A propos de données ouvertes

Données ouvertes ? L'expression fait lentement son chemin, parmi une communauté qui ne comprend pas toujours bien ce dont il s'agit, et notamment parce que les "explications" sont truffées d'anglicismes, d'acronymes, et pas toujours bien faites, comme si celles et ceux qui promeuvent ce mouvement voulaient en réalité ne rien ouvrir du tout, mais un peu confisquer leurs avancées dans ce champ. 

Personnellement j'aurais dû depuis longtemps évoquer le mouvement des données ouvertes si j'avais mieux compris leur intérêt. 

En réalité j'ai basculé quand j'ai eu l'occasion de lire, dans un texte qui évoquait ce mouvement à l'université d'Oxford, cette phrase  : pourquoi laisser des spectres dormir sur des disques durs ? 

Renseignements pris, du temps passé à décoder ce qui a été publié à ce propos, le mouvement des données ouvertes consiste à contribuer aux progrès scientifiques comme on y contribue en publiant des articles scientifiques classiques. 

Normalement, quand on soumet une note de recherche, on doit indiquer les matériels et  les méthodes qui ont été mis en oeuvre, ainsi que les résultats que l'on discute. Mais depuis plusieurs années, je déplorerais que les données n'apparaissent pas bien et que seuls des résultats figurent.
De même, dans les thèses, au moins pour les époques récentes, les données me manquaient et pour moi qui revendique toujours de juger des travaux scientifiques à partir de sections de "Matériels et méthodes" précis, la publication des jeux de données dans des articles de données me paraît une évidence absolue. 

Ayant mieux compris comment expliquer l'intérêt de la chose, je le fais maintenant. Et je le fais aussi parce que j'ai également que il ne s'agit pas de publier des données de façon anonyme, mais de les publier tout comme on le ferait pour un article scientifique, avec une référence attachée à ce jeu de données qui pourra être cité : il n'y a pas de perte de paternité dans cette affaire mais bien plutôt la possibilité de prolonger les publications, de les faire dans des conditions où elle serait toujours être du faites. 

 

Pour expliquer la chose simplement, il y a maintenant  : 

1. des "entrepôts de données" où l'on peut donc déposer des données d'une façon réutilisable, avec un lien vers ce jeu de données, qui constitue  une reconnaissance de paternité du travail. 

2. puis il y a des "articles de données", qui sont cette fois des articles qui indiquent les circonstances de la production de ces données : qui expliquent le contexte, les questions étudiées, qui insistent sur les méthodes et les matériels employés, et qui décrivent en détail les jeux de données. 

3. et puis il y a les articles classiques, qui  pourront maintenant être débarrassés de leur "matériels supplémentaires" puisque ces derniers seront des articles de données. 

Apparaît donc un triptyque entrepôts de données / revues publiant des articles de données / revues publiant des articles scientifiques complets, avec les résultats et les discussions.
 

Ayant combien compris tout cela je vais militer sans tarder, auprès des revues scientifiques auxquelles je contribue, pour qu'elles publient des articles de données à côté de notes de recherche plus classique. Ces articles de données renverront vers des jeux de données ce qui signifie que nous contribuerons au progrès scientifiques, technologique et technique. 

La question de la critique et de l'esprit critique

 
Nous demandons souvent aux étudiants de faire preuve d'esprit critique... mais nous ne leur disons pas ce que c'est, ni comment faire. Cet enseignement ne nous revient-ils pas ? J'entends déjà des collègues me répondre que les étudiants sont grands, et qu'ils peuvent chercher cela par eux-mêmes, mais, alors, ne devons-nous pas donner des sources fiables ? Après tout, enseigner, c'est faire un signe... pour désigner des sources, par exemple.

