Une passionnante séance consacrée aux méthodes omiques

 Nous vous avons organisé hier, à l'Académie d'Agriculture, une séance publique consacrée aux méthodes dites "omiques". De quoi s'agit-il ?

Il s'agit d'abord... de dépasser les mots et de comprendre : depuis quelques décennies, ont été mises au point des méthodes d'analyse qui produisent des grands nombres de données et qu'il s'agit ensuite d'interpréter.

Je prends l'exemple toujours fascinant de ce type d'analyses qui consiste à partir d'une lame de microscope sur lesquels on a fixé une préparation ;  l'aide d'un laser très fin, on irradie chaque pixel, chaque élément d'image de cette lame.
De la sorte, on récupère des vapeurs qui emportent la matière de ces pixels, et l'on fait passer ces vapeurs dans un appareil d'analyse de type chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de  masse,  qui détermine quels sont les
composés présents.

C'est une merveilleuse prouesse technique car on part, pour les analyses,  de très petites quantités d'échantillons, d'une part. Mais, aussi, parce que l'on parvient à identifier des composés d'un mélange très complexe : imaginons que l'image était faite à partir d'une coupe d'un fragment d'un organe humain par exemple.

Bref, c'est très stimulant... mais la vraie question, quand j'ai découvert cette technique pour la première fois, lors de ma tournée de conférence Franqui, en Belgique, dans le laboratoire de chimie analytique de l'université de Liège, c'est que l'on produit un nombre considérable de résultats (certains parlent de "données", mais c'est un terme erroné), et qu'il faut savoir les traiter ! A l'époque, mes collègues belges, qui étaient les premiers à mettre en oeuvre cette analyse, m'avaient signalé qu'il n'y avait alors qu'une seule personne au monde capable de traiter les données : un jeune chercheur canadien qui les avait rejoints.

C'était il y a environ 20 ans et d'immense progrès ont été faits depuis : la méthode s'est généralisée, on a mis au point des algorithmes pour traiter automatiquement les résultats, et cetera.

Ce que je donne là est un exemple des techniques mises en œuvre pour l'analyse et cela concerne plutôt ce que l'on nomme le métabolome : la métabolomique est l'analyse
des métabolites.

À côté, il y a les méthodes génomiques, du génome, ou protéomiques, des protéines, et
qui sont une autre prouesse mais un peu antérieure : aujourd'hui, on peut séquencer un génome pour environ 100 euros et cela se fait de façon très routinière.

Mais là encore, il y a une foule de résultats qu'il faut traiter  et l'on comprend que pour les deux cas les méthodes de la bio-informatique se soient considérablement développées.

Au total, il y a donc un ensemble de techniques, analytique ou calculatoires (souvent statistiques) qui permettent d'obtenir des résultats tels ceux qui ont été montrés hier lors de la séance.

Par exemple, des collègues de l'UMR Sayfood, en relation avec toute une série de partenaires français, ont analysé les laits et les fromages AOP français pour comprendre les raisons des goûts très spécifiques des fromages, pour comprendre l'importance relative des différentes étapes des procédés de confection des fromages à partir du lait...

Nous avons également évoqué la fabrication des fins chocolat, pour lesquels un résultat important a été obtenu récemment : comprendre que la fermentation était  plus importante que la torréfaction  pour l'obtention de ces chocolats.

Nous avons également discuté les techniques statistiques, qui évoluent en vue d'une plus grande simplicité d'utilisation.

Bref,  c'était une séance passionnante et que l'on peut regarder en podcast à l'adresse de la chaîne Youtube de l'Académie de l'agriculture. Je vous invite à consulter : https://www.youtube.com/watch?v=HgL1hKrPGJo