Manuscrits retirés, articles publiés

Je m'étonne de voir certaines revues qui se disent "scientifiques" publier des articles dont les manuscrits qui ont été soumis à des revues scientifiques dont je m'occupe, et pour lesquels les rapporteurs ont fait des remarques pertinentes dont il n'est tenu aucun compte dans les publications que je vois paraître.

Le cas s'est hélas produit plusieurs fois, avec toujours le même mécanisme :
1. un manuscrit est soumis,
2. il est envoyé (de façon anonyme) à des rapporteurs qui font des commentaires et appellent des corrections du manuscrit (parfois, il y a lieu de corriger des erreurs graces, comme par exemple quand des auteurs confondent de la toxicité et de l'immunité);
3. les auteurs font une première révision du manuscrit
4. cette révision est envoyée aux rapporteurs, qui dépistent des corrections encore bien insuffisantes;
5. et les auteurs retirent leur manuscrit et le publient sans rien modifier de plus dans une autre revue minable,  qui accepte le texte tel qu'il est, avec ses fautes, ses erreurs, ses insuffisances.

Il y a là une très mauvaise pratique, à la fois pour les auteurs et pour les revues qui publient finalement les articles fautifs.

Il faut dénoncer de telles revues, et sans doute écrire pour commenter négativement les articles qu'elles publient.  

Bien sûr, il n'est jamais agréable d'avoir à fournir un travail supplémentaire après la production d'un manuscrit, ce qui demande beaucoup de temps et d'énergie, mais l'objectif des textes n'est-il pas de produire des résultats de qualité ?

Personnellement, je suis très reconnaissant aux rapporteurs qui m'aident, qui m'aident à comprendre, qui m'aident à apprendre, et quand les rapports sont bien fait, c'est un véritable atout pour la qualité finale des publications.

On ne dira jamais que  l'évaluation par les pairs, bien conduite, est une pratique merveilleuse de notre communauté scientifique.

Pourquoi la formulation odorante est une activité difficile

Je ne compte plus le nombre de messages que je reçois de personnes qui croient qu'une analyse d'une odeur par chromatographie en phase gazeuse suivi de spectrométrie de masse permet ensuite, facilement, de reconstruire l'odeur analysée.

Expliquons pourquoi cela est une compétence merveilleuse, que l'on n'acquiert pas d'un claquement de doigt, même si elle n'est pas inaccessible.

Signalons d'abord qu'une odeur résulte de la fixation de molécules odorantes sur les récepteurs olfactifs dans du nez.
Quand on hume une fleur, par exemple, on ne le voit pas, mais des molécules variées, et très nombreuses (des milliards de milliards)  s'évaporent de la fleur, et quand l'air qui les porte arrive dans le nez, certaines d'entre elles peuvent être "perçues", à savoir que ce sont comme des clés qui vont activer des molécules du nez (des "récepteurs") : quand une clé trouve la serrure qui va bien, alors un message électrique est envoyé au cerveau, et nous sentons quelque chose.

L'odeur de la fleur, ce sont de très nombreuses stimulations élémentaires de ce type, avec parfois des molécules olfactivement très actives. Et, d'ailleurs, il y a des molécules évaporées qui ne sont pas perçues, parce que le  nez n'a pas de récepteur correspondant.

Ayant dit cela, revenons à l'analyse d'une odeur : on peut très bien, effectivement, capter une odeur, la faire passer dans un très long tuyau ayant un diamètre égal à celui d'un cheveu, poussée par un gaz inerte. Dans leur cheminement dans le tuyau,  les molécules odorantes se séparent en fonction de leur taille, par exemple (les petites molécules qui interagissent peu vont plus vite que les grosses molécules).

Bref, après des mètres et des mètres de transit dans ces "colonnes de chromatographie",  on recueille à la sortie une fraction moléculaire, puis une autre fraction, puis une troisième fraction, etc., chaque fraction étant un groupe de molécules odorantes d'une seule sorte.

On peut alors, avec un appareil nommé spectromètre de masse, identifier ces molécules,  savoir quelle est leur constitution atomique, voire leur quantité dans l'odeur initiale.

Et c'est ainsi que, par une telle analyse, on obtient une quantité d'informations considérable, à propos de la nature des composés de l'odeur et de leurs quantités.