Là, je trouve dans quelques sources que le terme critique dériverait du terme grec kritikē (κριτική), signifiant « (l'art de) discerner », c'est-à-dire le fait de discerner la valeur des personnes ou des choses.  Sans référence ?
Le Trésor de la langue française informatisé indique que "la critique" serait la "Capacité de l'esprit à juger un être, une chose à sa juste valeur, après avoir discerné ses mérites et défauts, ses qualités et imperfections." Et notamment "Esprit de libre examen qui, dans ses jugements, écarte, rejette l'autorité des dogmes, des conventions, des préjugés."
Mieux, cette définition : "Méthode d'examen mettant en jeu des critères variables selon les domaines, d'après lesquels il est possible de discerner les parts respectives des mérites et des défauts d'une entreprise, d'une œuvre, d'un système de pensée. Critique biblique, expérimentale, sociale, théologique. La critique, cet art précieux d'apprécier les productions scientifiques (MARAT, Pamphlets, Les Charlatans mod., 1791, p. 271).
Il y aurait aussi "Jugement de valeur qui constitue la seconde phase de la capacité de l'esprit à juger un être, une chose à sa juste valeur."

Et, surtout, il y a l'étymogie :
Ds Ac. dep. 1694. Étymol. et Hist. I. 1. 1580 subst. fém. « art de juger les œuvres de l'esprit » et « jugement porté sur ces œuvres » (J. SCALINGER, Lettres, 109 ds R. Hist. litt. Fr., t. 8, p. 502); d'où 1810 « ensemble de ceux qui font métier de cette critique » (CHATEAUBR., Martyrs, préf., p. 27); 2. 1663 « action d'émettre des jugements défavorables » (MOLIÈRE, École des femmes, I, 1). II. 1. 1637 subst. masc. « celui qui juge » (J. CRESPIN, Thresor des trois langues); 2. spéc. 1674 « celui qui juge des ouvrages de l'esprit » (BOILEAU, Ep., I ds LITTRÉ). III. 1667 adj. « qui est porté à émettre des jugements (œuvre littér.; idées) » esprit critique (BOILEAU, Sat., IX ds LITTRÉ); 1694 péj. « qui trouve à redire à tout » (Ac.); 1678 (RICHARD SIMON, Histoire critique du vieux Testament ds CIOR. 17e). Empr. au lat. class. criticus subst. masc. (empr. au gr. « qui juge les ouvrages de l'esprit », dér. de « juger, estimer »).

Dans le domaine de la philosophie, Kant a utilisé le terme pour désigner un examen de réflexion de la validité et les limites de la capacité de l'homme ou d'un ensemble de revendications philosophiques.
En philosophie moderne, le terme "critique" désigne une enquête systématique sur les conditions et conséquences d'un concept, la théorie, la discipline, ou une approche et une tentative de comprendre ses limites et la validité.
Un point de vue critique, en ce sens, est le contraire d'un dogmatique.

Je vois dans un texte non référencé que les capacités propres à la pensée critique seraient :
    La concentration sur une question.
    L’analyse des arguments.
    La formulation et la résolution de questions de clarification ou de contestation.
    L’évaluation de la crédibilité d’une source.
    L’observation et l’appréciation de rapports d’observation.
    L’élaboration et l’appréciation de déductions.
    L’élaboration et l’appréciation d’inductions.
    La formulation et l’appréciation de jugements de valeur.
    La définition de termes et l’évaluation de définitions.
    La reconnaissance de présupposés.
    Le respect des étapes du processus de décision d’une action.
    L’interaction avec les autres personnes (par exemple, la présentation d’une position à l’aide d’une argumentation orale ou écrite).

