Je ne mets pas le doigt entre l'arbre et l'écorce.

 L'auteur d'un manuscrit soumis à une revue dont je m'occupe me demande des conseils pour répondre à l'éditeur qui était en charge de son manuscrit, et qui a retransmis les rapports des deux rapporteurs.

Non seulement, c'est un texte qui évoque des questions pour lesquelles je suis incompétentent, mais il y a surtout une question de principe, et je viens de lui répondre :

Pardonne moi, mais je suis parfaitement incapable de répondre à ta question, et surtout parce que je ne dois pas me mêler de ces questions, qui se font entre les auteurs, d'une part, et l'éditeur en charge, puis les rapporteurs, d'autre part.
La règle est que s'établisse un dialogue qui conduira à des améliorations du manuscrit, jusqu'au point où l'éditeur et les rapporteurs seront satisfaits des réponses des auteurs, que ces réponses aient été implémentées ou non ; dans le cas où des changements demandés ne seraient pas faits, les auteurs doivent convaincre l'éditeur+rapporteurs qu'il y a lieu de ne pas les faire.

Cela étant, à titre personnel et amical, maintenant, et sans que cela n'engage la revue, je suis de ceux qui considèrent que :
1. tout "signalement" par un lecteur est symptomatique, et d'autres lecteurs "buteront" au même endroit
2. les solutions proposées par les lecteurs ne sont pas toujours judicieuses, mais alors il revient aux auteurs de faire des changements pertinents qui permettront que les lecteurs ne buteront plus au même endroit
3. pour mes propres textes, je vois toujours chaque occasion de changer comme une impulsion pour le faire, et faire mieux que ce que j'avais fait initialement, conformément au (bon) principe que j'offre à mes étudiants : "Tout ce qui est  humain est imparfait ; ne soyons pas paresseux, et cherchons des améliorations", ce que j'hybride à la recommandation de Chevreul : "Il faut tendre avec efforts vers l’infaillibilité sans y prétendre".
4. et progressivement, toujours pour ma seule propre gouverne, je me mets à aimer les demandes de "modifications majeures", parce que je sais trop les textes coincés dans des "minima locaux", dont je sais que je dois sortir pour bien améliorer.
5. enfin, je suis heureux de te donner le texte joint, que je diffuse très largement depuis qu'il est paru.

Pardon de ne pouvoir te conseiller plus spécifiquement, mais tu sais mon incompétence pour tout ce qui est extérieur à la chimie physique ! Sutor non supra crepidam (cordonnier ne juge pas plus haut que la chaussure), chemicus non supra cucurbitam (chimiste ne juge pas plus haut que la cornue).

La publication scientifique peut-elle être confiée à des éditeurs privés ? Non ! Et nous en avons la preuve.

Une fois de plus, une revue américaine publie un mauvais article et publie simultanément un éditorial qui dit que cet article est mauvais. Drôle de pratique, non ?

Pourquoi font-ils ainsi ? Sachant que le monde est plein de mauvaise foi, je ne vais pas chercher à le savoir, mais je pressens des explications du style "il ne faut pas censurer", et autres. Qui sont de mauvaises raisons, car la dite revue ne se prive pas de refuser des articles quand cela l'arrange.
Non, plus prosaïquement, je crois que la revue fait un coup de publicité, tout comme quand Nature avait publié l'article de Jacques Benveniste sur la prétendue et inexistante mémoire de l'eau, et que, simultanément, ils avaient envoyé une commission d'enquête en France, afin de prouver qu'il y avait eu fraude.
Tout cela n'est guère conséquent, tout cela est en réalité malhonnête. Et il est vrai que la revue dont je parle vient d'être citée dans la terre entière, par les pour et par les contre... le sujet concerné étant un sujet éminemment politique. Donc l'éditeur est content : son facteur d'impact va grimper, et il vendra plus sa salade. Mais, derrière tout cela, se pose la question de la science, qui est donc publiée encore souvent par des éditeurs privés. Au fond, pourquoi les institutions scientifiques confient-elles la publication de leurs résultats à de telles sociétés privées... qui s'engraissent d'ailleurs avec abonnements, vente d'articles... alors que leur apport est quasi inexistant ,
 Pour ceux qui ne le savent pas, je rappelle que les comités éditoriaux sont constitués de scientifiques bénévoles, tout comme le sont les rapporteurs. Au mieux, l'éditeur fait un vague travail de secrétariat.

Cela est intolérable, et c'est pour cette raison que nous avons créé les Notes Académiques de l'Académie d'agriculture de France : une revue publique, gratuite pour les auteurs comme pour les lecteurs, avec une évaluation propre, en double aveugle, et l'idée d'aider les auteurs à perfectionner leurs articles : ceux-ci ne sont jamais refusés, mais acceptés seulement quand la qualité scientifique "académique" est atteinte.
Et, pour une telle revue, l'idée de publier un article qu'on dézinguerait dans un éditorial est inimaginable, bien sûr !