Le problème, c'est que le rendement d'analyse n'est pas constant pour toutes les molécules  : on n'a peut-être pas bien tout capté initialement, pas bien tout séparé, et ainsi de suite.
Bref, on a beaucoup d'informations, mais ces informations sont à la fois excessives et insuffisantes.

Car j'ai dit plus haut que le nombre de composés odorants est de 500, mais, en réalité, il y a des milliards de fractions, parfois en très petites quantité...

Avec ce fait terrible que certains composés "traces" sont essentiels pour l'odeur alors qu'ils sont indétectables par nos moyens d'analyse !

Bref, quand on se met maintenant en position de synthèse, il est naïf de penser qu'il suffise de réunir les composés qui sont principaux en terme de quantité, sans compter que certains composés analysés n'ont pas d'odeur (quand le nez humain n'a pas de récepteur olfactif qui leur corresponde).

Il faut ainsi une excellente connaissance du monde des composés odorants, quand on veut  reproduire les odeurs, sans compter que la tâche peut-être très fastidieuse :  autant il est facile de préparer un mélange de quatre ou cinq composé odorants à seuil olfactif faible (il faut faire les bonnes dilutions dans un solvant qui les laissera s'évaporer), autant la réunion de centaines de composés peut être fastidieuse.

Et, pour certains composés, le dosage est difficile : par exemple, quand les composés sont actifs à des teneurs en parties par milliard, il faut faire une première dilution, qu'on dilue ensuite et ensuite, toujours avec grande précision.

Par exemple, le paraéthylphénol, qui contribue à l'odeur de cuir des vins vieux, se présente à l'état pur sous la forme de cristaux noir qui ont une effroyable odeur de caoutchoux brûlé. Il faut mettre un cristal dans un litre d'alcool pur, puis prendre une goutte que l'on met dans un litre d'alcool pur, et utiliser ensuite une goutte de cette dilution, pour obtenir, dans un litre de  liquide, une odeur admissible : imaginons faire cela pour 500 composés !   

Bref, il y a une immense compétence à se forger, pour faire de la belle formulation odorante, et c'est la raison pour laquelle quelques grosses sociétés font des ponts d'or à des spécialistes compétents. Ces spécialistes sont excellents techniquement, et, à leur propos, on gagnera à se souvenir du peintre japonais Hokusai, qui disait à l'âge de 70 ans qu'il allait pouvoir commencer à apprendre à peindre.

À propos de denrées alimentaires, et pas seulement d'ailleurs, il faut de la loyauté, de la loyauté et encore de la loyauté

 
Je reçois, il y a quelques jours, un email de correspondants qui me demandent de les aider à fabriquer des vins artificiels. Ils ajoutent qu'ils savent qu'en France, cela est interdit, mais qu'ils comptent sur des réglementations plus souples dans d'autres pays pour vendre leurs produits.

Ils m'interrogent sur la manière technique de parvenir à de telles reproductions.

Je leur explique d'abord qu'une analyse des composés odorants ne suffira pas, comme ils le croient, et je leur propose de prendre les choses dans l'ordre,  à commencer par le premier ordre, puis le deuxième ordre,  et ainsi de suite... comme expliqué dans mon livre Mon histoire de cuisine.

Au premier ordre, le vin c'est de l'eau.

Au deuxième ordre, c'est de l'eau et de l'éthanol.

Au troisième ordre... c'est là que  tout se complique, parce qu'il y a des directions différentes  : l'odeur est importante, mais la saveur aussi, sans compter les autres modalités sensorielles.

On peut vouloir mettre des phénols, notamment des tanins, mais on peut aussi vouloir mettre des composés odorants, par exemple, et le jeu de la reproduction est infini.

Sans compter qu'il faut de belles compétences en formulation odorante pour arriver à synthétiser un cocktail de composé odorants qui ressemblera à quelque chose, quand on part d'un fouillis de pic de chromatographie.

Et j'ai terminé ma discussion de la question en évoquant la constitution colloïdales des vins, à savoir que les vins ont, en suspension, des particules minuscules, invisibles, qui contribuent au goût. Cela est essentiel, et  il faut se demander comment  le reproduire.

Pour terminer ma réponse à mes interlocuteurs,  je discute le fait que le produit ainsi réalisé ne pourra sans doute pas faire référence au vin, car le mot vin est réservé par la loi aux produits  obtenus par fermentation du jus de raisin.

Et c'est bien  : la question de la loyauté, dans le commerce des denrées alimentaires, est essentielle.

