Conseils pour la rédaction d’un manuscrit de thèse : comment citer les mauvais articles 2/N

Dans un manuscrit de thèse, on ne cesse de citer des articles.

Dès l'introduction, la moindre phrase doit être validée, et elle ne peut l'être, à ce stade, que par référence à d'autres auteurs, qui l'ont validée expérimentalement. Puis, quand on analyse l'état de l'art, c'est évidemment le moment où les références à d'autres sont constantes. Là encore, une phrase, une ou plusieurs références.
Les Matériels & méthodes ? Les méthodes doivent être validées, ce qui impose de justifier nos choix. Les matériels ? De même.
Puis, lors des interprétations, lors des "discussions", il faut comparer ce qui est obtenu expérimentalement à ce que d'autres ont obtenu.

Bref, on cite sans cesse d'autres auteurs, et c'est d'ailleurs bon signe, parce que cela prouve (rappelons que nous sommes de ceux qui ont de bonnes pratiques et qui, de ce fait, ne citent que des articles qu'ils ont lus!) que l'on a beaucoup lu, donc beaucoup appris, ce qui est un des objectifs des travaux de thèse.

{{Oui mais}}

Oui, mais on garde en mémoire l'idée qui motive la citation d'une publication : on veut établir un fait. De sorte que les articles cités doivent être bons !
Comment, tous les articles publiés ne sont-ils pas bons ? Après tout, ils ont été évalués par des pairs, n'est-ce pas ? Oui, mais.... Oui, mais je sais, pour avoir être souvent rapporteurs, dans de grandes revues internationales, que ces dernières publient des manuscrits pour lesquels j'ai soulevé des objections factuelles désastreuses ! Je sais, pour faire soigneusement ma bibliographie, qu'une proportion notable de publications sont mauvaises. Je  me suis exprimé ailleurs, de sorte que je ne vais pas y revenir ici, mais je propose que nous nous contentions de l'idée selon laquelle beaucoup de publications sont mauvaises.

Ne pas les citer ? C'est s'exposer à ce l'on nous reproche justement de ne pas les avoir vues (et lues).
Les citer ? Donner leurs informations sans les critiquer, c'est devenir aussi mauvais qu'elles. Les critiquer ? il y a façon et façon de le faire, mais, en tout cas, il n'est pas interdit de signaler qu'une expérience n'a pas été répétée, ou bien qu'un temps de relaxation était trop court pour que l'on obtienne une donnée quantitative admissible, ou bien qu'une règle de bonne pratique n'a pas été appliquée : de la sorte, on ne "critique" pas, mais le fait d'être factuel est peut-être encore plus dévastateur.
En tout cas, il y a ce fait que le travail bibliographique vise non seulement faire le tour complet des publications, mais aussi à faire leur évaluation, avec notamment des confrontations et des synthèses. 

 La question la plus ennuyeuse, à propos des mauvaises publications, c'est de savoir quoi en faire. Imaginons une information transmise par une telle publication, fut-elle une information plausible. Pouvons-nous vraiment la reprendre pour nos raisonnements, sachant qu'il y a une probabilité qu'elle soit fausse ? C'est imprudent, risqué. Un de mes amis a vraiment raison de dire que "donnée mal acquise ne profite à personne" ! Les mauvaises publications sont une plaies, et les scientifiques paresseux sont bien plus nuisibles que de simples édredons. Ils n'ont qu'un mérite, que je trouve par analogie avec les philosophes qui nous proposent de tester notre bonne humeur avec de petites contrariétés : les mauvais articles sont des exercices de vigilance, et ils nous conduisent à approfondir nos recherches bibliographiques pour aller détruire les idées qu'ils propagent. Ce faisant, nous tomberons bien, un jour ou l'autre, sur des articles merveilleux !

On me parle de ma force de travail ?