Mieux, un autre texte cite Boisvert, qui inclut sous le nom d'"esprit critique", les attitudes suivantes  :
    Le souci d’énoncer clairement le problème ou la position.
    La tendance à rechercher les raisons des phénomènes.
    La propension à fournir un effort constant pour être bien informé.
    L’utilisation de sources crédibles et la mention de celles-ci.
    La prise en compte de la situation globale.
    Le maintien de l’attention sur le sujet principal.
    Le souci de garder à l’esprit la préoccupation initiale.
    L’examen des différentes perspectives offertes.
    L’expression d’une ouverture d’esprit.
    La tendance à adopter une position (et à la modifier) quand les faits le justifient ou qu’on a des raisons suffisantes de le faire.
    La recherche de précisions dans la mesure où le sujet le permet.
    L’adoption d’une démarche ordonnée lorsqu’on traite des parties d’un ensemble complexe.
    La tendance à mettre en application des capacités de la pensée critique.
    La prise en considération des sentiments des autres, de leur niveau de connaissance et de leur degré de maturité intellectuelle.

Dans cette hypothèse, moi enfant, pour avoir de l'esprit critique, dans une circonstance particulière, j'appliquerais les lignes systématiquement, les unes après les autres.
Mieux, je ne manquerais pas de considérer tout ce qui précède... de manière critique.

Le bleu du ciel

Il y a ce moine chinois du 18e siècle, Shitao (ce qui signifie citrouille amère) qui produisit un extraordinaire traité de peinture intitulé L'unique trait de pinceau. Le livre est merveilleux et l'un de ses arguments est que l'on ne peut peindre correctement que si l'on est capable de faire du premier coup un trait qui ne sera pas corrigé, l'unique trait de pinceau.
L'auteur prétend qu'il n'y a pas de correction possible et il dit en également que, pour arriver à cette maîtrise, il est nécessaire de méditer beaucoup et de se débarrasser de ce qu'il nomme la poussière du monde. 

Évidemment, tout ce qui n'est est écrit dans les livres n'est pas nécessairement juste, et, d'autre part, il n'est pas suffisant de dire des choses pour les faire exister : on pensera au Père Noël ou au carré rond, par exemple. 

Bien sûr, on connaît cette certaine catégorie de discours qui nous abaissent, nous salissent : certaines personnes sécrètent la poussière du monde... mais je me reprends car faut-il conserver l'expression "poussière du monde" ou bien simplement poussière ? Poussière du monde ne se soutiendrait que si le monde avait une acception comme le "grand monde", par exemple. 

Mais on me connaît et je n'aime pas avoir le nez vers la boue ; je suis de ceux qui proposent de montrer le bleu du ciel. 

 

Certes, je ne dis pas que le ciel est toujours entièrement bleu mais je propose d'apprendre à voir le bleu qui est dans le ciel, je propose d'apprendre à faire bleuir le ciel, je propose d'apprendre à voir le bleu derrière d'éventuels nuages, je propose d'apprendre à chasser les nuages pour voir le bleu.

J'ignore si la considération du bleu permettra effectivement de faire de meilleurs traits de pinceau mais je sais que l'observation du bleu du ciel nous met dans un état d'esprit plein d'entrain qui nous permet de nous mettre en chemin. Une fois en route, nous cheminons, nous nous préoccupons du chemin et nous oublions l'état d'esprit initial (le bleu du ciel) pour nous concentrer sur le chemin, ses aspérités, et cetera. 

Mais au moins nous serons en route au lieu de craindre la poussière. Décidément, je préfère voir le bleu du ciel

Soxhlet ?

 Une idée amusante, que je publie ici au cas où elle ne l'aurait pas été : habituellement, pour des tissus vivants ou des cellules (par exemple des levures) on extrait des lipides en utilisant un appareil de Soxhlet. Mais broyer et extraire par une méthode liquide liquide ? Ca irait plus vite. 

Reste à ce que je fasse la recherche bibiliographique pour savoir si quelqu'un n'a pas eu cette idée avant moi. 

Ensuite, il faudra valider.

Chercher les mécanismes des phénomènes

Il y a peu, je me suis étonné que nos étudiants de Master, visant des postes d'ingénieurs, se laissent si facilement transformer en techniciens, alors que nous nous décarcassons à leur enseigner les mécanismes des phénomènes. Être physico-chimiste, c'est pourtant cela : se questionner sur les mécanismes des phénomènes, tout autant du point de vue de la chimie que de la physique.

