Bonne pratique : la conservation des données

J'ai déjà évoqué la question de la conservation des données, mais j'y reviens, parce que trouve le livre Responsible Science (vol 1, 1992), de l'Académie américaine des sciences. Voici ce que j'y lis (je traduis) : 

De nombreux laboratoires gardent habituellement les données primaires pendant une période déterminée (3 à 5 ans) après qu'elles ont été obtenues. Les données qui sont à l'appui des publications sont généralement conservées pendant une période plus longue que celles qui ont déjà fait l'objet  de résultats rapportés. Certains laboratoires de recherche considèrent qu'ils sont propriétaires des données et des cahiers de laboratoires. D'autres considèrent que c'est la responsabilité des individus qui ont obtenu les résultats d'en assurer la conservation, qu'ils soient ou non dans le laboratoire où ils ont obtenu les données.

Cette idée est générale, et pas propre à la science faite aux Etats-Unis : c'est une bonne pratique de conserver les résultats de recherche (échantillons, spectres, cahiers de laboratoire) pendant une période "raisonnable", tout comme c'est une bonne pratique de bien conserver des traces de tous les travaux effectués, surtout pour les résultats publiés ou qui sont la base d'autres travaux.
Evidemment, il faut exercer son jugement : il n'est pas utile de conserver des échantillons qui se dégradent, par exemple, et ce n'est pas le peine se conserver des produits qui seront jetés par nos successeurs ! Inversement, je peux témoigner d'avoir eu en main des échantillons de composés préparés par Louis Pasteur ou son élève Jungfleisch, et ils étaient très intéressants... car un siècle après, on a pu voir des témoins historiques. Certes, c'est un peu du fétichisme, mais ne conserve-t-on pas les cathédrales, ou la Tour Eiffel ? Ou des incunables ?

Dépassons les sentiments, et considérons surtout l'avancée des sciences. Nous devons pouvoir justifier que les résultats que nous pensons avoir obtenus (je parle aussi bien des résultats que des interprétations) sont tels que nous le disons. A qui présenter cette justification ? A nous-mêmes, tout d'abord, puis à des rapporteurs, d'article, de thèse, par exemple, Non pas que l'on nous croie pas, mais surtout parce qu'il peut y avoir des interprétations différentes d'un même résultat. Et c'est ce qui peut pousser à reprendre des échantillons pour les réanalyser.
D'ailleurs, il arrive que nous ayons envie de ré-analyser des échantillons que nous avons conservés, parce que nous pouvons y voir ultérieurement autre chose que ce que nous avions vu initialement, à l'aide d'idées théoriques préliminaires.

Bref, il ne faut pas être trop rapides dans les "rangements", et c'est un "postulat, pour notre groupe de recherche, que de garder tous les échantillons. Tous !

Un autre enseignant remarquable des Hautes Etudes du Goût

Voila quelques mois, j'avais commencé à vous vanter les mérites des enseignants de l'Institut des Hautes Etudes du Goût, de la Gastronomie et des Arts de la Table ().
Semaine après semaine, je vous ai présenté quelques uns de mes merveilleux collègues, et puis, le temps a passé...

Mais nous sommes loin d'avoir fait le tour de nos enseignants, et, aujourd'hui, je suis heureux de vous signaler que mon confrère Jean-Christophe Augustin, à l'Académie d'agriculture de France, a accepté de participer à nos enseignements :

Jean-Christophe Augustin est professeur à l'Ecole Nationale Vétérinaire d’Alfort, dans l'Unité Pédagogique d’hygiène, qualité et sécurité des aliments.


Il est responsable du module « microbiologie des aliments » du Certificat d’Etudes Approfondies Vétérinaires, Spécialité « Gestion de la sécurité et de la qualité des denrées alimentaires » et du diplôme d’école « Maîtrise de la sécurité sanitaire des aliments ».


Il est expert à l'ANSES (Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l'Alimentation).


Il est l'auteur de nombreuses publications d'enseignement et de communications scientifiques.

prix de l'information de l'Académie d'agriculture de France

L'Académie d'agriculture de France vient de créer un  Prix de l'information, qui sera décerné chaque année à compter de 2018.
Il pourra concerner la presse écrite, les émissions de radio ou de télévision, les sites Internet ou les blogs, sur des supports classiques ou numériques.
Avec ce Prix, l'Académie d'agriculture de France souhaite mettre à l'honneur, dans ses champs de compétence, des travaux journalistiques remarquables et encourager les journalistes à prendre en compte les enjeux du développement de demain.

Elle souhaite ainsi récompenser l'esprit critique et la rationalité plus que jamais nécessaires au débat public.