La question de la force de travail ? En réalité, je n'ai aucun mérite : je fais un métier si merveilleux qu'il faut que ma famille et mes amis m'empêchent parfois de m'y livrer, car quand on me force à m'arrêter, je suis obligé de faire quelque que j'aime moins. Il faudrait donc que je sois masochiste pour cela.
Plus le temps passe, plus je suis émerveillé par la méthode scientifique, que je ne cesse de présenter, avec ces six étapes :
# 1. identifier un phénomène
# 2. le caractériser quantitativement
# 3. réunir les données en lois, c'est-à-dire en équations
# 4. induire des théories, en introduisant notions et concepts quantitativement compatibles avec l'ensemble des équations
# 5. déduire des conséquences testables de la théorie
# 6. tester quantitativement les conséquances théoriques
# Et ainsi de suite

Et puis, quand même : l'adéquation du monde aux équations, au point que, dans certains cas, on est à des dizaines décimales justes, c'est quand même fascinant, non ? Un Mystère auquel on n'a pas fini de penser, et que j'essaie de partager avec ceux qui me rejoignent au laboratoire.

La pâte à Strudel

En Alsace, c'est le Strudel, mais on trouve analogue ailleurs : avec la "croustade" en Pays de Cocagne, le pastis en Gascogne, et j'en passe : il s'agit d'une pâte très mince que l'on préparait naguère sur la table de la cuisine : à partir d'une petite boule de pâte, on abaisse, on abaisse, jusqu'à obtenir une nappe à travers laquelle on voit. Puis on dépose, par exemple, de la poudre d'amandes, des raisins secs gonflés au rhum et des pommes, avec beaucoup de cannelle, et l'on roule pour avoir autant de couches que possibles, toujours très minces. Quand on cuit (45 minutes à 200 degrés), on obtient... un dessert d'autant plus délicieux qu'on n'a pas oublié le beurre et le sucre !

Mais la question, c'est d'étendre la pâte !

Oui, étendre la pâte semble facile, mais faites l'expérience, et vous verrez qu'elle se crève rapidement, ruinant tous nos efforts. Bien sûr, il y a des "trucs", tel celui que j'ai recueilli dans une ferme du Lauragais, qui consiste, avant d'étendre à taper longuement sur la pâte à l'aide d'un rouleau à pâtisserie. Amusant, d'ailleurs, que ce conseil rejoigne une technique mise en oeuvre au Japon, pour des desserts de riz, pour le Nouvel An.
Et en pratique ? De mon expérience, ça n'a pas marché. Alors ?
Alors, j'ai eu la chance de n'avoir sous la main qu'une farine très mauvaise qualité, sans "gluten" (des protéines), et la pâte ne se tenait pas. Impossible dans ces conditions d'obtenir un réseau de gluten qui puisse se tenir quand on l'étale. Et, en corollaire, on conclut qu'il faut une farine plutôt de type 55 pour bien réussir la chose. Et, surtout, qu'il faut travailler beaucoup pour bien former ce réseau protéique. Je suppose que les coups de rouleau à pâtisserie visaient à renforcer le réseau de gluten... sauf qu'une bonne transformation du boulanger fait bien mieux l'effet : on étire, on replie, on étire, on replie, et l'on procède ainsi jusqu'à avoir une pâte très lisse.
D'autre part, il y a la question de la matière grasse : dans le Lauragais, on utilise la graisse de canard, mais ailleurs, de l'huile fonctionne très bien.
Enfin, il y a le repos de la pâte, qui semble important (mais à vérifier).
 
 Une recette

Bref, j'en suis au point suivant :
1. dans un saladier, mélanger 150 g de farine de type 55, 2 à 3 grosses cuillerées d'huile, et de l'eau jusqu'à ce que l'on ait une pâte à la limite du collant
2. la travailler beaucoup, comme dit précédemment
3. quand elle est très lisse, et qu'elle a pris du corps, on la fait reposer sous un linge (pour éviter un croûtage)
4. alors on place le pâton sur une surface légèrement farinée, et l'on étale, tout d'abord le plus possible au rouleau, puis ensuite à la main, jusqu'à ce que l'on voit à travers la pâte

 Pour un Strudel aux pommes et aux raisins, il reste alors à garnir avec poudre d'amandes, pommes coupées, raisins longuement gonflés dans le rhum, cannelle, beurre, sucre. On roule, puis on cuit sur une plaque, en sucrant  et beurrant la surface, avant d'ajouter encore un peu de cannelle. Au four à 205 degrés pendant 45 à 50 minutes.

