Je ne mets pas le doigt entre l'arbre et l'écorce.

 L'auteur d'un manuscrit soumis à une revue dont je m'occupe me demande des conseils pour répondre à l'éditeur qui était en charge de son manuscrit, et qui a retransmis les rapports des deux rapporteurs.

Non seulement, c'est un texte qui évoque des questions pour lesquelles je suis incompétentent, mais il y a surtout une question de principe, et je viens de lui répondre :

Pardonne moi, mais je suis parfaitement incapable de répondre à ta question, et surtout parce que je ne dois pas me mêler de ces questions, qui se font entre les auteurs, d'une part, et l'éditeur en charge, puis les rapporteurs, d'autre part.
La règle est que s'établisse un dialogue qui conduira à des améliorations du manuscrit, jusqu'au point où l'éditeur et les rapporteurs seront satisfaits des réponses des auteurs, que ces réponses aient été implémentées ou non ; dans le cas où des changements demandés ne seraient pas faits, les auteurs doivent convaincre l'éditeur+rapporteurs qu'il y a lieu de ne pas les faire.

Cela étant, à titre personnel et amical, maintenant, et sans que cela n'engage la revue, je suis de ceux qui considèrent que :
1. tout "signalement" par un lecteur est symptomatique, et d'autres lecteurs "buteront" au même endroit
2. les solutions proposées par les lecteurs ne sont pas toujours judicieuses, mais alors il revient aux auteurs de faire des changements pertinents qui permettront que les lecteurs ne buteront plus au même endroit
3. pour mes propres textes, je vois toujours chaque occasion de changer comme une impulsion pour le faire, et faire mieux que ce que j'avais fait initialement, conformément au (bon) principe que j'offre à mes étudiants : "Tout ce qui est  humain est imparfait ; ne soyons pas paresseux, et cherchons des améliorations", ce que j'hybride à la recommandation de Chevreul : "Il faut tendre avec efforts vers l’infaillibilité sans y prétendre".
4. et progressivement, toujours pour ma seule propre gouverne, je me mets à aimer les demandes de "modifications majeures", parce que je sais trop les textes coincés dans des "minima locaux", dont je sais que je dois sortir pour bien améliorer.
5. enfin, je suis heureux de te donner le texte joint, que je diffuse très largement depuis qu'il est paru.

Pardon de ne pouvoir te conseiller plus spécifiquement, mais tu sais mon incompétence pour tout ce qui est extérieur à la chimie physique ! Sutor non supra crepidam (cordonnier ne juge pas plus haut que la chaussure), chemicus non supra cucurbitam (chimiste ne juge pas plus haut que la cornue).