La question m'est revenue hier dans un colloque où un ingénieur que je connais depuis longtemps se plaignait à moi que sa société n'aille pas jusqu'à la compréhension des phénomènes.
Mais je me suis étonné que cette personne ne fasse pas cela d'elle-même et je propose de prendre un exemple pour bien montrer comment, même au cours de l'expérience la plus pratique qui soit, on peut faire de la physico-chimie...  à condition d'en être bien imprégné.
Cet exemple est venu juste après la discussion avec l'ingénieur que j'évoque précédemment, alors que l'on me montrait des résultats d'expérience : dans une verrerie de laboratoire, j'observais que du produit avait laissé une trace sur le verre. Comme il était question d'analyser le produit, je demandais si l'on avait évalué la quantité de produits qui était ainsi perdue, et de combien les mesures étaient faussées.

Un tel calcul  n'est pas difficile à condition d'aller voir plus loin que l'apparence : en l'occurrence, il s'agissait d'une mousse qui avait séché, il fallait donc comprendre qu'il y avait là initialement des bulles d'air dans le liquide.
En regardant bien, on avait des indices pour faciliter le calcul. Notamment, on pouvait voir que la couche de mousse déposée était d'une bulle d'épaisseur. On pouvait voir que ces bulles étaient visibles à l'œil nu, ce qui indique que leur taille était de l'ordre de 0,1 mm le diamètre,  et ainsi de suite : on pourrait faire un calcul à condition de comprendre la structure qui était envisagée, de l'interpréter.
Il n'y a pas besoin d'un grand programme industriel pour mettre en œuvre nos connaissances, pour chercher des mécanismes : il suffit d'observer d'avoir l'esprit tendu vers ses analyses physico-chimiques passionnantes

J'ajoute d'ailleurs que la terminologie physico-chimie mérite toujours d'être divisé en physique et en chimie. Précédemment, je discutais des questions de microstructure, et  il y avait également lieu de discuter des questions de chimie car des molécules tensioactives  qui nous intéressaient pouvait-elle coller au verre ? Ne fallait-il pas se souvenir que ce dernier est fait de silice que seules des molécules particulières peuvent facilement y adhérer pour des raisons qui restent à interpréter ?
Allons plus loin  : puisque la chimie est une science au même titre que la physique, tenant sur deux pieds que sont l'expérience et le calcul,  quel calcul de chimie pourrait-on mettre en œuvre dans un tel cas ? S'il est question d'adhérence, pourquoi ne pas chercher des valeurs d'énergie à propos de ce dernier phénomène ? Y aurait-il eu lieu de comparer cette énergie d'adhérence au support et les forces de gravité ? Notamment en sachant que les composants actifs sont partiellement solubles dans  l'eau, ce qui correspond à des interactions, donc des énergies d'interaction avec les molécules d'eau ?

On le voit, nous sommes lancés sur la piste infinie de l'exploration scientifique des phénomènes, et les plus simples ne peuvent manquer d'être des torchons rouges devant les taureaux de la science.

Selon

Dans des articles, dans des thèses, je vois écrit, à répétition,  des phrases du genre "Selon Machin et Truc (année de publication), la teneur en caféine et de 0,2 mg".

Je crois qu'il y a là une erreur et que le "selon" n'est pas approprié. En effet, il introduit un doute sur l'information qui est donnée. Or quand on consulte les références qui sont données ensuite, on voit  que Machin et Truc ont effectivement mesuré une teneur en caféine précise, et ils l'ont mesurée avec des matériels et des méthodes bien particuliers, répertoriés, qui ont conduit à un résultat effectif. Ce n'est pas une imagination, ue illusion, et, mieux, si l'article de Machin et Truc a été publié, c'est que les rapporteurs ont jugé que la mesure était fiable.