A propos de vitamine : méfions-nous quand même

Je ne m'exprime pas, ici, mais je donne à mes amis des idées peut-être plus juste que celles qu'ils avaient peut-être.

C'est un des passages très intéressants d'un article scientifique dont la référence est Mol. Nutr. Food Res. 2005, 49, 131 – 158. DOI 10.1002/mnfr.200400078
Review : Molecular mechanisms of toxicity of important food-borne phytotoxins
Ivonne M. C. M. Rietjens 1 , Martijn J. Martena 2 , Marelle G. Boersma 1 , Wim Spiegelenberg 2 and Gerrit M. Alink 1

Dans le début de l'article, je vois des composés cancérogènes dans des consoudes ou d'autres plantes du même genre, par exemple, ce qui devrait pousser nos amis "cuisiniers herboristes", parfois mal conseillés, et en tout cas pas guidés par la tradition, à beaucoup de prudence.
Puis, je trouve un paragraphe sur le carotène bêta, présent dans les carottes :

"Dans les pays industrialisés, les fruits et les légumes apportent 1,7 à 3 mg/jour de caroténoïdes pro-vitamine A, avec le carotène bêta comme principal constituant  [35]. Les caroténoïdes, le type bêta et les autres, possèdent  des capacités antioxydantes et de capture des radicaux libres [36 – 39]. Toutefois des expérimentation avec le carotène bêta ont mis en évidence le meilleur exemple d'un risque inattendu lié à des quantités excessives de composés bioactifs des plantes. 
Ainsi, des des études d'épidémiologie observationnelles avaient indiqué que les régime riches en fruits et légumes riches en carotenoïdes, ainsi que des taux sériques élevés de carotène bêta sont associés à risque réduit de cancer du poumon [40 – 42]. Sur la base de ces observations, des tests interventionnels ont été effectués sur des volontaires sains, incluant des fumeurs, qui ont donc reçu des compléments alimentaires leur apportant du carotène bêta [43, 44]. On a alors observé non pas une diminution de l'incidence du cancer du poumon, mais une augmentation, chez les groupes de fumeurs. 
Et, de même, cet effet promoteur, plutôt que protecteur, a été observé chez des ouvriers exposés à de l'amiante  [43].
Plus récemment Baron et al. [45] ont observé un risque accru de cancer du colon chez les fumeurs de cigarette qui consommaient beaucoup de carotène  bêta."

Et voilà. Cela se passe de commentaires, n'est-ce pas ?

Se meubler l'esprit

Je viens de subir les litaniques "ah mon pauvre monsieur, tout va mal" d'une personne angoissée... et je me suis mal comporté : après une minute de ce régime, j'ai estimé que j'avais assez perdu mon temps, et j'ai mis fin à l'entretien. Cela n'est pas convivial, pas sociable, pas sympathique (au sens littéral du terme).
En réalité, cela ne date pas d'aujourd'hui que je déteste ces discussions de café du commerce, qui sont aussi inutiles que bêtes, et j'ai résolu, il y des décennies, de ne pas le supporter. Pourquoi ?
Parce que notre esprit est comme notre appartement, à savoir un lieu que l'on meuble. Chez soi, on décide la couleur des fauteuils, des couvertures, de la peinture des murs ; on choisit ce qui est affiché aux murs, et j'ajoute que ce n'est pas toujours une question d'argent, car en réalité il ne coûte pas plus cher d'avoir des murs blancs que jaune. Pour d'éventuels "tableaux", des reproductions d'une toile de Jérôme Bosch font tout aussi bien que l'oeuvre originale. Il s'agit surtout de décider ce que l'on se met sous les yeux, de ce que l'on veut voir.