Vous trouverez plus d’informations sur ce Prix en cliquant sur l’un des deux liens suivants :

http://www.academie-agriculture.fr/actualites/academie/un-prix-de-linformation-scientifique-destination-du-public-sera-desormais

http://www.academie-agriculture.fr/presse

A vos candidatures  !

Les bonnes pratiques en science : l'accès aux données

Il est amusant de voir comment la même idée peut facilement verser du côté sombre ou du côté clair. Et l'évocation de ces deux côtés doit faire  immanquablement penser à l'opposition  éternelle que décrivait déjà François Rabelais, entre la jovialité et le pisse vinaigre, ou encore Jorge Luis Borges, entre l'envie blanche (qui construit) et l'envie noire (qui détruit ce que l'on n'a pas). On devine  évidemment de quel côté je me range !

Ces réflexions me viennent alors que je relis {Responsible Science}, vol 1, 1992, publié par l'académie américaine des sciences. Le texte est tout lassant de moralisation : il faut faire de la science raisonnable, il ne faut pas, il ne faut pas, il ne faut pas...
Ces gens croient-ils que l'on suscite ainsi beaucoup d'enthousiasme ? beaucoup d'envie de bien faire ?
Par exemple,  je lis :   

Refusing to give peers reasonable access to unique research materials or data that support published papers;

Il s'agit là de dénoncer une mauvaise pratique. Dénoncer, mauvaise... Si l'on proposait plutôt de faire de la science merveilleuse, cela ne serait-il pas plus attrayant ? Je maintiens que l'on fera alors mieux. Pourquoi ne transformons-nous pas aussitôt le paragraphe précédent en :

C'est une bonne pratique que de proposer à tous (notamment les pairs) un accès très large aux échantillons ou aux données qui soutiennent les articles publiés : n'ayant rien à cacher, puisque nous œuvrons avec honnêteté et passion, nous qui avons été aidés par nos prédécesseurs pouvons contribuer à l'avancement des sciences en proposant à nos amis de prolonger nos propres travaux.

Cela n'est-il pas plus "lumineux" ? Michael Faraday était un être merveilleux, comme le prouve son "la science rend aimable". Suivons Faraday !

Le mot du jour : indulgence !

INDULGENCE, subst. fém.

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INDULGENCE, subst. fém.
A. Attitude ou caractère d'une personne qui excuse, pardonne les fautes d'autrui, qui n'est pas sévère, qui s'abstient de punir ou punit avec peu de sévérité. Synon. bienveillance, bonté, clémence, compréhension, mansuétude, miséricorde, tolérance; anton. dureté, rigueur, sévérité. Indulgence d'un regard, d'un sourire, d'un verdict. Je crois à un dieu d'indulgence et de miséricorde; le dieu de vengeance est mort et ne renaîtra plus (DU CAMP, Mém. suic., 1853, p. 236). Il s'obstinait à nier tout, le vol et sa qualité de forçat. Un aveu (...) eût mieux valu, à coup sûr, et lui eût concilié l'indulgence de ses juges (HUGO, Misér., t. 1, 1862, p. 326). On n'avait eu aucune indulgence pour ses plus légères peccadilles (ROY, Bonheur occas., 1945, p. 248) :

1. La direction jésuite n'est point sévère, elle n'a pas la dureté que lui prête le préjugé populaire : elle est plutôt faite à l'image du gouvernement romain, de ce gouvernement généralement doux, un gouvernement d'indulgence presque paternelle et de facile absolution pour les fautes qui ne s'attaquent pas à son principe...
GONCOURT, Mme Gervaisais, 1869, p. 189.

P. méton. Manifestation de cette attitude. Des rires et des indulgences pour les fautes du mari et des sévérités pour les peccadilles de la femme (GONCOURT, Journal, 1895, p. 865).
B. RELIG. (CATH.)
1. Rémission totale (indulgence plénière) ou partielle (indulgence partielle) des peines temporelles dues aux péchés déjà pardonnés, accordée par l'Église. Gagner des indulgences. Le promeneur qui, au pied du calvaire, dit un Pater et un Ave, a droit à quarante jours d'indulgences (RENARD, Journal, 1906, p. 1070). Avec quelle douceur je parlai en prêtre à cette âme si bien disposée, lui donnai l'absolution et lui appliquai l'indulgence plénière à l'article de la mort! (BILLY, Introïbo, 1939, p. 196) :

2. Quand on a cherché quelles causes avaient déterminé ce grand événement, les adversaires de la Réforme l'ont imputée à des accidens, à des malheurs dans le cours de la civilisation, à ce que, par exemple, la vente des indulgences avait été confiée aux Dominicains, ce qui avait rendu les Augustins jaloux; Luther était un Augustin, donc c'était là le motif déterminant de la Réforme.
GUIZOT, Hist. civilisation, leçon 12, 1828, p. 16.