Imaginons par exemple que l'on extraie des lipides d'une graine. La quantité mesurée est alors... la quantité qui a été mesurée, un point c'est tout. Certes, la quantité mesurée n'est pas peut-être la quantité effectivement présente dans la graine,  mais c'est bien celle qui était mesurée, et la formulation introduite par un "selon" est mauvaise parce qu'elle ne dit pas tout cela.

Oui, on a le droit de douter d'un résultat, surtout quand la partie des matériels et des méthodes est insuffisante, mais c'est à ce propos qu'il convient d'être précis et de dire ce que l'on peut reprocher éventuellement à cette partie, d'expliquer pourquoi. Bref,  je crois qu'il y a lieu d'utiliser une  formulation bien plus précise que ce "selon".

A propos d'esprit critique : donnons-nous le temps de réfléchir, d'analyser ce que nous faisons, ce que nous pensons

Je viens d'analyser la présentation faite par un étudiant, à l'issue d'un stage, et la chose la plus intéressante que j'aie dépistée est  le manque d'esprit critique à la fois sur les méthodes mises en œuvre dans l'institution où il faisait son stage et,  aussi, à propos du contexte de ce stage.
Certes, notre étudiant est tombé dans une institution un peu médiocre, qui l'a conduit à se comporter en technicien amélioré, mais il faut quand même observer qu'il aurait pu faire ce qu'on lui demandait et, par ailleurs, avoir un esprit critique.

Car c'est que ça donc il était question dans toute cette aventure : le manque d'esprit critique.

Il y avait un manque d'esprit critique sur ce qu'il avait fait, sur ce qu'on lui demandait de faire, mais, aussi, sur les circonstances générales dans lesquelles il travaillait. Critique est un mot compliqué et souvent mal compris : il ne s'agit moins de faire des critiques que d'avoir un regard analytique, factuel sur ce que l'on pense, ce que l'on fait...

En l'occurrence, pour faire un bon stage, il y avait lieu de bien analyser d'abord :
- la question posée certainement
- mais aussi les méthodes mises en œuvre pour y répondre.

Par exemple, l'étudiant a été mis en situation d'utiliser un logiciel. Pourquoi pas... mais que valent les résultats donnés par ce programme ? Recopier le baratin commercial des fabricants du logiciel, c'est manquer d'esprit critique. En revanche,  il aurait  fallu s'interroger sur la validité des résultats donnés, les valider. Il n'était pas indispensable de conclure que des résultats donnés sont invalides, mais il y avait lieu de poser la question de la validité.
Car oui, on n'a pas toujours assez de temps pour déterminer la validité que l'on vient de discuter mais, en tout cas,  il y a lieu de poser soi-même la question de cette validité et d'envisager qu'elle puisse être testée.

 Plus généralement, il est donc question d'avoir de l'esprit critique. Bien sûr dans un stage, la demande formelle est de se transformer des connaissances en compétences mais puisque pourquoi ne pas analyser cette question, et, surtout, montrer qu'ils y ont répondu, avant de plonger dans la discussion particulière du sujet qu'ils ont traité ?

Très généralement, il faut donc considérer ce que nous faisons avec un esprit critique, analytique, factuel.
Il y a longtemps, dans ce blog, j'avais discuté cette phrase qui est : « Tenir le probable pour faux jusqu'à preuve du contraire ». J'avais alors cité Henri Poincaré, qui relativisait cette idée ("Douter de tout ou tout croire sont deux solutions également commodes, qui l'une et l'autre nous dispensent de réfléchir."), mais faisons simple pour commencer : examinons - sans tout gober naïvement- ce que le monde extérieur nous apporte.

Être capable de trier sur la base d'une analyse critique. Voilà en tout cas un des conseils que je donnerais aux stagiaires, en les invitant également à chercher sans cesse les perfectionnement, ce qui, au fond, va bien avec la première idée.