pas décrit.

Des dents qui rayent le parquet

Un phénomène amusant : alors que je crée une liste d'articles de gastronomie moléculaire et physique, j'envoie un message circulaire pour proposer aux collègues qui ont fait de tels articles de m'en donner les références afin que je les ajoute à la liste. 

Et presque aussitôt, je reçois toute une liste de textes qui n'ont pas grand-chose à voir avec notre discipline. Beaucoup sont des textes de technologie alimentaire assez classique, plutôt à vocation industrielle. 

Comme je ne sais pas me tenir, décidément, j'écris à mon interlocuteur que certains de ces textes n'ont rien à faire dans cette liste, et je vais jusqu'à lui demander pourquoi il les y a mis :  je suis bien intéressé par la réponse qui va m'arriver.

L'albumine ? Si vous entendez cela au singulier, c'est que votre interlocuteur est en retard d'un siècle !

J'entends à la fois un collègue et un cuisinier parler de "l'albumine", et autant je suis indulgent pour le cuisinier, autant je considère que mon collègue a tort, gravement, parce que s'il dit quelque chose de faux, il y a l'autorité qui accompagne sa profession qui vient enteriner une erreur. 

 

Expliquons cela en commençant par rappeler que le mot albumine a été introduit en français par François Quesnay, au 18e siècle. 

On désignait à l'époque la matière coagulante du blanc d'oeuf, par exemple, et il est vrai que si on laisse un blanc d'œuf sécher, l'eau du blanc d'oeuf s'évapore et il reste une feuille jaune et craquante qui est faite de ce qu'on nommait initialement (il y a plus d'un siècle) de l'albumine. 

 

Cette matière, quand elle est chauffée avec de l'eau est responsable de la coagulation. Et, à l'époque, les chimistes la caractérisaient en observant qu'elle putréfiait en formant de l'ammoniac : on sait aujourd'hui que, effectivement, cette matière contient de l'azote. 

Les chimistes, également, observaient que cette matière conduisait à un changement de couleur du sirop de violette, cette infusion de fleurs de violette dans l'eau qui a une couleur bleu violet et qui change de couleur en présence d'un composé basique : le sirop de violette est l'ancêtre de nos indicateurs colorés de laboratoire. 

 

Mais c'est là de l'histoire ancienne  : plus d'un siècle. Progressivement, on a découvert de l' "albumine" dans les végétaux, notamment les légumineuses : ce fut un tsunami intellectuel parce que l'on retrouvait la même matière dans le végétal et l'animal, qui semblaient être des règnes séparés. 

 

Puis on a découvert que ces albumines étaient en réalité des mélanges de nombreux composés distincts et c'est pour cette raison qu'en 1910, soit plus d'un siècle dans le passé, on a décidé que l'on nommerait ces composés des protéines. Et on en connaît de nombreuses sortes. Certaines protéines sont solubles dans l'eau et leurs molécules sont globulaires, comme un fil replié en pelote : ce sont les albumines. 

 

Oui, aujourd'hui le mot albumine désigne une catégorie de protéines et non plus ni une matière particulière, ni une protéine particulière. 

 

Certes il existe de l'ovalbumine,  pour une des albumines qui se trouve dans le blanc d'oeuf, ou de la sérum albumine pour des protéines de la catégorie des albumines qui se trouvent dans le sang. 

 

Mais il y a bien d'autres albumines, et je n'ai pas épuisé avec ces deux exemples la totalité d'entre elles. 

 

Parler aujourd'hui de l'albumine au singulier, c'est donc retarder de plus d'un siècle. 

 

Cela me semble grave que les cuisiniers utilisent des notions ainsi périmées parce que pensant mal ils ne pourront pas faire bien,  mais ce me semble encore plus grave qu'un collègue propage de telles erreurs. 

 

Disons-le pour terminer de façon positive :  la chimie a fini par découvrir qu'il existe de très nombreuses protéines différentes et certaines, certaines seulement, sont des albumines. La catégorie des albumines est une catégorie particulière de protéines. 

Est-ce clair ? Pour me faire des commentaires : icmg@agroparistech.fr

La vertu est sa propre récompense

 

Alors que je fais un travail pour une institution académique, le responsable du groupe m'envoie des remerciements publics. Et, aussitôt, je lui réponds en le remerciant pour cela, mais je   fais de même à son égard, puisque, au fond, lui aussi se dévoue pour notre institution académique. 

Mais passées de civilités, les témoignages d'amitié, je m'interroge... car faut-il me remercier de faire des choses que j'ai envie de faire ? 

Puisque il n'y a ni argent, ni pouvoir, ni réputation, ni rien à gagner, si je fais un travail, c'est parce que je considère moi-même qui doit être fait, que ce travail m'intéresse, m'importe et non pas parce que j'attends des remerciements ou des félicitations.
D'ailleurs, si la personne avec qui je correspondait fait le travail qu'elle fait, alors, là encore, il n'y a pas lieu d'envoyer des félicitations ni des remerciements. Mais pourquoi pas des témoignages d'amitié, bien sûr ? 

Autrement dit, j'y reviens, nous faisons échange civilités et d'amitiés, et cela est bien agréable mais jamais plus qu'à cette occasion je n'ai compris le sens de cette phrase merveilleuse selon laquelle la vertu est sa propre récompense. 

J'ajoute aussitôt que, en l'occurrence, le mot vertu est très usurpé,  puisqu'il s'agit simplement, très égoïstement, de faire un travail que j'ai envie de faire, que je juge utile et important. Si d'autres le reconnaissent comme utile, tant mieux, mais croyez-moi : je suis épouvantablement égoïste, en quelque sorte.

Des conseils à mes jeunes amis qui font des présentations orales

Sortant d'une soutenance orale, j'ai vu de nouveau les erreurs les plus classiques qui sont faites et qui révèlent un manque de méthode, lequel conduit à la fois à des erreurs et à une énergie gaspillée, beaucoup de temps perdu pour rien.

Commençons par dire qu'il ne faut absolument pas utiliser des masques, car ces derniers prennent du temps à faire, alors qu'ils introduisent des éléments insignifiants. Dans une présentation scientifique, c'est le sens qui compte et il n'y a pas lieu de faire des images comme cela se ferait dans un cadre artistique ; ne confondons pas les genres. 

D'autre part, simplifions la mise en page en ne conservant qu'une seule police de caractère et, surtout, en évitant d'écrire sur les diapositives des textes que personne n'aura le temps de lire et qui vont considérablement allonger la présentation... et faire dépasser le temps imparti. 

Surtout réduisons toutes les diapositives à un titre et à une image.
Pour le titre je n'ai pas besoin d'insister et pour l'image cela peut-être une photo, un graphe, un spectre, etc. Il peut y avoir quelques indications techniques, par exemple des conditions expérimentales, à côté de l'image, mais il ne doit pas y avoir de texte : le commentaire se limitera à expliquer l'image.

Les diapositives doivent tout être numérotées car c'est ainsi que l'on pourra ensuite organiser la discussion. 

Il doit y avoir des références, si possible en petits caractères et en pied de page. Et évidemment, le diaporama doit terminer par une liste de références. 

Ainsi, une présentation de 10 minutes se fait en 10 diapositives, une présentation de 20 minutes en 20 diapositives et cela ne prendra guère plus qu'une heure à produire. 

Je n'ai jamais vu, depuis que je suis dans la position de professeur,  de présentation orale d'étudiants qui puisse échapper aux quelques règles que je viens de donner et je m'étonne que nos amis  n'utilisent pas le document que j'ai donné ici : https://seafile.agroparistech.fr/f/279bd7998243480694b0/?dl=1