Loc. fig. et fam., vieilli. Gagner, mériter les/des indulgences (plénières). Accomplir quelque chose de pénible, de difficile ou de désagréable. Vous avez mérité des indulgences par votre empressement (Ac. 1835, 1878).
HIST. L'affaire, la querelle des indulgences. Conflit religieux au début du XVI^e siècle, né de l'abus avec lequel étaient accordées ou prêchées les indulgences, et qui conduisit à la crise de la Réforme. De l'affaire des indulgences à la rupture avec Rome (Hist. des relig., t. 2, 1972, p. 918 [Encyclop. de la Pléiade]).
2. P. méton., au sing. Démarche de foi (pèlerinage, prière) qui entraîne cette rémission. Indulgence du chemin de la Croix, de la Terre sainte. L'indulgence de croisade avait longtemps dû son prestige à ce qu'elle était la seule indulgence plénière; de même à son tour l'indulgence du jubilé (E. DELARUELLE, E.-R. LABANDE, P. OURLIAC, L'Église au temps du grand schisme et de la crise conciliaire, Paris, Bloud et Gay, 1964, p. 815).
REM. Indulgencier, verbe trans. a) Relig. (cath.). Attacher une indulgence à un acte, à un objet de piété, à une pratique pieuse. Indulgencier un chapelet (Ac. 1935). Part. passé en emploi adj. Médaille indulgenciée. Son chapelet d'or indulgencié (BOREL, Champavert, 1833, p. 49). b) Rare. Faire preuve d'indulgence envers quelqu'un. Synon. excuser, pardonner. Lockroy disait que toutes les accusations portées contre Baüer, toutes étaient vraies, mais qu'on avait voulu l'indulgencier (GONCOURT, Journal, 1888, p. 766). Nous avons affaire à un féministe convaincu, et disons-le bienvaillant. S'il rend pleine justice aux trente beautés d'Hélène ou de Bellotte, en séance, ses clémences n'en savent pas moins indulgencier jusqu'à Laideronnette (MONTESQUIOU, P. Helleu, 1913, p. 40).
Prononc. et Orth. : []. Att. ds Ac. dep. 1694. Étymol. et Hist. 1. Fin XII^e s. « pardon (cont. relig.) » (Sermons de S. Bernard, 106, 32 ds T.-L. : ensi cum li pechiet habondent, habonst assi li indulgence); spéc. 1268, relig. cath. « remise accordée par l'Église de la peine temporelle due aux péchés; acte accordant cette rémission » (Lettre ds G. ESPINAS, Vie urbaine de Douai au Moy. Age, t. 3, p. 383 : jou renonce... à toutes indulgences... à toutes lettres impetrées... d'apostoile ou de legat); 2. 1606 « facilité à excuser, à pardonner » lang. commune (NICOT). Empr. au lat indulgentia « bienveillance, complaisance » à l'époque class.; « remise d'une peine, pardon » en b. lat.; « pardon des péchés » en lat. chrét., spéc. « remise de la peine due au péché » à l'époque médiév. (XI^e s., plur. ds BLAISE Latin. Med. Aev.). Fréq. abs. littér. : 1 400. Fréq. rel. littér. : XIX^e s. : a) 2 561, b) 1 413; XX^e s. : a) 1 752, b) 1 956.

Intégrité et théorisation

Quelles sont les valeurs de la science ? L'objectif est partagé : chercher les mécanismes des phénomènes. Et, pour cela, aucune malhonnêteté n'est possible. Par exemple, inventer des données qui n'existent pas est idiot, parce que c'est un acte social et qui ne rapproche pas de l'objectif. Ou bien encore plagier : ce n'est pas ainsi que l'on se rapproche de l'objectif. Utiliser des méthodes inappropriées ou désuètes ? Là encore, ce n'est pas faire ce que l'on désire, donc c'est idiot. Bref, vu l'objectif, qui n'est pas social, ce n'est pas étonnant que la loyauté la plus grande soit de mise.