Sur notre écran d'ordinateur, même question, et voici pourquoi il est si intéressant, pour comprendre autrui, de voir son écran.
Bref, "meubler" son environnement, de travail ou de vie, c'est décider de la vie que l'on veut mener.

Il en va de même avec notre  esprit, et j'aime assez voir telle lecture comparée à un tableau sur un mur. Si je lis des oeuvres intelligents, mon esprit brille intérieurement comme si l'on avait astiqué les cuivres. Et c'est d'ailleurs cet ensemble des informations que j'ai reçues - je préfère écrire : "décidé de recevoir"- qui fait mon environnement interne, qui me permet de m'y sentir bien. Certes, il me manque toujours une lecture, il me manque toujours de l'intelligence, mais j'ai bon espoir que du travail me permettra de
A contrario, écouter quelqu'un se plaindre des chiens écrasés, c'est se salir l'esprit.  Lire un livre minable, regarder une série lamentable, écouter une musique médiocre, c'est aussi se mettre dans l'esprit de la boue, des ordures, de la poussière. Tout ce que je souhaite éviter.

Bien sûr, nous savons que le monde est le monde, et il suffit de lire Aristophane pour s'apercevoir que la politique n'a guère changée, avec notre lot d'autoritaires et de malhonnêtes, de malfaisants, de fous, etc... mais il y a aussi les autres, les belles personnes, qui ont une sorte d'obligation morale, de faire rayonner autour d'eau du bel or, plutôt que de l'orviétan ou pire.
Mettons les belles personnes en avant, promouvons toutes celles et tous ceux dont la pensée élève l'esprit des autres.
Et bien sûr, fermons la porte et les fenêtres de nos esprits, afin de ne pas laisser entrer n'importe qui. J'ajoute que la métaphore s'arrête là : il n'est pas interdit d'être accueillant, mais de même que l'on dit qu'il était écrit à l'entrée de l'Académie, fondée à Athènes par Platon "Que nul n'entre s'il n'est géomètre", j'aurais tendance à proposer de n'ouvrir son esprit qu'à ceux qui ont décidé d'y apporter de quoi l'embellir.

A la réflexion, je crois que j'ai déjà évoqué cela, d'une autre façon, en parlant de politesse : la politesse, puisque cela consiste à se préoccuper du bien des autres, impose de filtrer nos lamentations et, bien plutôt, de préparer des bouquets de fleurs qui viendront égayer la demeure intérieure de nos interlocuteurs.

 N'est-ce pas ?

 Il y a beaucoup de choses à dire sur la rédaction des manuscrits de thèse, et je commence par le petit bout de  la lorgnette, si l'on peut dire. Un détail, donc, pourrait-on penser, mais on verra progressivement que cette discussion initiale sera suivie par d'autres, sur d'autres points importants ou ... importants : tout compte, quand on veut faire bien, et ce que je nommais un détail n'en est donc pas un. Et l'on comprend le "1/N" du titre : à ce stade, je fais le premier billet, mais je n'ai aucune idée du nombre de textes que je ferai.

Commençons donc avec la question des légendes des figures.

Les légendes ? Il est courant d'y voir un court titre, la discussion de l'image étant reléguée dans le texte, pas toujours proche de l'image... ce qui ne facilite donc pas la lecture.
Comment comprendre l'image ? Il faut une explication. Reléguer celle ci loin de la figure est une mauvaise solution... et c'est précisément pour avoir l'explication des images que l'on fait des légendes !
Conclusion : la légende doit dire ce que l'on doit voir. Et elle doit le dire pour tout autre que l'auteur,  le doctorant qui sait bien, lui, pourquoi l'image est intéressante. Nous, les lecteurs, qui ne sont pas spécialistes de la chose, n'en avons aucune idée. Et si nous en avions idée, cela prouverait que l'image est inutile, puisqu'elle n'apporterait pas d'information nouvelle.