Ce qui m'étonne, c'est que mon analyse n'a été suivie d'aucun merci, comme si la réponse que je leur donnais, qui manifestement n'allait pas dans le sens qu'ils voulaient, les avais heurté. Mais je n'y suis pour rien : ce n'est pas moi qui cherche à faire quelque chose d'éventuellement déloyal.

En tout cas, des individus qui sollicitent votre expertise et qui n'ont pas un merci sont des goujats.

Et si l'usage de l'anglais en France était souvent révélateur d'une faiblesse d'esprit ?

Et si l'usage de l'anglais en France était souvent un symptôme,  révélateur d'une faiblesse d'esprit ?

Là je passe devant bistrot qui vend des "bowls",  et je vois une photo où il y a simplement un bol qui contient une salade.

Pourquoi utiliser le mot anglais bowl, plutôt que le mot français bol ?

Ces commerçants veulent-ils nous faire croire à une préparation si différente, si extraordinaire, qu'il faille pour la désigner un mot qui n'existerait pas en français ?

En réalité, ces commerçants tablent sur du snobisme de leur clientèle, et il est vrai que  le bistrot  incriminé se trouve dans un quartier parisien où il y a beaucoup de snobisme.

Mais pourquoi ce snobisme ? On pressent les locuteurs qui veulent montrer qu'ils sont  ouverts sur le monde, qu'ils ont voyagé, qu'ils parlent couramment l'anglais (merveilleux !), et ainsi de suite...

Mais je ne peux m'empêcher de trouver minable ceux qui se laissent ainsi aller. Prétentieux, certainement, mais aussi bien petits esprits... car savent-ils vraiment le sens des mots anglais qu'ils utilisent ? "A beau mentir qui vient de loin".

A propos des mots que nous utilisons, il y a une vigilance particulière à avoir, qui me fait souvenir de cet épisode terrible pour moi, il y a de cela de nombreuses années, alors que je travaillais à la revue Pour la science : un auteur avait utilisé un très joli mot, un peu archaïsant (je ne me souviens plus duquel), et j'avais été heureux de le laisser passer dans son texte... mais, à la relecture, je me suis aperçu que ce mot ne signifiait pas du tout ce que l'auteur voulait dire.

Un peu comme  pour les mots "glauque", "rutilant", "de conserve", etc.

Je vous laisse aller dans le dictionnaire (un bon dictionnaire : le Trésor de la langue française informatisée) pour voir le sens de ces derniers mots. Mais on ne me fera pas gober que même si la majorité des locuteurs dit "rutilant" pour  brillant, je dois utiliser éviter cette acception fautive  :  rutilant ne signifie pas brillant mais rouge. Oui,  rouge comme du rutile, qui est un cristal bien particulier, d'oxyde de titane.

Oui, pour penser bien, je dois avoir les bons mots, et ce n'est pas un usage débridé de l'anglais qui nous y aidera !

Pourquoi prendre soin des étudiants ?

Note préliminaire : j'ai résolu de considérer les étudiants comme de jeunes collègues, ou, mieux, comme des collègues (au regard des sciences de la nature, l'âge des scientifiques n'est d'aucune pertinence), mais pour les besoins de clarté, dans ces billets consacrés aux "études" (plutôt qu'aux "enseignements", voir ailleurs pourquoi), j'utilise l'expression "jeunes collègues" pour désigner les étudiants, et "professeurs" pour désigner les "professeurs", sans distinction de grade (qui ne résultent parfois que d'engagements administratifs ou d'ancienneté).

Bref, reformulons la question : pourquoi prendre soin des collègues ? Et la réponse est alors évidente : ne participons-nous pas tous d'une belle collectivité, dont le fonctionnement doit être harmonieux, donc fondé sur des relations amicales entre les individus ?

Mais ce n'est pas tout : Michael Faraday, avec qui je partage beaucoup de naïveté, disait que "les sciences rendent aimables". Bien sûr, ce n'est pas vrai absolument, mais des individus vraiment intéressés par des sujets captivants (lever un coin du grand voile) ont peu de temps et d'énergie à consacrer aux batailles de chiens et de chats, aux gesticulations du monde. Ne pouvons-nous pas montrer, exemplairement, de tels comportements ?