Loyauté ? Intégrité ?
Loyauté ? Fidélité manifestée par la conduite aux engagements pris, au respect des règles de l'honneur et de la probité.
Probité ? Droiture qui porte à respecter le bien d'autrui, à observer les droits et les devoirs de la justice.
Honneur ? Principe moral d'action qui porte une personne à avoir une conduite conforme (quant à la probité, à la vertu, au courage) à une norme sociale et qui lui permette de jouir de l'estime d'autrui et de garder le droit à sa dignité morale.
 Intégrité ?  Caractère, qualité d'une personne intègre, incorruptible, dont la conduite et les actes sont irréprochables.

Je propose de méditer ces quatre termes, en relation avec les sciences de la nature, mais voici comment le physicien américain Richard Feynman a décrit l'approche informelle de communication des principes de base des sciences en 1974, lors de son discours à l'Institut de technologie de Californie (Feynman, 1985, 311-312):

 "Il y a une idée que nous espérons tous que vous avez appris, lors des cours de science à l'école  -nous n'avons jamais explicitement dit ce que c'est, mais nous avons seulement espéré que vous la trouveriez à partir de tous les exemples de recherche scientifique... C'est une sorte d'intégrité scientifique, un principe de pensée scientifique qui correspond à une sorte d'honnêteté extrême - une sorte de fondation absolue. Par exemple, si vous faite une expérience, vous devez rapport tout ce que vous pensez qui peut la rendre invalide - et pas seulement ce que vous pensez qui va bien ; vous devez évoquer d'autres causes qui pourraient expliquer vos résultats différemment de la façon dont vous croyez devoir le faire ; et vous devez évoquer des choses que vous pensez que vous avez éliminé lors d'autres expérience, afin que personne ne puisse dire que vous les avez éliminées.
Il faut donner des détails qui pourraient faire douter de votre interprétation, si vous en avez. Vous devez vous efforcer d'expliquer tout ce qui pourrait être une cause d'erreur de votre part. Si vous faites une théorie, par exemple, et si vous la publiez, vous devez rassembler tous les faits qui vont à son encontre, à coté des faits qui la supportent. En résumé, l'idée est d'essayer de donner toutes les informations qui aideront les autres à évaluer votre contribution, et non pas seulement l'information qui pousse le jugement dans une seule direction".

Les sciences cherchent moins la "vérité" qu'une description mécanistique et rationnelle du monde.

Dans un texte de 2010, l'académie américaine des sciences commence par citer Albert Einstein : "The right to search for truth implies also a duty; one must not conceal any part of what one has recognized to be true" [le droit de chercher la vérité impose aussi un devoir : on ne doit cacher aucun élément de ce qui a été reconnu comme vrai].Cette phrase est écrite sur la statue d'Albert Einstein qui se trouve en face de l'immeuble de l'académie, à Washington. Et l'académie  d'ajouter que la recherche de la vérité serait la vocation de tout scientifique, une vocation qui pousserait à rechercher des idées excitante parce que nouvelles, donc controversées, qui pousserait à s'engager à des échanges éventuellement critiques avec nos collègues, etc.

Pourtant, je suis désolé de ne pas être d'accord avec Einstein ou avec l'académie américaine des sciences, mais je crois qu'ils ont tort de parler de vérité. Je sais évidement une bonne partie de ce qui a été dit et écrit à ce sujet, mais je propose une vision qui se fonde sur l'idée suivante : les sciences de la nature cherchent les mécanismes des phénomènes, par une méthode qui comprend :
- l'identification desdits phénomènes
- leur caractérisation quantitative
- la réunion des données de mesure en "lois" (entendons équations) synthétiques
- par induction, la constitution de "théories" ou "modèles", qui identifient des notions et concepts nouveaux, quantitativement compatibles avec les lois
- la recherche de conséquences des théories
- le test expérimental de ces conséquences théoriques, en vue de réfuter les théories ainsi établies, ce qui a pour objectif de les "améliorer", c'est-à-dire d'en trouver de nouvelles, qui décrivent mieux (mais jamais parfaitement) les phénomènes.
On le voit : aucune place pour la "vérité", ici, ce qui tombe bien, car les termes trop compliqués sont toujours l'occasion de se demander s'ils désignent des objets bien identifiés.

Oui, je crois que ce serait bon que les sciences de la nature cessent de parler de "vérité", pour parler seulement d'adéquation des théories aux faits expérimentaux. Un peu de modestie : puisque les "lois" sont induites, et non déduites, nous ne pouvons pas être certains qu'elles s'appliquent dans tous les cas où elles n'ont pas été vérifiées, et, d'autre part, nous devons répéter qu'un modèle réduit de la réalité (les théories) n'est pas la réalité. Ainsi, nous ne pouvons que réfuter nos théories, et jamais les démontrer (les démonstrations sont pour les mathématiciens, pas pour les physiciens).