 Considérons un cas précis : un graphique tel celui ci :

Il y a mille choses à dire, en se limitant à "décrire" ce que l'on voit... et cela est utile, car toute caractéristique du diagramme méritera d'être interprétée, ensuite, dans le texte.
Commençons par la description : bien sûr, il est question de temps et de masse de composée, mais quelle est l'expérience effectuée, pendant laquelle la masse de glucose a varié (ou pas) ? D'autre part, pourquoi ce pointillé à 20 min, et cette droite à 80 min ? Et puis pourquoi cette droite pointillée à 0,04 g ? Il y a des données de mesure, représentées par des croix, mais si l'on suppose que l'auteur a suivi les règles de bonnes pratiques, les incertitudes ou l'écart-type des trois répétitions est-il plus petit ou plus grand que les croix rouges ? Et puis, comment les données de mesures se répartissent-elles ? Bref, on a besoin d'apprendre à lire.
Puis, une fois que l'on comprend l'image, soit le milieu scientifique y reconnaît de l'ancien, de l'établi, une confirmation, donc ; soit on y voit du nouveau, ce qui permettra de justifier ses apports personnes ou de se mettre sur la piste d'interprétations originales... et cela pourra venir avec de plus longs développements dans le corps du texte.
On voit que l'on est loin d'un simple titre !

 Un dernier mot, sur un autre plan : ainsi définie, la légende qui se contente de décrire ne semble pas être le meilleur moyen de montrer de l'intelligence, ce qui est quand même l'objectif de chaque phrase que l'on pose dans le manuscrit de thèse... de sorte qu'il y a une réflexion à avoir pour ne pas faire quelque chose de "plat". Oui, dans une simple légende, il faut beaucoup d'étincelles, et cela ne s'obtient qu'au prix de beaucoup  de travail. Mon motto : le génie est le fruit du labeur.

Du sel ou du jus de citron dans les blancs en neige ?

C'est amusant de voir comment, bien souvent, nous nous focalisons sur des détails, au lieu de considérer le "premier ordre", le plus important.
Ainsi, à propos de blanc que l'on bat en neige.

Un ami me demande si le sel ou le jus de citron sont utiles "pour le blanc en neige". Pour le blanc en neige : que veut-il dire ? Pour la bonne réalisation d'un blanc en neige ? Pour l'obtention de plus de mousse ? Pour la tenue ? Pour éviter le grainage ?

Renseignement pris, je m'aperçois qu'il n'avait guère d'idée claire, à ce propos, et il me répond "pour le volume". Là, je suis en mesure de lui dire que nos expériences n'ont pas montré de différence de volume, ni avec le sel ni avec le jus de citron... et pour cause : au premier ordre, la question de faire un blanc en neige revient à celle d'accumuler des bulles d'air dans un liquide. Le volume final est limité par la quantité d'eau présente... et c'est cette analyse qui m'a permis de battre le record du monde du plus gros volume de blanc en neige à partir d'un seul blanc, soit plus de 40 litres, parce que j'ajoutais de l'eau chaque fois que le blanc était bien ferme.
Avec le sel, la quantité d'eau ne change pas. Avec le jus de citron, elle ne change notablement que si l'on ajoute beaucoup de jus de citron. Dans les deux cas, on se moque en réalité un peu de l'état des protéines, car ce n'est pas le facteur limitant.

Mon ami, à cette réponse, change de questionnement, et m'interroge sur la tenue des blancs en neige. Et je lui demande pourquoi, sachant que la tenue est en réalité assez bonne. Il me cite alors la confection de meringues... mais il ignore alors l'expérience qui consiste à diviser un blanc en neige en deux moitiés, à ajouter du sucre dans une seule des moitiés, et à battre autant, à nouveau, les deux moitiés : on voit que les bulles du blanc sucré sont bien plus petites que les bulles de l'autre moitié, non sucrée, et donc la tenue est bien supérieure avec du sucre, sans qu'il soit besoin d'invoquer l'effet du sel, ou du jus de citron, ou du cuivre.

A nouveau, la leçon est : regardons les choses au premier ordre !