Et puis, les Grecs disaient "nous nous échelons les uns les autres", ce qui a été indûment  attribué à Bernard de Chartres (nous sommes des nains sur les épaules de géants), tandis que nous disons tous que les parents doivent "élever" leurs enfants : élever, c'est mettre plus haut, n'est-ce pas ?

Mais, surtout, dans d'autres billets, j'ai bien analysé que le mot "collègue" me va moins bien que celui d' "ami" : un ami, n'est-ce pas un individu que je trouve "sympathique", parce que nous partageons des intérêts ?
De sorte qu'il y a une évidence à vouloir aider les "étudiants", disons les amis...

... quand ils le méritent : car je ne parviens pas à vouloir aider ceux qui ne le méritent pas, ceux qui ne sont font pas bon usage de l'aide que je leur apporte, ceux qui n'ont pas la bonté et la droiture que je revendique en toutes choses.

A contrario, quel bonheur d'aider un véritable ami, quelqu'un qui a la volonté de contribuer  au développement harmonieux du monde, "naïvement", comme dit précédemment.

Commençons par de sains principes : Une bonne pratique pour les journaux scientifiques, c'est le double anonymat

Les journaux scientifiques envoyent les manuscrits à des rapporteurs qui doivent les évaluer, c'est-à-dire... quoi au juste ?

Il s'agit essentiellement d'être utile à l'auteur, au journal, à la communauté.


La première des choses est d'éviter la publication de documents de mauvaise qualité, qui seraient ensuite cités, utilisés comme arguments pour des interprétations erronées ou fautives (dans "errroné", il y a seulement le fait de se tromper ; dans "fautif", il y a l'idée supplémentaire de faute!).



D'autre part, les articles publiés doivent être clairs, dans l'exposition des motifs de l'expérimentation ou du calcul, dans la présentation des méthodes mises en oeuvre, dans la présentation des résultats ; pour les interprétations, je propose de reporter la discussion pour plus tard.

 

Pour avoir de bons articles publiés, un bon principe est que les rapporteurs, ou évaluateurs, aient comme tâche principale de conseiller les auteurs pour qu'ils améliorent leur manuscrit, afin qu'un texte de bonne qualité soit finalement publié.

Et si les rapporteurs sont utiles aux auteurs, ils le sont aussi journal, donc à la  communauté. 

Etre un bon rapporteur s'apprend : pourquoi si peu d'écoles doctorales  l'enseignent-elles ?

Evidemment, je crois qu'il y a lieu d'organiser des évaluations doublement anomymes : les rapporteurs doivent ignorer qui sont les auteurs, et les auteurs doivent ignorer qui sont les éditeurs...

L'évaluation par les pairs, de quoi s'agit-il ? D'une chance merveilleuse que nous devons apprendre à saisir

L'évaluation par les pairs, de quoi s'agit-il ? On trouvera dans un article () des considérations sur l'histoire, l'évolution et les modalités de ce qu'on nomme "évaluation par les pairs", notamment en matière de publication scientifique, mais je propose ici d'expliquer msimplement pourquoi cela est utile.

Quand nous faisons un travail scientifique, nous faisons évidemment du mieux que nous pouvons, mais nous savons bien que nous avons toujours la possibilité d'apprendre, de nous perfectionner.

Bien sûr, nous réfléchissons, réfléchissons encore,  et encore,  et, progressivement, nous parvenons à améliorer nos pratiques, à affiner nos résultats.

Mais pourquoi ne pas nous ouvrir à des amis qui pourront nous mettre sur des pistes auxquelles nous n'aurions pas pensé, notamment parce qu'ils ont des expériences différentes ?

L'évaluation par les pairs, c'est un peu cela :  présenter à des amis des idées que l'on croit justes, que l'on a mis du temps à obtenir, afin de recueillir leurs sentiments, leurs réactions, leurs critiques éventuelles...

Bien sur, il est contre-productif d'aller perdre du temps avec des gens malhonnêtes, mais nos communautés sont suffisamment belles pour que nous puissions trouver à l'envi des collègues qui nous aiderons à nous améliorer, que ce soit pour nos techniques expérimentales, nos stratégies, nos analyses, nos calculs, nos interprétations, nos formulations d'idées...

Au fond, notre activité est difficile, tant le diable se tapit derrière chaque geste expérimental, chaque résultat, chaque calcul, mais nous pouvons bénéficier de la clairvoyance, du point de vue de nos amis.

Pourquoi nous en priver ?